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万見
- PDB-4h7a: Crystal structure of CasB from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h7a
タイトルCrystal structure of CasB from Thermus thermophilus
要素CRISPR-associated protein Cse2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Cascade / CasB / CRISPR-assoicated protein / Nucleic acid binding protein
機能・相同性CRISPR-associated protein Cse2 / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / Peroxidase; domain 1 / defense response to virus / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CRISPR-associated protein Cse2
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ke, A. / Nam, K.H.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Nucleic acid binding surface and dimer interface revealed by CRISPR-associated CasB protein structures.
著者: Nam, K.H. / Huang, Q. / Ke, A.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Cse2
B: CRISPR-associated protein Cse2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8462
ポリマ－38,8462
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.777, 100.777, 84.862
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 156 / Label seq-ID: 13 - 168

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Biological Assembly has been characterized by electron microscopy

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein Cse2 / CRISPR type I-E/ECOLI-associated protein CasB/Cse2


分子量: 19423.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: cse2, TTHB189 / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) star / 参照: UniProt: Q53VY0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.1M MES, pH 5.7-5.9, 50 mM MgSO4, 5% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月31日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 12996 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 86.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZCA

2zca


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.427 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 638 4.9 %RANDOM
Rwork0.1734 ---
obs0.176 12973 92.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.38 Å2 / Biso mean: 64.2504 Å2 / Biso min: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å20 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----2.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2539 0 0 10 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9413524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8095307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.89921.223139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.19415424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.9741538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212058
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.92432608
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.34654
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded43.10752547
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 159 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.19 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 42 -
Rwork0.29 764 -
all-806 -
obs--86.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00460.01320.0040.03930.01190.00360.00050.0008-0.0019-0.0091-0.0014-0.0029-0.0024-0.00120.00090.07550.01420.00010.096-0.00180.0258-11.3467-39.8523-3.8323
20.3509-0.0503-0.30690.26640.2770.49670.03-0.1217-0.0245-0.0403-0.019-0.0161-0.03230.051-0.0110.0564-0.0318-0.01260.0780.02350.0385-35.6581-36.121923.7493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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