ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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SCALEPACK | | データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | REFMAC | 5.6.0117精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ZCA 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.427 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2299 | 638 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1734 | - | - | - |
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obs | 0.176 | 12973 | 92.75 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 165.38 Å2 / Biso mean: 64.2504 Å2 / Biso min: 22.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.49 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.49 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.98 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2539 | 0 | 0 | 10 | 2549 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.021 | 0.019 | 2608 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.426 | 1.941 | 3524 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg3.809 | 5 | 307 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg28.899 | 21.223 | 139 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg24.194 | 15 | 424 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg25.974 | 15 | 38 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.11 | 0.2 | 351 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.01 | 0.021 | 2058 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr13.924 | 3 | 2608 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_free14.346 | 5 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_bonded43.107 | 5 | 2547 | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 159 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.19 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.36 | 42 | - |
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Rwork | 0.29 | 764 | - |
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all | - | 806 | - |
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obs | - | - | 86.57 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.0046 | 0.0132 | 0.004 | 0.0393 | 0.0119 | 0.0036 | 0.0005 | 0.0008 | -0.0019 | -0.0091 | -0.0014 | -0.0029 | -0.0024 | -0.0012 | 0.0009 | 0.0755 | 0.0142 | 0.0001 | 0.096 | -0.0018 | 0.0258 | -11.3467 | -39.8523 | -3.8323 | 2 | 0.3509 | -0.0503 | -0.3069 | 0.2664 | 0.277 | 0.4967 | 0.03 | -0.1217 | -0.0245 | -0.0403 | -0.019 | -0.0161 | -0.0323 | 0.051 | -0.011 | 0.0564 | -0.0318 | -0.0126 | 0.078 | 0.0235 | 0.0385 | -35.6581 | -36.1219 | 23.7493 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A1 - 156 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B1 - 156 | | |
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