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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h6r | ||||||
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タイトル | Structure of reduced Deinococcus radiodurans proline dehydrogenase | ||||||
![]() | Proline dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / BETA8-ALPHA8-BARREL / FLAVOENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() proline catabolic process / proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / FAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Min, L. / Tanner, J.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures and kinetics of monofunctional proline dehydrogenase provide insight into substrate recognition and conformational changes associated with flavin reduction and product release. 著者: Luo, M. / Arentson, B.W. / Srivastava, D. / Becker, D.F. / Tanner, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 229 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35168.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: R1 / 遺伝子: DR_0814, PROLINE DEHYDROGENASE / プラスミド: PKA8H / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.64 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350, and 0.1 mM Bis-tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月11日 / 詳細: BEAMLINE OPTICS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: BEAMLINE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→47.844 Å / Num. obs: 58089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 22.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2G37 解像度: 1.75→40.959 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.09 Å2 / Biso mean: 28.7038 Å2 / Biso min: 8.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.959 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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