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Yorodumi- PDB-4h6r: Structure of reduced Deinococcus radiodurans proline dehydrogenase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h6r | ||||||
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Title | Structure of reduced Deinococcus radiodurans proline dehydrogenase | ||||||
Components | Proline dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / BETA8-ALPHA8-BARREL / FLAVOENZYME | ||||||
Function / homology | Function and homology information proline catabolic process / proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / FAD binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Min, L. / Tanner, J.J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystal structures and kinetics of monofunctional proline dehydrogenase provide insight into substrate recognition and conformational changes associated with flavin reduction and product release. Authors: Luo, M. / Arentson, B.W. / Srivastava, D. / Becker, D.F. / Tanner, J.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h6r.cif.gz | 229 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h6r.ent.gz | 180.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h6r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4h6r_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4h6r_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4h6r_validation.xml.gz | 25.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4h6r_validation.cif.gz | 35.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4h6qC 2g37S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35168.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant) Strain: R1 / Gene: DR_0814, PROLINE DEHYDROGENASE / Plasmid: PKA8H / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)PLYSS / References: UniProt: Q9RW55, EC: 1.5.99.8 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350, and 0.1 mM Bis-tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Aug 11, 2012 / Details: BEAMLINE OPTICS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: BEAMLINE OPTICS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→47.844 Å / Num. obs: 58089 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 22.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2G37 Resolution: 1.75→40.959 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.95 / Phase error: 20.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.09 Å2 / Biso mean: 28.7038 Å2 / Biso min: 8.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→40.959 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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