[日本語] English
万見
- PDB-4h61: Structure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator subunit Med6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h61
タイトルStructure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator subunit Med6
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
キーワードTRANSCRIPTION / MEDIATOR COMPLEX / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lariviere, L. / Plaschka, C. / Seizl, M. / Wenzeck, L. / Kurth, F. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the Mediator head module.
著者: Lariviere, L. / Plaschka, C. / Seizl, M. / Wenzeck, L. / Kurth, F. / Cramer, P.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9942
ポリマ－40,9942
非ポリマー00
水00
1
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4971
ポリマ－20,4971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4971
ポリマ－20,4971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.950, 125.950, 125.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

-
要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6 / RNA polymerase II mediator complex protein pmc5


分子量: 20497.107 Da / 分子数: 2 / 断片: unp reisdues 10-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h / 遺伝子: med6, pmc5, SPAC1002.15c / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9US45

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 400 mM sodium citrate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9189 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9189 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→89.06 Å / Num. all: 18565 / Num. obs: 18565 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 41.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 1.0102 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 1340 / Rsym value: 1.0102 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→89.06 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 928 5 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.183 18562 99.94 %-
all-18565 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→89.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 0 0 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9673123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.879867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.84240.37111300.3112478X-RAY DIFFRACTION100
2.8424-3.02050.31661320.27632498X-RAY DIFFRACTION100
3.0205-3.25370.28031300.23312474X-RAY DIFFRACTION100
3.2537-3.58110.21911270.17892519X-RAY DIFFRACTION100
3.5811-4.09930.20841400.16132504X-RAY DIFFRACTION100
4.0993-5.16470.18211340.15532521X-RAY DIFFRACTION100
5.1647-89.10850.21931350.18482640X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66320.99740.36072.139-0.60934.17080.20780.1838-0.96070.3175-0.1433-0.13210.7096-0.2347-0.00010.8093-0.0637-0.00070.9951-0.14641.260737.306191.852874.3643
21.4935-0.6690.00120.50090.12730.08251.21540.64460.78240.1899-1.2089-0.026-0.8140.1907-0.01640.9713-0.1019-0.14661.5358-0.20511.480819.3317100.851464.0153
32.00560.81210.46264.55430.01212.61920.0012-0.71120.15590.59210.0889-0.97850.26740.12050.00040.8084-0.0272-0.19811.3437-0.18861.37353.377984.080960.6498
42.83640.9923-0.8370.8056-0.71220.62970.67510.45191.093-1.02290.38180.04760.3542-0.02580.53791.2382-0.2505-0.12771.6697-0.40651.307122.956693.994855.8623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 8:118)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 119:144)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resseq 8:118)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resseq 119:147)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る