PDB-4h5y: High-resolution crystal structure of Legionella pneumophila LidA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h5y

タイトル

High-resolution crystal structure of Legionella pneumophila LidA (60-594)

要素

LidA protein, substrate of the Dot/Icm system

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / twisted beta-hairpin repeat / coiled-coil / type IV secretion system / Rab-binding / Rab1 / Rab6 / Rab8 / PtdIns(3)P / PtdIns(4)P / membrane

機能・相同性

Helix Hairpins - #2010 / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

An, X. / Ye, S. / Liu, Y. / Zheng, X. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of LidA, a translocated substrate of the Legionella pneumophila type IV secretion system.
著者: Meng, G. / An, X. / Ye, S. / Liu, Y. / Zhu, W. / Zhang, R. / Zheng, X.

履歴

登録	2012年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h5y.cif.gz	238.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h5y.ent.gz	191 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h5y_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h5y_full_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示
XML形式データ	4h5y_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	4h5y_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hb0-3 6adc-2 6ada-2 6ad7-2 4fg6-2 5he3-d 3fgc-d 5wbj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LidA protein, substrate of the Dot/Icm system

65.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.554, 64.468, 164.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LidA protein, substrate of the Dot/Icm system 分子量: 65476.102 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 60-594 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: lidA, LPC_2349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5IFX1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200 mM trimethylamine N-oxide, pH 8.0, 20% w/v PEG2000 MME, 1% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月2日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→82.187 Å / Num. all: 35335 / Num. obs: 35304 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→46.026 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2492	1754	4.97 %	RANDOM
R_work	0.2008	-	-	-
all	0.2035	35335	-	-
obs	0.2033	35304	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.312 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0091 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.1703 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.1612 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.026 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4285	0	0	422	4707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.773	5808
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.307	1719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	628
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1568	0.2726	119	0.2247	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1568-2.2203	0.2644	118	0.2319	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2203-2.2919	0.2808	146	0.224	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2919-2.3738	0.3155	126	0.2144	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3738-2.4689	0.2561	127	0.2211	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4689-2.5812	0.2909	153	0.2131	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5812-2.7173	0.2811	131	0.2241	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7173-2.8875	0.2593	127	0.2191	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8875-3.1104	0.2825	149	0.223	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1104-3.4233	0.2664	140	0.201	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4233-3.9185	0.2183	132	0.177	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9185-4.936	0.1992	135	0.1653	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.936-46.0366	0.232	151	0.1993	2757	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7858	0.5376	0.9312	2.7104	2.0471	4.5462	-0.1671	-0.7418	0.2655	0.9271	0.0264	0.1199	-0.6846	0.0494	0.0797	0.4004	0.0498	-0.0108	0.2284	-0.043	0.2228	49.3157	14.6161	62.9148
2	5.5289	-1.7109	0.9484	1.7876	-0.6103	2.1125	-0.1203	0.2566	0.7935	-0.0745	0.1204	0.0022	0.3086	-0.1134	-0.0305	0.2367	-0.0164	-0.0391	0.2933	0.084	0.339	65.3212	7.846	57.4494
3	5.441	-3.0357	1.3862	2.7923	-1.0233	2.1807	0.1461	-0.3237	-0.1854	0.3065	-0.1029	-0.2254	0.1279	0.1754	-0.0247	0.2902	-0.0518	-0.045	0.2032	0.0744	0.3092	58.2854	-2.1843	63.0844
4	4.7092	-5.8081	3.9481	7.129	-5.11	3.509	-0.0778	0.0324	0.0687	0.0593	-0.0176	-0.3406	0.0255	0.1058	-0.0213	0.2144	0.0257	0.0432	0.2568	0.0333	0.1618	46.8798	13.7617	44.3946
5	0.1332	0.1197	0.3106	1.9322	0.9564	1.3316	-0.1231	-0.1063	0.1103	0.1363	0.2071	-0.0428	0.22	0.1647	-0.0226	0.2609	-0.0136	-0.1265	0.1752	-0.0177	0.3944	41.5373	65.7121	23.6225
6	8.5546	-5.3477	-8.0278	4.7767	5.6179	8.6619	-0.0193	0.4116	-0.6154	-0.3807	-0.3505	0.2769	-0.3147	-0.2227	0.2889	0.2046	-0.0393	-0.0773	0.167	-0.0516	0.3233	40.9025	69.3149	16.0369
7	1.8772	-1.5962	0.4835	2.8191	-0.9798	1.0185	-0.0614	-0.1041	0.1126	0.0132	0.0215	-0.1984	0.0921	-0.0765	0.0137	0.1869	-0.0377	-0.0604	0.1604	-0.0607	0.2472	28.2733	65.7391	25.4699
8	4.2996	-0.0479	-0.8618	3.6393	1.4391	4.7295	-0.1316	-0.038	-0.2325	-0.3836	-0.0322	0.2894	-0.1398	-0.031	0.1984	0.1569	0.0149	-0.0149	0.1507	-0.0123	0.138	25.846	45.5738	11.0745
9	3.003	-1.6806	-3.5098	2.2645	3.2149	4.8459	-0.0856	-0.1232	0.0241	0.0434	0.1491	-0.225	0.0015	0.4637	-0.0656	0.2414	0.0525	0.0427	0.2751	0.0101	0.1586	39.9359	36.2281	0.6704
10	1.6376	-2.6985	2.0261	7.6576	-5.159	4.0062	0.1688	0.0143	-0.2752	-0.1491	-0.0385	0.174	0.2709	0.2095	-0.1988	0.2363	0.019	-0.0413	0.1846	-0.0409	0.2045	40.1936	11.5827	43.1109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 60:87)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 88:129)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 130:191)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 192:246)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 247:289)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 290:318)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 319:448)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 449:489)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 490:537)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 538:594)

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