PDB-4h5o: Crystal Structure of Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h5o

タイトル

Crystal Structure of Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein Pentamer Bound to Single-stranded RNA

要素

35-mer poly(U) RNA
Nucleocapsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA / nucleocapsid protein / N protein / ribonucleoprotein / viral nucleoprotein / RNA binding / virus / RNP / VIRAL PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Raymond, D.D. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Phleboviruses encapsidate their genomes by sequestering RNA bases.
著者: Raymond, D.D. / Piper, M.E. / Gerrard, S.R. / Skiniotis, G. / Smith, J.L.

履歴

登録	2012年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h5o.cif.gz	964.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h5o.ent.gz	812 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

F: Nucleocapsid protein

G: Nucleocapsid protein

H: Nucleocapsid protein

I: Nucleocapsid protein

J: Nucleocapsid protein

K: 35-mer poly(U) RNA

L: 35-mer poly(U) RNA

295 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

F: Nucleocapsid protein

G: Nucleocapsid protein

K: 35-mer poly(U) RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

H: Nucleocapsid protein

I: Nucleocapsid protein

J: Nucleocapsid protein

L: 35-mer poly(U) RNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.810, 93.590, 124.780
Angle α, β, γ (deg.)	101.700, 90.270, 114.180
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleocapsid protein 分子量: 27366.547 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 株: ZH-501 / 遺伝子: N / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Ai/prare2 / 参照: UniProt: D3K5I7
#2: RNA鎖	35-mer poly(U) RNA 分子量: 10670.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28% PEG3350, 280 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.9→121.596 Å / Num. all: 28961 / Num. obs: 28961 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2 % / R_sym value: 0.212 / Net I/σ(I): 2.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3.9-4.11	2	0.463	1	8356	4197	0.463	99.1
4.11-4.36	2	0.349	1.8	8014	4022	0.349	99.2
4.36-4.66	2	0.294	2	7503	3764	0.294	99.2
4.66-5.03	2	0.254	2.3	7046	3530	0.254	99.4
5.03-5.52	2	0.248	2.3	6406	3224	0.248	99.3
5.52-6.17	2	0.194	2.6	5812	2929	0.194	99.5
6.17-7.12	2	0.171	3	5132	2578	0.171	99.6
7.12-8.72	2	0.16	2.6	4336	2183	0.16	99.6
8.72-12.33	2	0.169	2.5	3276	1668	0.169	98.6
12.33-41.601	1.9	0.21	1.9	1640	866	0.21	93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
BUSTER-TNT	BUSTER 2.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice	Epics	データ収集
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
BUSTER	2.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LYF

3lyf

解像度: 3.9→41.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.5636 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.5121 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.776

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2484	1459	5.04 %	SHELL
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.229	28958	99.17 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 300 Å² / B_iso mean: 55.482 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.9485 Å²	7.4022 Å²	7.6542 Å²
2-	-	-19.1423 Å²	17.4195 Å²
3-	-	-	8.1938 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.881 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→41.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19084	1400	0	0	20484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	9583	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	478	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2908	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	21001	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	2768	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	24161	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	21001	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	28639	HARMONIC	2	0.87
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				1.65
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				3.19

LS精密化シェル

解像度: 3.9→4.04 Å / Total num. of bins used: 15

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.2618	2804	-
all	0.2618	-	-
obs	-	-	99.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.7882	0.6075	1.6313	2.2652	-1.4028	0.3834	-0.0298	-0.0476	0.1837	-0.04	-0.0209	-0.0224	-0.1576	-0.2349	0.0507	0.0617	-0.2864	-0.1079	-0.1757	-0.0421	-0.1247	31.3556	65.6398	10.9818
2	-1.836	3.1214	-0.7838	1.7056	3.1059	1.4989	0.0293	0.262	-0.1046	-0.2312	-0.0477	0.372	0.0537	0.057	0.0183	-0.5224	0.0029	0.1469	0.4967	-0.2025	-0.2718	0.047	56.0779	28.3966
3	4.4374	-0.1916	-0.7284	-2.1025	3.3632	1.7423	-0.0738	-0.1532	0.0888	0.4141	-0.1072	-0.1112	0.0802	0.3568	0.1809	0.1392	0.006	0.0098	-0.0005	-0.0654	-0.4729	15.4426	61.2589	45.1026
4	-0.3961	-0.3802	3.0961	1.6861	-1.144	-0.5478	0.0025	0.1725	0.1346	-0.1282	0.0008	-0.125	0.0382	0.1615	-0.0033	-0.1009	-0.1361	0.0246	-0.0161	-0.2859	-0.074	18.0122	-8.9528	16.0168
5	3.7227	-1.911	-2.6412	6.1362	-0.0609	1.0622	0.0545	-0.12	-0.0318	-0.0743	-0.1452	0.2513	0.0226	-0.4268	0.0907	-0.2338	-0.1358	0.0855	0.0362	-0.1333	-0.676	31.2683	19.9372	-2.8318
6	1.6273	-0.8591	0.4815	0.8852	-4.0113	3.2724	-0.0296	-0.2168	-0.3447	0.5258	0.0388	-0.4851	0.0194	-0.009	-0.0092	-0.5012	-0.0892	0.3008	-0.0162	0.2464	-0.5073	48.9552	11.5312	9.7662
7	1.2826	-2.2019	2.3141	-2.7151	7.205	3.4896	-0.0458	-0.0071	-0.4451	0.1789	-0.0358	-0.0359	-0.0453	0.0816	0.0817	-0.2299	0.1064	0.0202	-0.0231	0.0217	-0.2026	3.5548	44.1697	5.7364
8	10.4235	-1.9566	-0.1609	-6.1474	5.8738	3.1104	0.0068	-0.0832	0.0253	0.2023	0.0015	0.0273	-0.2374	-0.3146	-0.0082	-0.6699	0.1063	-0.2741	0.077	-0.1174	-0.5498	-13.2465	12.3193	-6.6831
9	2.5775	-0.1943	4.4104	6.1015	-0.3777	-0.4545	0.2072	0.3101	0.0144	-0.3298	-0.0232	-0.223	-0.3438	-0.1631	-0.184	-0.3689	-0.1253	0.0915	-0.9184	0.1328	0.0488	5.8238	13.9442	-20.2075
10	2.8937	-2.9358	1.1104	4.4947	0.1859	4.7237	0.0163	-0.1149	0.0137	0.0033	0.0526	0.0208	0.2666	-0.1102	-0.0688	0.0236	0.1071	0.0914	0.3191	-0.0574	0.1893	-4.865	59.6319	39.608
11	1.4791	0.3221	-0.146	1.1127	0.5358	0.4012	0.0264	0.012	0.0518	-0.0394	-0.0878	0.1334	-0.1036	-0.1049	0.0614	-0.1315	-0.0473	0.2807	-0.154	-0.066	0.1042	-12.4041	22.794	34.7962
12	-1.3588	1.8433	-2.7863	0.2602	2.4825	1.0986	0.017	-0.0657	-0.0422	0.0811	0.0291	0.0629	0.0693	-0.0195	-0.0461	0.2602	-0.116	0.2721	-0.1329	-0.2194	-0.3292	-2.9927	25.2571	55.9047
13	0.9534	-2.2014	1.9829	3.0881	-0.4042	0.9602	-0.0713	0.1493	-0.1388	0.022	-0.0446	-0.148	0.2114	-0.2182	0.116	-0.0573	0.1265	-0.1591	-0.0929	0.0969	-0.0062	-9.4506	1.6984	-12.5501
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15	5.9991	0.173	-0.0592	-1.9208	2.456	1.2319	-0.0323	0.259	-0.0526	-0.3152	-0.1537	-0.2582	0.1274	0.2107	0.186	0.0048	-0.0576	-0.0921	0.1838	-0.1669	-0.6862	-25.4016	5.5209	-46.2278
16	4.9629	0.7378	-3.9811	-1.345	0.0042	4.4741	0.0308	-0.1792	0.1661	0.1297	-0.106	0.2619	-0.0589	-0.1377	0.0752	0.2511	0.0575	0.0265	0.4896	-0.0253	0.4349	-14.449	13.465	43.3021
17	0.8221	-0.9624	2.9972	0.0349	-1.5207	4.0343	-0.0267	0.1459	0.27	-0.26	0.0508	0.3725	-0.2081	-0.1139	-0.0241	-0.5198	-0.1391	0.0133	0.0458	-0.0712	-0.0833	9.0202	0.0112	16.4853
18	3.386	-1.9181	0.8627	-3.4289	3.2731	2.7374	-0.0166	-0.2956	-0.2171	0.2909	0.1354	0.2764	-0.165	0.1773	-0.1188	-0.2217	-0.0406	-0.1457	0.0535	-0.3114	-0.3427	19.8257	-4.307	36.6047
19	2.1188	1.8615	-0.7866	0.2411	2.3291	4.4469	0.0783	-0.0902	0.1508	-0.1051	-0.01	0.0899	0.1327	0.0155	-0.0683	-0.2298	0.0169	0.1777	0.0748	-0.1309	-0.3139	42.9118	22.7276	-7.0511
20	10.3319	0.6715	0.8362	-0.1791	1.1686	0.7865	-0.037	0.1562	-0.0815	-0.0452	0.0398	-0.0861	-0.0417	-0.27	-0.0029	-0.8257	0.0151	0.5144	-0.005	-0.158	-0.5809	27.3697	54.802	5.3854
21	5.6924	0.0805	3.5797	5.6372	0.4482	2.3359	0.0456	-0.4535	-0.162	0.193	0.3071	-0.1177	0.1453	0.1329	-0.3527	-0.5011	-0.0442	0.1578	-0.6239	0.0456	-0.0137	46.4485	53.132	18.8411
22	5.2833	2.7066	-2.5847	3.7608	-1.5871	4.0747	-0.0177	0.0914	0.0335	0.0042	0.0249	0.0569	-0.1396	-0.126	-0.0072	0.1399	-0.1676	-0.1989	0.246	-0.177	0.1704	-45.4873	7.7639	-40.6844
23	2.4751	0.0674	0.8643	1.1065	-2.4628	-0.5212	-0.0099	-0.0859	-0.053	0.0996	-0.0347	0.1742	0.0821	-0.0996	0.0446	-0.0472	-0.1162	-0.4199	-0.2526	-0.1302	0.08	-51.5392	44.8987	-36.7838
24	-1.7252	0.3736	4.7763	1.8997	-0.2589	-0.1746	0.0175	0.1131	0.1469	-0.1089	-0.0375	-0.059	-0.0989	-0.0263	0.02	0.4685	0.0231	-0.3117	-0.1951	-0.0432	-0.3808	-41.9874	41.7504	-57.5228
25	-0.3429	1.9162	-3.8574	3.1851	0.4816	0.1525	0.0518	-0.0838	-0.0127	0.0668	-0.0282	0.0468	-0.0617	-0.0087	-0.0235	-0.1561	-0.0645	-0.1462	-0.2156	-0.3257	-0.1308	-20.3426	76.1325	-17.5689
26	4.0937	3.1266	3.4775	2.9797	-0.511	1.3394	0.0641	0.1321	-0.1472	0.057	-0.3262	0.4759	0.0707	-0.5518	0.2621	-0.083	0.0927	0.1868	-0.2584	0.0582	-0.5275	-8.0493	47.225	1.5941
27	2.7724	-2.642	3.3602	0.2269	-3.157	6.8254	0.0584	0.2866	0.2346	-0.4129	-0.1257	-0.3363	-0.0546	0.0143	0.0673	-0.4449	-0.0599	0.0019	-0.0812	0.4022	-0.5336	9.7717	55.3065	-11.0854
28	3.908	0.3738	4.4559	1.1666	-2.1964	5.6397	0.0509	0.1646	-0.1598	-0.2126	-0.1131	0.2875	0.1359	-0.2193	0.0622	0.4658	0.0019	-0.1087	0.3668	-0.0315	0.4549	-53.164	54.3561	-45.0868
29	5.6747	-0.3615	-1.488	1.2778	-5.4465	-1.6575	-0.1798	-0.0482	-0.232	0.3396	0.2355	0.5267	0.3837	-0.1427	-0.0557	-0.6347	0.1192	-0.0193	0.0205	0.0637	-0.0562	-29.4504	67.311	-18.2041
30	1.9903	0.4064	0.9874	-1.5717	3.581	1.7414	-0.0364	0.2922	0.2188	-0.387	0.0223	0.3548	0.262	0.2866	0.0141	-0.2573	-0.0636	0.1557	0.1523	-0.1926	-0.2732	-18.0892	71.373	-38.1102

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|5 - 34}	A	5 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|35 - 112}	A	35 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|113 - 245}	A	113 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|5 - 34}	B	5 - 34
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|35 - 112}	B	35 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|113 - 245}	B	113 - 245
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{C\|5 - 34}	C	5 - 34
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|35 - 111}	C	35 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|112 - 245}	C	112 - 245
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{D\|5 - 34}	D	5 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{D\|35 - 111}	D	35 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|112 - 245}	D	112 - 245
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{E\|5 - 34}	E	5 - 34
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{E\|35 - 112}	E	35 - 112
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{E\|113 - 245}	E	113 - 245
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{F\|5 - 34}	F	5 - 34
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{F\|35 - 112}	F	35 - 112
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{F\|113 - 245}	F	113 - 245
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{G\|5 - 34}	G	5 - 34
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{G\|35 - 112}	G	35 - 112
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{G\|113 - 245}	G	113 - 245
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{H\|5 - 34}	H	5 - 34
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{H\|35 - 112}	H	35 - 112
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{H\|113 - 245}	H	113 - 245
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{I\|5 - 34}	I	5 - 34
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{I\|35 - 112}	I	35 - 112
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{I\|113 - 245}	I	113 - 245
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{J\|5 - 34}	J	5 - 34
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{J\|35 - 112}	J	35 - 112
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{J\|113 - 245}	J	113 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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