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Yorodumi- PDB-4h5m: Crystal Structure of Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h5m | ||||||
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Title | Crystal Structure of Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein Hexamer | ||||||
Components | Nucleocapsid protein | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / nucleocapsid protein / N protein / ribonucleoprotein / viral nucleoprotein / RNA binding / virus / RNP | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rift Valley fever virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Raymond, D.D. / Smith, J.L. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Phleboviruses encapsidate their genomes by sequestering RNA bases. Authors: Raymond, D.D. / Piper, M.E. / Gerrard, S.R. / Skiniotis, G. / Smith, J.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h5m.cif.gz | 579.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h5m.ent.gz | 488 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h5m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4h5m_validation.pdf.gz | 477 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4h5m_full_validation.pdf.gz | 494.3 KB | Display | |
Data in XML | 4h5m_validation.xml.gz | 49.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4h5m_validation.cif.gz | 66.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4h5lC 4h5oC 4h5pC 4h5qC 4v9eC 3lyfS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27366.547 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rift Valley fever virus / Strain: ZH-501 / Gene: N / Plasmid: pSUMO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 Ai/prare2 / References: UniProt: D3K5I7 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 24% PEG3350, 350 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2011 Details: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→92.777 Å / Num. all: 32046 / Num. obs: 31959 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 83.9 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3LYF Resolution: 3.1→46.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9092 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8577 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso max: 300 Å2 / Biso mean: 122.4484 Å2 / Biso min: 3.41 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.737 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→46.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.2 Å / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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