PDB-4h5i: Crystal Structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Sec12...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4h5i

タイトル

Crystal Structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Sec12 (P1 form)

要素

Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / COPII vesicle budding / potassium binding site / beta propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

McMahon, C. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The structure of sec12 implicates potassium ion coordination in sar1 activation.
著者: McMahon, C. / Studer, S.M. / Clendinen, C. / Dann, G.P. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

履歴

登録	2012年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月9日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h5i.cif.gz	148.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h5i.ent.gz	121.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h5i_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h5i_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	4h5i_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	4h5i_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h5jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h5j-1 3pzg-d 4h5j-2 6n01-1 3cer-2 4uz5-d 4g4g-d 5ams-2 4uyu-2 4g6w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

B: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

ヘテロ分子

80.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.400, 53.474, 61.976
Angle α, β, γ (deg.)	81.680, 73.370, 87.580
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Guanine nucleotide-exchange factor SEC12 / Protein transport protein SEC12 分子量: 40229.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-354 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SEC12, SED2, YNR026C, N3244 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11655
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 400 mM potassium chloride, 22% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 132685 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.379 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.35-1.37	3.5	0.61	5681	0.869	1	79.8
1.37-1.4	3.7	0.534	6515	0.715	1	91.9
1.4-1.43	3.8	0.466	6521	0.719	1	92.2
1.43-1.45	3.8	0.422	6522	0.833	1	92.4
1.45-1.49	3.8	0.359	6603	0.884	1	92.6
1.49-1.52	3.8	0.3	6590	0.92	1	93.1
1.52-1.56	3.8	0.235	6619	0.946	1	93.4
1.56-1.6	3.8	0.191	6661	0.87	1	94
1.6-1.65	3.9	0.168	6653	0.903	1	94.2
1.65-1.7	3.9	0.143	6693	0.929	1	94.5
1.7-1.76	3.9	0.119	6739	1.07	1	95
1.76-1.83	3.9	0.095	6780	1.108	1	95.1
1.83-1.92	3.9	0.092	6726	1.583	1	95.4
1.92-2.02	3.9	0.069	6775	1.613	1	95.9
2.02-2.14	3.8	0.062	6836	1.844	1	96
2.14-2.31	3.8	0.055	6842	2.025	1	96.3
2.31-2.54	3.8	0.049	6905	2.016	1	97.3
2.54-2.91	3.7	0.045	6867	2.354	1	97.6
2.91-3.66	3.6	0.038	6922	2.619	1	97.4
3.66-50	3.7	0.036	6235	2.735	1	88.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1144	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.36→42.359 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1971	6617	5.01 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1795	132033	94.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.11 Å² / B_iso mean: 15.019 Å² / B_iso min: 5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→42.359 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5249	0	4	428	5681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.248	7223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	865
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.132	1953

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.36-1.3755	0.2887	178	0.2534	3686	3864	82
1.3755-1.3917	0.2564	226	0.2476	4046	4272	92
1.3917-1.4086	0.2641	210	0.2276	4110	4320	91
1.4086-1.4265	0.2439	216	0.2212	4045	4261	93
1.4265-1.4452	0.2456	211	0.2112	4118	4329	92
1.4452-1.465	0.2157	231	0.2117	4059	4290	93
1.465-1.486	0.2475	234	0.2089	4125	4359	93
1.486-1.5081	0.2234	225	0.1971	4067	4292	93
1.5081-1.5317	0.2038	204	0.1965	4091	4295	93
1.5317-1.5568	0.2243	212	0.1841	4159	4371	94
1.5568-1.5837	0.2137	230	0.1821	4138	4368	94
1.5837-1.6125	0.2159	215	0.1827	4200	4415	94
1.6125-1.6435	0.2022	221	0.175	4153	4374	94
1.6435-1.677	0.2013	233	0.1739	4187	4420	94
1.677-1.7135	0.2086	225	0.1744	4152	4377	95
1.7135-1.7534	0.2047	227	0.1732	4184	4411	95
1.7534-1.7972	0.1837	209	0.1727	4219	4428	95
1.7972-1.8458	0.21	246	0.1722	4231	4477	95
1.8458-1.9001	0.1901	201	0.1752	4246	4447	96
1.9001-1.9614	0.2039	229	0.1702	4215	4444	96
1.9614-2.0315	0.1789	211	0.1669	4299	4510	96
2.0315-2.1129	0.195	200	0.1694	4249	4449	96
2.1129-2.209	0.1798	208	0.1665	4312	4520	97
2.209-2.3255	0.1957	236	0.1826	4257	4493	97
2.3255-2.4712	0.2041	238	0.187	4280	4518	97
2.4712-2.6619	0.2019	243	0.1942	4336	4579	97
2.6619-2.9298	0.2187	222	0.1899	4293	4515	98
2.9298-3.3536	0.1879	216	0.1744	4362	4578	98
3.3536-4.2245	0.1795	226	0.1651	4244	4470	97
4.2245-42.38	0.1649	234	0.1621	4353	4587	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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