[日本語] English
万見
- PDB-4h5i: Crystal Structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Sec12... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h5i
タイトルCrystal Structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Sec12 (P1 form)
要素Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII vesicle budding / potassium binding site / beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein transport / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide-exchange factor Sec12-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者McMahon, C. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The structure of sec12 implicates potassium ion coordination in sar1 activation.
著者: McMahon, C. / Studer, S.M. / Clendinen, C. / Dann, G.P. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
B: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6166
ポリマ－80,4592
非ポリマー1564
水7,710428
1
A: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3083
ポリマ－40,2301
非ポリマー782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3083
ポリマ－40,2301
非ポリマー782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.400, 53.474, 61.976
Angle α, β, γ (deg.)81.680, 73.370, 87.580
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-exchange factor SEC12 / Protein transport protein SEC12


分子量: 40229.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-354 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC12, SED2, YNR026C, N3244 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11655
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 400 mM potassium chloride, 22% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 132685 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.379 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.35-1.373.50.6156810.869179.8
1.37-1.43.70.53465150.715191.9
1.4-1.433.80.46665210.719192.2
1.43-1.453.80.42265220.833192.4
1.45-1.493.80.35966030.884192.6
1.49-1.523.80.365900.92193.1
1.52-1.563.80.23566190.946193.4
1.56-1.63.80.19166610.87194
1.6-1.653.90.16866530.903194.2
1.65-1.73.90.14366930.929194.5
1.7-1.763.90.11967391.07195
1.76-1.833.90.09567801.108195.1
1.83-1.923.90.09267261.583195.4
1.92-2.023.90.06967751.613195.9
2.02-2.143.80.06268361.844196
2.14-2.313.80.05568422.025196.3
2.31-2.543.80.04969052.016197.3
2.54-2.913.70.04568672.354197.6
2.91-3.663.60.03869222.619197.4
3.66-503.70.03662352.735188.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_1144精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→42.359 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 6617 5.01 %
Rwork0.1786 --
obs0.1795 132033 94.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.11 Å2 / Biso mean: 15.019 Å2 / Biso min: 5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→42.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5249 0 4 428 5681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2487223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1321953
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.36-1.37550.28871780.25343686386482
1.3755-1.39170.25642260.24764046427292
1.3917-1.40860.26412100.22764110432091
1.4086-1.42650.24392160.22124045426193
1.4265-1.44520.24562110.21124118432992
1.4452-1.4650.21572310.21174059429093
1.465-1.4860.24752340.20894125435993
1.486-1.50810.22342250.19714067429293
1.5081-1.53170.20382040.19654091429593
1.5317-1.55680.22432120.18414159437194
1.5568-1.58370.21372300.18214138436894
1.5837-1.61250.21592150.18274200441594
1.6125-1.64350.20222210.1754153437494
1.6435-1.6770.20132330.17394187442094
1.677-1.71350.20862250.17444152437795
1.7135-1.75340.20472270.17324184441195
1.7534-1.79720.18372090.17274219442895
1.7972-1.84580.212460.17224231447795
1.8458-1.90010.19012010.17524246444796
1.9001-1.96140.20392290.17024215444496
1.9614-2.03150.17892110.16694299451096
2.0315-2.11290.1952000.16944249444996
2.1129-2.2090.17982080.16654312452097
2.209-2.32550.19572360.18264257449397
2.3255-2.47120.20412380.1874280451897
2.4712-2.66190.20192430.19424336457997
2.6619-2.92980.21872220.18994293451598
2.9298-3.35360.18792160.17444362457898
3.3536-4.22450.17952260.16514244447097
4.2245-42.380.16492340.16214353458798

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る