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万見
- PDB-4h58: BRAF in complex with compound 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h58
タイトルBRAF in complex with compound 3
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / structure based drug discovery / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / thymus development / cellular response to nerve growth factor stimulus / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / visual learning / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / T cell differentiation in thymus / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-10Z / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vasbinder, M. / Aquila, B. / Augustin, M. / Chueng, T. / Cook, D. / Drew, L. / Fauber, B. / Glossop, S. / Godin, R. / Grondine, M. ...Vasbinder, M. / Aquila, B. / Augustin, M. / Chueng, T. / Cook, D. / Drew, L. / Fauber, B. / Glossop, S. / Godin, R. / Grondine, M. / Hennessy, E. / Johannes, J. / Lee, S. / Lyne, P. / Moertl, M. / Omer, C. / Palakurthi, S. / Pontz, T. / Read, J. / Sha, L. / Shen, M. / Steinbacher, S. / Wang, H. / Wu, A. / Ye, M. / Bagal, B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery and Optimization of a Novel Series of Potent Mutant B-Raf(V600E) Selective Kinase Inhibitors.
著者: Vasbinder, M.M. / Aquila, B. / Augustin, M. / Chen, H. / Cheung, T. / Cook, D. / Drew, L. / Fauber, B.P. / Glossop, S. / Grondine, M. / Hennessy, E. / Johannes, J. / Lee, S. / Lyne, P. / ...著者: Vasbinder, M.M. / Aquila, B. / Augustin, M. / Chen, H. / Cheung, T. / Cook, D. / Drew, L. / Fauber, B.P. / Glossop, S. / Grondine, M. / Hennessy, E. / Johannes, J. / Lee, S. / Lyne, P. / Mortl, M. / Omer, C. / Palakurthi, S. / Pontz, T. / Read, J. / Sha, L. / Shen, M. / Steinbacher, S. / Wang, H. / Wu, A. / Ye, M.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4755
ポリマ－94,0543
非ポリマー4212
水27015
1
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7372
ポリマ－31,3511
非ポリマー3851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3511
ポリマ－31,3511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3872
ポリマ－31,3511
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)204.740, 204.740, 152.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-801-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 31351.328 Da / 分子数: 3 / 断片: protein kinase domain (UNP residues 448-722) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-10Z / N-(4-{[(2-methoxyethyl)amino]methyl}phenyl)-6-(pyridin-4-yl)quinazolin-2-amine


分子量: 385.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N5O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: salt, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.25 Å / Num. all: 28238 / Num. obs: 28238 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル解像度: 3.1→3.17 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UWH

1uwh


解像度: 3.1→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 18.585 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.983 / ESU R Free: 0.422 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27158 1412 5 %RANDOM
Rwork0.22166 ---
all0.22413 26825 --
obs0.22413 26825 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6367 0 30 15 6412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9778965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.789314264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0125795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69523.811286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.487151199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6881540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.26485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.23253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23724
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1625188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.10121623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32636430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29743196
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.01662535
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.182 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 96 -
Rwork0.359 1816 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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