[日本語] English
万見
- PDB-4h53: Influenza N2-Tyr406Asp neuraminidase in complex with beta-Neu5Ac -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h53
タイトルInfluenza N2-Tyr406Asp neuraminidase in complex with beta-Neu5Ac
要素Neuraminidase
キーワードHYDROLASE / NEURAMINIDASE / INFLUENZA VIRUS SURFACE
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-neuraminic acid / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vavricka, C.J. / Liu, Y. / Kiyota, H. / Sriwilaijaroen, N. / Qi, J. / Tanaka, K. / Wu, Y. / Li, Q. / Li, Y. / Yan, J. ...Vavricka, C.J. / Liu, Y. / Kiyota, H. / Sriwilaijaroen, N. / Qi, J. / Tanaka, K. / Wu, Y. / Li, Q. / Li, Y. / Yan, J. / Suzuki, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Influenza neuraminidase operates via a nucleophilic mechanism and can be targeted by covalent inhibitors
著者: Vavricka, C.J. / Liu, Y. / Kiyota, H. / Sriwilaijaroen, N. / Qi, J. / Tanaka, K. / Wu, Y. / Li, Q. / Li, Y. / Yan, J. / Suzuki, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Structure summary
改定 1.22013年7月31日Group: Database references / Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,53022
ポリマ－172,0274
非ポリマー8,50318
水39,3812186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25860 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area46730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.217, 114.831, 84.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 43006.688 Da / 分子数: 4 / 断片: ECTODOMAIN, UNP residues 82-469 / 変異: Y406D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/RI/5+/1957(H2N2) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q194T1

-
糖 , 7種, 14分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 2190分子

#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v Polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 248232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TIA

3tia


解像度: 1.5→39.051 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.9266 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1613 12469 5.02 %RANDOM
Rwork0.14 ---
all0.1613 248190 --
obs0.1411 248190 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.664 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 60.62 Å2 / Biso mean: 12.3543 Å2 / Biso min: 3.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3941 Å20 Å2-2.2457 Å2
2---1.759 Å2-0 Å2
3---0.3649 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12052 0 565 2186 14803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36617688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.834791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1411983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052249
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5001-1.51720.19814050.1945760697
1.5172-1.5350.20934150.18527818100
1.535-1.55370.19634120.17747800100
1.5537-1.57340.19854450.17037818100
1.5734-1.59410.17893860.15727940100
1.5941-1.6160.18274360.15377785100
1.616-1.6390.1894100.157851100
1.639-1.66350.17224210.1417879100
1.6635-1.68950.17454010.14127815100
1.6895-1.71720.1664270.13737848100
1.7172-1.74680.17433850.13597860100
1.7468-1.77860.16373940.13227861100
1.7786-1.81280.17264610.13287826100
1.8128-1.84980.1623820.13157887100
1.8498-1.890.16714280.13317840100
1.89-1.9340.16313880.13227865100
1.934-1.98230.16034020.14087894100
1.9823-2.03590.16294640.13557815100
2.0359-2.09580.15744230.13667844100
2.0958-2.16350.15714320.13587843100
2.1635-2.24080.15824220.13377826100
2.2408-2.33050.15654250.13447908100
2.3305-2.43660.15363950.13597852100
2.4366-2.5650.1614070.1427890100
2.565-2.72570.17074300.15027908100
2.7257-2.9360.16353900.14687871100
2.936-3.23140.15024060.14467950100
3.2314-3.69870.15454040.12837898100
3.6987-4.65870.13184310.11837915100
4.6587-39.06470.15434420.1498008100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0273-0.0350.01950.0641-0.05990.04760.0266-0.01650.01140.0229-0.0378-0.0009-0.0041-0.0163-00.0535-0.00210.00810.0486-0.01590.055635.5373-6.038615.8384
20.2176-0.04220.02490.0851-0.06770.0433-0.00020.00740.0071-0.01090.00930.0024-0.00030.001200.0495-0.00290.00340.04030.00010.031524.5247-12.31742.6425
30.0547-0.0190.03910.0720.0120.0333-0.01290.0570.08-0.04790.0571-0.0060.0280.03610.00320.0508-0.00940.01150.05410.01150.043824.77843.87-1.7003
40.03980.03510.03920.03670.01950.0378-0.03040.04410.0679-0.00960.03890.011-0.024-0.003-00.0636-0.00190.00640.05210.00830.07928.87776.50781.3901
50.04930.0072-0.00280.0618-0.02770.0095-0.01490.09460.08-0.10480.0010.0220.0267-0.0233-0.00220.07820.00140.01350.06450.01890.073933.98217.0688-2.6201
60.05690.03-0.0150.07890.00350.0241-0.00930.0730.0645-0.0504-0.0261-0.010400.0444-0.02630.072-0.00790.01880.08080.02360.055446.05593.8146-5.9402
70.0520.0053-0.00620.0522-0.03140.03440.00780.0360.0244-0.0306-0.0342-0.0287-0.03130.040100.0601-0.01070.01210.05830.00720.057348.9093-1.46774.6925
80.1941-0.02910.00770.0107-0.02750.0540.00460.0170.0126-0.0023-0.0173-0.0301-0.0092-0.0147-0.00040.0499-0.00450.01370.048-0.0080.034141.1452-14.29547.8274
90.08870.0423-0.00150.0226-0.0007-0.0023-0.03070.02450.04030.05140.025-0.0266-0.0062-0.0078-00.07410.0119-0.00140.05040.00710.04927.2268-13.29055.5444
100.1415-0.04310.00390.0709-0.09870.1601-0.00470.0003-0.004-0.02120.01640.0216-0.0125-0.0036-00.0455-0.0027-0.00440.04360.00370.05783.7465-30.03912.0422
110.0439-0.0078-0.02810.0321-0.02630.0429-0.0167-0.0241-0.0205-0.00340.03860.0710.0097-0.0540.00280.06120.0022-0.01340.06430.00480.0836-12.004-24.428910.6074
120.0365-0.016-0.0170.0313-0.02060.02480.01110.0262-0.01-0.01950.04030.0496-0.0082-0.0599-00.05240.005-0.00780.0650.00960.0763-11.9295-19.51817.6888
130.0299-0.0024-0.00610.0043-0.00860.01440.00320.00770.01680.00530.05520.0410.0562-0.05630.0050.06010.0013-0.0110.0890.01110.0888-13.539-21.05331.6942
140.03430.02520.00270.0271-0.01710.0297-0.02880.0734-0.0012-0.04620.0470.05050.0154-0.07360.00160.0933-0.0165-0.03110.10450.010.0803-10.8004-22.4002-10.8434
150.02510.00530.01490.0551-0.03830.0749-0.03040.05710.0154-0.0570.03090.03690.0225-0.0359-00.0756-0.002-0.01820.06840.01280.0587-0.3837-16.1702-10.4718
160.09530.02090.01780.046-0.07690.10880.00610.03110.0051-0.02380.00120.02570.0069-0.008200.0616-0.0041-0.00650.04550.00030.050110.5592-22.4698-2.1766
170.09380.06050.02480.03790.01470.00310.0299-0.016-0.00460.0076-0.0113-0.0018-0.002-0.053-00.07030.00380.01110.0613-0.00410.048331.92-25.468239.7506
180.06680.08860.00970.15-0.03670.04790.0067-0.0081-0.00810.00450.001-0.00710.00680.020900.03550.00240.00260.0459-0.00360.042940.2369-27.085622.4185
190.0287-0.02760.02530.0578-0.01620.01930.0144-0.01730.01990.0102-0.0064-0.01010.00760.004200.0423-0.00280.0110.0509-0.00610.044841.7474-15.445926.5927
200.01690.0217-0.02560.0471-0.0010.0503-0.0172-0.02380.03690.00370.0038-0.03030.00020.033700.0519-0.00040.00250.0662-0.01050.061649.5437-11.435436.749
210.03770.0329-0.00720.0254-0.01040.03280.0099-0.02520.01710.0935-0.0227-0.0343-0.02690.013800.072-0.0048-0.00580.0611-0.01170.057947.948-13.355541.8953
220.01780.01920.01620.0288-0.00580.03660.04330.03840.01720.079-0.0611-0.0567-0.02270.03130.00350.0792-0.0075-0.0090.0749-0.00760.072852.5724-17.56243.7558
230.10110.01260.02150.0203-0.00550.00510.0312-0.0394-0.00910.0753-0.0407-0.1149-0.03510.05580.00040.0688-0.0063-0.02710.08840.01130.079656.7342-29.379246.4343
240.0610.0410.0070.03820.00330.04170.0388-0.0543-0.04770.0294-0.0161-0.07350.02110.028900.0675-0.0082-0.0130.06890.00710.045745.756-34.340247.1845
250.02330.01280.02170.0581-0.03480.04750.0164-0.0018-0.00690.0328-0.01360.00220.0133-0.0172-00.0458-0.0050.01180.0531-0.00640.040635.946-26.435840.5725
260.05670.00970.03990.0538-0.05520.07240.0325-0.0037-0.03730.02380.0001-0.02980.02510.012700.05730.00350.00040.0566-0.00550.057339.5902-39.591129.8719
270.0960.0484-0.00080.0362-0.0680.1174-0.00590.00760.0310.01090.00880.0136-0.0325-0.015800.05350.00910.0040.0480.00360.05878.5979-34.000828.7981
280.03170.00320.00850.00790.01440.02010.01820.0038-0.03780.00310.020.01870.04420.003600.0532-0.0002-0.00270.0470.00570.057227.02-46.983926.5606
290.15970.06140.05720.1391-0.05650.17510.006-0.0306-0.02020.03880.01310.0178-0.0004-0.02610.00030.04410.00560.01140.04550.01160.04897.8054-43.563140.6915
300.08530.05160.03910.0763-0.03680.071-0.01430.0036-0.01420.01440.01880.01480.019-0.0217-00.04360.00540.00090.04640.00660.06747.4186-43.217323.6806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 82:111)A82 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 112:230)A112 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 231:258)A231 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 259:290)A259 - 290
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 291:311)A291 - 311
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 312:351)A312 - 351
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 352:406)A352 - 406
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 407:469)A407 - 469
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 82:111)B82 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 112:230)B112 - 230
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 231:258)B231 - 258
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 259:290)B259 - 290
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 291:311)B291 - 311
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 312:351)B312 - 351
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 352:406)B352 - 406
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 407:469)B407 - 469
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 82:111)C82 - 111
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 112:156)C112 - 156
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 157:230)C157 - 230
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 231:258)C231 - 258
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 259:290)C259 - 290
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resseq 291:311)C291 - 311
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resseq 312:351)C312 - 351
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resseq 352:406)C352 - 406
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resseq 407:429)C407 - 429
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resseq 430:469)C430 - 469
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 82:134)D82 - 134
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 135:156)D135 - 156
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 157:406)D157 - 406
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resseq 407:469)D407 - 469

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る