PDB-4h4e: IspH in complex with (E)-4-mercapto-3-methylbut-2-enyl diphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h4e

タイトル

IspH in complex with (E)-4-mercapto-3-methylbut-2-enyl diphosphate

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / iron-sulfur protein / reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Span, I. / Eisenreich, W. / Jauch, J. / Bacher, A. / Groll, M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Structures of Fluoro, Amino, and Thiol Inhibitors Bound to the [Fe(4) S(4) ] Protein IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Jauch, J. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2012年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h4e.cif.gz	262.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h4e.ent.gz	212.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h4cC 4h4dC 3ke8S 3dnf 3f7t S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ke8-2 3zgl-2 3utd-2 3kem-3 3szo-2 4h4c-2 4mux-1 3utc-1 3uv7-2 3uwm-1 3f7t-1 3uv7-1 3utd-1 3zgn-1 3uwm-2 3f7t-2 3ke9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.700, 80.670, 111.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 9 - 317

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999567, -0.009099, 0.027998), (-0.009485, 0.999862, -0.013667), (-0.02787, -0.013927, -0.999515)	-4.38129, 0.02026, -0.06311

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / IspH 分子量: 35675.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0029, ispH, JW0027, lytB, yaaE / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-10G / (2E)-3-methyl-4-sulfanylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / (E)-4-メルカプト-3-メチル-2-ブテニルジホスファ-ト分子量: 278.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月13日
放射	モノクロメーター: double-crystal fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 70767 / Num. obs: 70625 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / R_sym value: 0.438 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KE8

3ke8

解像度: 1.7→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.957 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21308	3532	5 %	RANDOM
R_work	0.17789	-	-	-
obs	0.17962	67092	99.77 %	-
all	-	70324	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.689 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	46	486	5305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.019	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.262	1.977	6648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.529	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.86	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.618	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.862	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.198	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	3674

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2391 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
MEDIUM THERMAL	2.4	2

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	233	-
R_work	0.213	4493	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.925	0.5054	0.1234	0.1281	-0.05	0.149	-0.0175	0.0223	-0.0794	-0.0441	0.0007	0.001	0.0441	0.0113	0.0169	0.1445	-0.0117	-0.0279	0.1571	-0.0109	0.1578	-26.1518	-7.9135	7.5172
2	1.7439	-0.3815	0.6626	0.6166	-0.1206	0.254	0.1347	0.1235	-0.1189	0.1056	-0.0943	0.0274	0.0515	0.0338	-0.0404	0.1416	-0.0059	-0.0246	0.1725	0.0061	0.1292	-5.4566	-10.133	11.0627
3	2.522	0.713	-0.5762	1.0694	-0.2626	0.359	0.2253	-0.2434	-0.1928	0.1217	-0.3461	-0.0682	-0.0568	0.1495	0.1209	0.1416	-0.0434	-0.0943	0.1865	0.0762	0.1062	4.9314	-13.2095	22.0732
4	3.508	0.925	-0.3521	0.9079	-0.4644	0.2435	0.0424	-0.0086	-0.2117	0.1618	-0.0464	-0.033	-0.0918	0.0207	0.0039	0.1697	-0.0287	-0.0119	0.1607	0.0139	0.1169	-8.57	-10.1496	21.7579
5	3.8808	3.4285	0.7064	5.2866	-0.4246	0.6176	-0.0444	-0.4834	-0.0732	0.2438	0.047	-0.0484	-0.1588	-0.2933	-0.0026	0.1802	-0.0442	-0.0876	0.2518	0.0735	0.0808	2.081	-9.251	27.8611
6	0.7873	-0.119	0.9373	1.218	-0.7707	1.4513	0.179	-0.053	0.0041	0.1263	-0.2419	-0.1178	0.1102	0.0604	0.0629	0.1666	-0.0431	-0.055	0.1843	0.0441	0.1412	5.9217	-4.593	20.8482
7	4.6715	-1.7351	1.04	5.2243	-2.3267	1.0777	-0.0854	0.0632	0.2995	0.3227	-0.135	-0.7062	-0.0988	0.0233	0.2204	0.0958	-0.0681	-0.1861	0.0999	0.1007	0.3882	13.2483	-0.0828	22.7962
8	0.5162	-0.2782	0.2213	0.556	0.0142	0.2895	0.0056	0.0355	-0.0205	-0.0784	-0.0472	-0.1503	-0.0088	0.0356	0.0416	0.1225	-0.0183	-0.0167	0.1643	0.0346	0.1655	3.9273	-0.4739	11.8665
9	1.517	-0.5955	-0.1158	4.8149	0.8246	0.1638	0.2496	0.2569	0.2664	-0.0297	-0.1953	-0.7282	0.0106	-0.0412	-0.0542	0.0796	-0.0147	0.0594	0.1493	0.1009	0.3569	8.6659	15.5868	9.1762
10	0.3384	0.4918	-0.4873	1.2993	-0.5964	0.7384	0.0003	0.0473	0.0303	0.2115	0.0704	-0.1262	-0.0007	-0.048	-0.0706	0.188	-0.0322	-0.0446	0.1334	0.0119	0.1279	-4.2319	12.1237	17.3622
11	1.1627	-0.9552	0.1404	2.4137	-0.4019	0.5191	-0.0073	-0.086	0.0621	0.2977	-0.0863	-0.2315	-0.1537	0.0354	0.0936	0.1541	-0.0602	-0.0555	0.1028	-0.0093	0.1448	-0.7684	21.1301	16.2665
12	0.5321	0.2248	0.0643	1.7954	0.1362	0.0162	0.0348	-0.0063	0.0312	-0.0269	-0.0479	0.0646	-0.0059	0.008	0.0131	0.1522	-0.0144	-0.001	0.1347	0.0155	0.136	-11.1228	14.3949	10.0587
13	1.6429	0.1468	0.5664	2.282	1.4943	1.1149	0.1303	0.0105	0.1394	-0.1193	-0.055	-0.1897	-0.0371	-0.0434	-0.0754	0.1837	-0.0077	0.0233	0.1291	0.0349	0.125	-5.9055	22.8585	5.2883
14	0.598	0.3704	-0.3777	0.3643	-0.0508	0.5169	-0.0198	0.0374	0.0448	-0.0327	0.0035	0.0521	0.0131	0.0081	0.0163	0.1378	-0.0018	-0.0194	0.157	0.0108	0.1451	-15.8531	2.9111	5.7266
15	0.9479	-0.0258	0.1275	0.3185	-0.2987	0.3351	0.0346	-0.0154	0.0485	0.0816	-0.0011	0.1097	-0.0508	0.033	-0.0335	0.1333	0.001	0.02	0.1391	-0.0042	0.1737	-23.832	0.461	15.7348
16	1.3277	-0.5014	0.4297	1.6639	-1.2053	1.3139	-0.0435	-0.0578	-0.1375	0.1248	0.1097	0.3086	0.1239	-0.0551	-0.0662	0.1351	-0.0099	0.0802	0.1504	0.007	0.1729	-32.7572	-8.4612	20.492
17	2.0389	-0.0489	-0.247	0.0358	-0.0762	0.3493	-0.0414	0.0537	-0.0379	-0.0067	0.0249	0.0283	0.0553	0.0126	0.0165	0.1378	-0.0163	-0.008	0.144	0.0007	0.154	-20.62	-11.532	13.5485
18	1.6684	0.5051	-0.9827	1.3074	-1.9756	3.0941	0.1688	0.0688	-0.0657	-0.1778	0.006	0.1708	0.2586	0.0691	-0.1748	0.1349	-0.0194	-0.0001	0.1717	-0.0054	0.1467	-27.6773	-11.8234	7.5964
19	3.0614	-0.0204	1.0966	0.0139	-0.1364	1.6315	-0.0257	0.0849	-0.0772	-0.0065	-0.0079	-0.0012	0.0779	0.0658	0.0336	0.1335	0.0056	-0.0169	0.1701	-0.0031	0.1319	-3.4841	-7.3975	2.2094
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39	1.9552	0.5756	0.884	0.3183	0.6602	1.5314	-0.0679	-0.1888	-0.0434	0.0029	-0.0396	0.0161	0.0836	-0.0991	0.1075	0.1458	-0.0126	-0.0057	0.1709	0.0072	0.1216	-2.0379	-7.79	-2.966
40	19.2908	-5.0757	-6.3099	9.7016	-10.895	21.4463	-1.3184	-0.6328	0.0826	-0.1969	0.6841	-0.2437	1.4521	-1.1191	0.6343	0.2511	-0.2186	0.153	0.5491	-0.3513	0.2359	-12.2537	-16.0255	-7.6282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	2 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 248
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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