PDB-4h43: Structure of the Salmonella plasmid virulence C protein (SpvC) H1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h43

タイトル

Structure of the Salmonella plasmid virulence C protein (SpvC) H106N mutant.

要素

27.5 kDa virulence protein

キーワード

LYASE / phosphothreonine lyase / dephosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.304 Å

データ登録者

Shenoy, A.G. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and mechanistic Investigations of phosphothreonine lyase class of enzymes.
著者: Shenoy, A.G. / Kuznetsov, V. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.

履歴

登録	2012年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h43.cif.gz	190.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h43.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4h43_validation.pdf.gz	418.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h43_full_validation.pdf.gz	419.6 KB	表示
XML形式データ	4h43_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	4h43_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h43	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3b06S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z8m-2 4hah-1 1s3y-d 4dar-d 4q7z-d 2zi4-d 4mkn-d 4q80-1 5bxv-2 5mox-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 27.5 kDa virulence protein

B: 27.5 kDa virulence protein

55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 27.5 kDa virulence protein

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 27.5 kDa virulence protein

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.989, 70.989, 142.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	27.5 kDa virulence protein 分子量: 27657.096 Da / 分子数: 2 / 変異: H106N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 遺伝子: mkaD, PSLT038, salmonella plasmid virulence (spv), spvC, vsdD 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+RIL / 参照: UniProt: P0A2M9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

27.5 kDa virulence protein

分子量: 27657.096 Da / 分子数: 2 / 変異: H106N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
遺伝子: mkaD, PSLT038, salmonella plasmid virulence (spv), spvC, vsdD
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+RIL / 参照: UniProt: P0A2M9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 550 MME, 10% PEG 20k, 0.1 M Amino Acid Mix, 0.1 M Buffer System 1 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97591 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97591 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 35594 / Num. obs: 35594 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3542 / R_sym value: 0.542 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 3B06

3b06

解像度: 2.304→35.494 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2156	1825	5.14 %	Random
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.1767	35538	99.72 %	-
all	-	35538	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.889 Å² / k_sol: 0.326 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7047 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.7047 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4093 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.304→35.494 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3478	0	0	191	3669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.98	4784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.288	1354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	644

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3036-2.3659	0.2308	140	0.2036	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3659-2.4355	0.2844	134	0.2004	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4355-2.5141	0.2116	144	0.1877	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5141-2.6039	0.2196	140	0.1887	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6039-2.7081	0.2162	145	0.1923	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7081-2.8313	0.2435	151	0.197	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8313-2.9805	0.2459	129	0.1989	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9805-3.1672	0.2636	142	0.2062	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1672-3.4115	0.236	152	0.1819	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4115-3.7545	0.2036	144	0.1798	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7545-4.297	0.1932	137	0.1557	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
4.297-5.4106	0.1862	132	0.1341	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4106-35.4987	0.2023	135	0.1752	2576	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8123	-1.2643	-1.7044	1.8621	0.6334	1.2347	-0.0188	0.3083	-0.502	-0.0952	-0.0592	-0.0706	0.1145	-0.0859	0.0892	0.0796	-0.0722	0.0265	0.606	-0.0894	0.3215	15.3209	-35.157	-9.4695
2	1.2874	1.6817	1.1374	4.0998	4.0832	5.7781	0.1799	-0.1723	-0.0813	0.681	-0.2161	-0.0076	0.3318	-0.3728	-0.0165	0.1976	-0.0772	0.0392	0.4243	0.0394	0.3287	0.5924	-26.6617	10.7051
3	4.1656	-2.1253	0.7868	4.6297	0.0693	1.4049	0.0262	0.1855	-0.1534	0.0803	-0.1606	0.2332	0.0446	-0.0766	0.1255	0.1437	-0.0361	0.0207	0.4635	0.0214	0.2115	6.2074	-26.7819	0.4752
4	2.6845	-3.6734	-2.1772	6.3619	4.4124	8.6752	0.2445	0.3354	0.2132	0.0168	-0.4724	-0.354	-0.6186	-0.4841	0.1953	0.2207	-0.0635	-0.0385	0.3912	0.0332	0.3331	6.9097	-13.9345	5.936
5	5.5956	-3.5481	0.2885	5.4997	0.0468	1.2359	0.0228	0.2147	-0.0702	-0.0452	0.0288	-0.039	-0.1622	0.1243	-0.0675	0.1666	-0.0594	0.0169	0.4864	0.0265	0.1747	12.8471	-25.9933	-6.9919
6	6.7393	3.6257	5.748	6.8569	0.7727	6.3143	0.1869	-0.6705	0.0336	0.9653	0.3399	-1.2111	-0.54	0.8211	-0.4502	0.3587	-0.0936	-0.09	0.8332	-0.164	0.413	24.1333	-21.4803	2.9119
7	4.3419	-0.5574	-1.1367	8.8942	2.9084	5.4713	0.1467	-0.2656	0.0075	0.0485	0.0074	-0.9573	-0.6159	0.625	-0.187	0.2069	-0.1028	0.0178	0.6066	0.0215	0.3036	25.4887	-22.296	-6.4228
8	1.7267	1.948	-0.3804	7.1463	-1.8599	1.4633	0.147	-0.1037	-0.2423	0.3628	-0.2849	-0.3728	-0.073	0.2392	0.0859	0.4	-0.3712	-0.0688	0.2259	0.1172	0.3037	22.7946	-30.8029	35.996
9	8.6228	-4.761	5.6235	2.7405	-3.7245	7.1427	0.2069	0.8814	-0.1504	-0.1551	-0.1514	-0.0403	-0.1378	0.5091	-0.0492	0.334	-0.1598	0.054	0.3269	0.0256	0.3135	22.7811	-13.8539	15.922
10	3.1307	-0.8386	0.2023	4.7092	0.297	1.8081	-0.0069	0.0697	0.083	0.1562	-0.0662	-0.3008	-0.0771	0.092	0.0894	0.3274	-0.1551	0.012	0.2462	-0.0102	0.2118	20.0835	-18.7709	26.1765
11	6.8669	-6.5344	3.9673	7.228	-3.7177	7.0136	-0.2305	-0.0679	-0.1944	0.2795	0.0862	0.2206	-0.5457	-0.3301	0.1231	0.2759	-0.132	0.0051	0.2985	-0.0433	0.2641	8.665	-12.9178	20.8074
12	2.2946	-1.2529	-0.0721	5.5959	-0.418	1.408	0.0186	-0.1311	-0.0732	0.2593	-0.0369	0.0781	-0.0294	-0.1313	0.0207	0.3638	-0.1802	0.0137	0.2968	0.0067	0.2234	16.1274	-24.0814	33.6807
13	2.4536	0.3673	3.6544	1.5125	2.1632	7.2438	0.573	0.1226	-0.5089	-0.5878	-0.0299	0.8401	0.4098	-0.7379	-0.372	0.5764	-0.2154	-0.1577	0.5068	-0.0101	0.4936	6.5591	-31.6613	23.5906
14	2.4882	-3.2376	2.3578	5.4602	-2.403	2.7136	0.119	0.0515	-0.4243	0.0226	0.0231	0.6265	0.3802	-0.8091	-0.1233	0.4552	-0.2303	0.0048	0.4439	0.0064	0.3201	6.613	-33.2277	33.0945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 28:60)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 61:91)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 92:138)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 139:158)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 159:209)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 210:222)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 223:241)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 28:60)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 61:91)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 92:138)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 139:158)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 159:209)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 210:222)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 223:241)

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新型コロナ情報

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