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Yorodumi- PDB-4h43: Structure of the Salmonella plasmid virulence C protein (SpvC) H1... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h43 | ||||||
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Title | Structure of the Salmonella plasmid virulence C protein (SpvC) H106N mutant. | ||||||
Components | 27.5 kDa virulence protein | ||||||
Keywords | LYASE / phosphothreonine lyase / dephosphorylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on phosphates / lyase activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.304 Å | ||||||
Authors | Shenoy, A.G. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structural and mechanistic Investigations of phosphothreonine lyase class of enzymes. Authors: Shenoy, A.G. / Kuznetsov, V. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h43.cif.gz | 190.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h43.ent.gz | 153.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h43.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4h43_validation.pdf.gz | 418.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4h43_full_validation.pdf.gz | 419.6 KB | Display | |
Data in XML | 4h43_validation.xml.gz | 18 KB | Display | |
Data in CIF | 4h43_validation.cif.gz | 25.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h43 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3b06S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27657.096 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H106N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 Gene: mkaD, PSLT038, salmonella plasmid virulence (spv), spvC, vsdD Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)codon+RIL / References: UniProt: P0A2M9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.76 Å3/Da / Density % sol: 67.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 550 MME, 10% PEG 20k, 0.1 M Amino Acid Mix, 0.1 M Buffer System 1 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 0.97591 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97591 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 35594 / Num. obs: 35594 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 33.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3542 / Rsym value: 0.542 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB Entry 3B06 Resolution: 2.304→35.494 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.97 / Phase error: 21.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.889 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.304→35.494 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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