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- PDB-4h41: Crystal structure of a putative alpha-L-fucosidase (BT_0435) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h41
タイトルCrystal structure of a putative alpha-L-fucosidase (BT_0435) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.80 A resolution
要素putative alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE / carbohydrate metabolism / host glycans / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF4434 / Domain of unknown function (DUF4434) / : / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG6 / Unknown ligand / DUF4434 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative alpha-L-fucosidase (BT_0435) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Refinement description
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative alpha-L-fucosidase
B: putative alpha-L-fucosidase
C: putative alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,16023
ポリマ－120,2563
非ポリマー3,90420
水14,358797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14230 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area35710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.670, 125.700, 80.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND CRYSTAL PACKING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 putative alpha-L-fucosidase


分子量: 40085.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_0435, NP_809348.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8AAM9

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非ポリマー , 7種, 817分子

#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 28-366 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40.0% polyethylene glycol 400, 5.0% polyethylene glycol 3000, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97895
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.135 Å / Num. all: 89110 / Num. obs: 89110 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 12.7 % / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.855.30.5952.12173941120.59560.5
1.85-1.95.60.492.52769349650.4972.3
1.9-1.958.50.4763.64655154680.47682.5
1.95-2.0112.60.44457722361530.44494.7
2.01-2.0813.90.3746.28770863110.374100
2.08-2.15140.3067.58486360750.306100
2.15-2.23140.2568.78248259050.256100
2.23-2.32140.2299.97855756120.229100
2.32-2.43140.20211.17616554350.202100
2.43-2.55140.17612.47257451690.176100
2.55-2.68140.16613.56976249690.166100
2.68-2.8514.10.1415.96540346520.14100
2.85-3.0414.10.11918.46175143850.119100
3.04-3.2914.10.10421.65749340750.104100
3.29-3.614.10.09424.65329137810.094100
3.6-4.02140.08727.74792834150.087100
4.02-4.6514.10.08329.64205629910.083100
4.65-5.6914.10.0928.83614825710.09100
5.69-8.05140.098272764219770.098100
8.05-29.13513.60.088301486010890.08898.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.135 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9455 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9373 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION ...詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENTS (1PE,PE4,PG6,AND PG4) FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND SODIUM (NA) FROM THE PURIFICATION BUFFER HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 4. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) WAS MODELED IN THE PUTATIVE ACTIVE SITE OF EACH PROTOMER. 5. 18 N-TERMINAL RESIDUES OF A AND C AND 11 RESIDUES OF B MOLECULES WERE NOT MODELED 6. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 7. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE SAD PHASES. 8. HYDROGEN ATOMS WERE INCLUDED IN THE REFINEMENT AND TREATED BY BUSTER AS CONTRIBUTING TO FCALC.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.158 4444 4.99 %RANDOM
Rwork0.1331 ---
obs0.1343 89070 93.62 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.41 Å2 / Biso mean: 26.8024 Å2 / Biso min: 6.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8224 Å20 Å25.0947 Å2
2--8.7222 Å20 Å2
3----0.8998 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.169 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7899 0 250 797 8946
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4515SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2290HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16269HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1002SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance5HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18648SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d16269HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg29270HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.17
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 215 5 %
Rwork0.1989 4085 -
all0.2004 4300 -
obs--93.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2776-0.11710.09041.29670.02130.392-0.0010.01450.0919-0.0506-0.026-0.2262-0.05190.00870.0271-0.0550.00470.0157-0.07240.00410.0063-6.493499.986523.8997
20.5075-0.3290.14411.001-0.13290.2826-0.0802-0.0411-0.01540.210.0352-0.104-0.05590.02750.0450.0019-0.0046-0.0359-0.06420.0148-0.0478-0.981165.637440.877
30.4039-0.1202-0.04080.76810.1650.53280.07130.1167-0.1048-0.1376-0.05950.0610.0326-0.0507-0.0118-0.02240.0164-0.0361-0.0275-0.0399-0.041-15.969567.00095.7573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|46 - 366 }A46 - 366
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|39 - 366 }B39 - 366
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|46 - 366 }C46 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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