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- PDB-5vxo: Crystal Structure Analysis of human CLYBL in complex with propion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vxo
タイトルCrystal Structure Analysis of human CLYBL in complex with propionyl-CoA
要素Citrate lyase subunit beta-like protein, mitochondrial
キーワードLYASE / CLYBL / trimer / propionyl-CoA / citrate form / PEG form
機能・相同性
機能・相同性情報


(3S)-malyl-CoA thioesterase / positive regulation of cobalamin metabolic process / regulation of cobalamin metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アシル基転移の際、アルキル基への変換を伴うもの / (S)-citramalyl-CoA lyase / (S)-citramalyl-CoA lyase activity / malate synthase / malate synthase activity / protein homotrimerization / hydrolase activity ...(3S)-malyl-CoA thioesterase / positive regulation of cobalamin metabolic process / regulation of cobalamin metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アシル基転移の際、アルキル基への変換を伴うもの / (S)-citramalyl-CoA lyase / (S)-citramalyl-CoA lyase activity / malate synthase / malate synthase activity / protein homotrimerization / hydrolase activity / magnesium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Citramalyl-CoA lyase / Citrate lyase beta subunit-like / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
propionyl Coenzyme A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Citramalyl-CoA lyase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.266 Å
データ登録者Shen, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R24DK080261 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: The Human Knockout Gene CLYBL Connects Itaconate to Vitamin B12.
著者: Shen, H. / Campanello, G.C. / Flicker, D. / Grabarek, Z. / Hu, J. / Luo, C. / Banerjee, R. / Mootha, V.K.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate lyase subunit beta-like protein, mitochondrial
B: Citrate lyase subunit beta-like protein, mitochondrial
C: Citrate lyase subunit beta-like protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,30648
ポリマ－108,2273
非ポリマー6,08045
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18320 Å2
ΔGint66 kcal/mol
Surface area33600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.589, 131.841, 82.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...
21(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...
31(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISASNASN(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA40 - 5417 - 31
12ASPASPASPASP(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA5532
13HISHISILEILE(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA40 - 33717 - 314
14HISHISILEILE(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA40 - 33717 - 314
15HISHISILEILE(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA40 - 33717 - 314
16HISHISILEILE(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA40 - 33717 - 314
17HISHISILEILE(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA40 - 33717 - 314
18HISHISILEILE(chain A and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...AA40 - 33717 - 314
21HISHISASNASN(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB40 - 5417 - 31
22ASPASPASPASP(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB5532
23HISHIS1VU1VU(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB - W40 - 50117
24HISHIS1VU1VU(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB - W40 - 50117
25HISHIS1VU1VU(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB - W40 - 50117
26HISHIS1VU1VU(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB - W40 - 50117
27HISHIS1VU1VU(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB - W40 - 50117
28HISHIS1VU1VU(chain B and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...BB - W40 - 50117
31HISHISASNASN(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC40 - 5417 - 31
32ASPASPASPASP(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC5532
33HISHIS1VU1VU(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC - KA40 - 50117
34HISHIS1VU1VU(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC - KA40 - 50117
35HISHIS1VU1VU(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC - KA40 - 50117
36HISHIS1VU1VU(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC - KA40 - 50117
37HISHIS1VU1VU(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC - KA40 - 50117
38HISHIS1VU1VU(chain C and (resseq 40:54 or (resid 55 and (name...CC - KA40 - 50117

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Citrate lyase subunit beta-like protein, mitochondrial / Citrate lyase beta-like / Beta-methylmalate synthase / Malate synthase


分子量: 36075.527 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLYBL, CLB / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N0X4

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非ポリマー , 7種, 408分子

#2: 化合物 ChemComp-1VU / propionyl Coenzyme A


分子量: 823.597 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O17P3S
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1 uL protein at 4 mg/ml and well solution (0.1 M Na2HPO4:citric acid pH 4.2, 40% (v/v) PEG 300)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999973 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.266→82.323 Å / Num. obs: 47726 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 32.82 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 174831
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.266-2.2743.80.73219595200.6390.4370.854299.6
10.512-82.3233.60.03418155090.9890.0220.04130.498.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vxc

5vxc


解像度: 2.266→82.323 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 2405 5.04 %
Rwork0.1742 45287 -
obs0.1771 47692 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.94 Å2 / Biso mean: 37.9659 Å2 / Biso min: 14.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.266→82.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6942 0 391 363 7696
Biso mean--47.79 40.88 -
残基数----894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2219973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7054599
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2639X-RAY DIFFRACTION6.675TORSIONAL
12B2639X-RAY DIFFRACTION6.675TORSIONAL
13C2639X-RAY DIFFRACTION6.675TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2664-2.31270.31471240.240427332857100
2.3127-2.3630.29851280.224827892917100
2.363-2.41790.29511390.217226882827100
2.4179-2.47840.25151560.209827192875100
2.4784-2.54540.2611660.204626922858100
2.5454-2.62030.28571420.202527302872100
2.6203-2.70490.28611620.20042682284499
2.7049-2.80160.25751430.19372718286199
2.8016-2.91380.27481470.19842704285199
2.9138-3.04640.26981300.19732705283598
3.0464-3.2070.26921200.17922665278597
3.207-3.40790.2211350.17372626276196
3.4079-3.6710.21551530.15742554270794
3.671-4.04050.1971380.14762549268793
4.0405-4.62510.19161430.13712560270393
4.6251-5.82690.19031430.14782556269993
5.8269-82.37780.20441360.17022617275394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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