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万見
- PDB-4h3e: Crystal structure of a putative iron superoxide dismutase from Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3e
タイトルCrystal structure of a putative iron superoxide dismutase from Trypanosoma cruzi bound to iron
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / radical oxygen species / trypanosomiasis / parasitic euglenoid trypanosome / Chagas Disease / radical scavenger / hydrogen peroxide / antioxidant
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Iron superoxide dismutases in eukaryotic pathogens: new insights from Apicomplexa and Trypanosoma structures.
著者: Phan, I.Q. / Davies, D.R. / Moretti, N.S. / Shanmugam, D. / Cestari, I. / Anupama, A. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Stuart, K. / Schenkman, S. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5904
ポリマ－54,4782
非ポリマー1122
水6,269348
1
A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2952
ポリマ－27,2391
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2952
ポリマ－27,2391
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.650, 75.680, 117.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 233 / Label seq-ID: 28 - 241

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase / FeSOD


分子量: 27239.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053509775.40 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4DCQ3, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細L128F IS A NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: TrcrA.00198.b.B1 PS01521 at 23.05 mg/mL against JCSG+ screen condition G1: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001, crystal tracking ID 235439g1, unique puck ID gvr7-6, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: TrcrA.00198.b.B1 PS01521 at 23.05 mg/mL against JCSG+ screen condition G1: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001, crystal tracking ID 235439g1, unique puck ID gvr7-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月11日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 20854 / Num. obs: 20226 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 19.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.25-2.310.375.999504143094.4
2.31-2.370.3027.5210470141094.8
2.37-2.440.297.6310342138696.6
2.44-2.520.2698.189852131594.8
2.52-2.60.2678.199819132197.1
2.6-2.690.248.899355125996.5
2.69-2.790.208109204123395.7
2.79-2.90.19710.988645119699
2.9-3.030.16211.678478113296
3.03-3.180.12913.998066109696.6
3.18-3.350.10716.467679104899.3
3.35-3.560.09518.547387100297.9
3.56-3.80.08321.62689494997.9
3.8-4.110.07822.75637788398.3
4.11-4.50.07224.78592883098.8
4.5-5.030.0822.73529674899.1
5.03-5.810.10817.38479268099.1
5.81-7.120.11215.67399357499
7.12-10.060.06923.75308446299.1
10.060.04332.36158727296.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.15 Å
Translation3 Å44.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F2N

4f2n


解像度: 2.25→44.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.698 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2122 1038 5.1 %RANDOM
Rwork0.1709 ---
obs0.173 19189 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.54 Å2 / Biso mean: 13.3107 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3350 0 2 348 3700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9274712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00837242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0735428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24524.534161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93515517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9651510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02841
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12529 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.07 / タイプ: INTERATOMIC DISTANCE / Weight: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 59 -
Rwork0.17 1368 -
all-1427 -
obs--94.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.603-0.08470.04630.2751-0.00990.15270.02860.0231-0.0274-0.0343-0.02560.0054-0.0137-0.005-0.00310.05310-0.00760.01080.00090.002410.29831.04836.1511
20.4817-0.1651-0.13670.2454-0.02570.2134-0.0113-0.02890.010.00470.0275-0.0346-0.0024-0.0133-0.01620.03060.0022-0.01330.012-0.01040.027324.569611.269231.699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 233
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION2B20 - 233
4X-RAY DIFFRACTION2B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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