PDB-4h0n: Crystal structure of Spodoptera frugiperda DNMT2 E260A/E261A/K263...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h0n

タイトル

Crystal structure of Spodoptera frugiperda DNMT2 E260A/E261A/K263A mutant

要素

DNMT2

キーワード

TRANSFERASE / SAH binding

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (cytosine38-C5)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / tRNA processing / methylation / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.712 Å

データ登録者

Li, S. / Du, J. / Yang, H. / Yin, J. / Zhong, J. / Ding, J.

引用

ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2013
タイトル: Functional and structural characterization of DNMT2 from Spodoptera frugiperda.
著者: Li, S. / Du, J. / Yang, H. / Yin, J. / Ding, J. / Zhong, J.

履歴

登録	2012年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h0n.cif.gz	546.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h0n.ent.gz	455.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4h0n_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h0n_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4h0n_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	4h0n_validation.cif.gz	68.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/4h0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/4h0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g55S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4umt-d 5lhr-d 1nf5-2 5c1s-1 1omh-d 6p3q-2 1o23-1 5uxh-2 1zm5-d 5uxh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNMT2

B: DNMT2

C: DNMT2

D: DNMT2

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DNMT2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNMT2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNMT2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DNMT2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.394, 106.154, 151.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNMT2 / DNA methyltransferase 分子量: 38453.441 Da / 分子数: 4 / 変異: E260A/E261A/K263A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: SF9 / 遺伝子: DNMT2 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL 参照: UniProt: A0A2H1VE33*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES, pH 6.8, 16% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 42837 / Num. obs: 42751 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.161 / R_sym value: 0.161 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 0.69 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G55

1g55

解像度: 2.712→48.697 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2557	2144	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2018	-	-	-
obs	0.2045	42563	98.75 %	-
all	-	44707	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 24.476 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.6433 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.4992 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.144 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.712→48.697 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10736	0	108	194	11038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.919	14996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.92	4212
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1904

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.712-2.775	0.2946	101	0.2499	2357	X-RAY DIFFRACTION	88
2.775-2.8444	0.3181	158	0.2709	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8444-2.9213	0.35	134	0.2732	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9213-3.0073	0.3658	146	0.2569	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0073-3.1043	0.3232	136	0.2487	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1043-3.2152	0.3012	133	0.2396	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2152-3.3439	0.2957	153	0.2223	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3439-3.4961	0.2929	136	0.2036	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4961-3.6804	0.2711	155	0.1859	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6804-3.9108	0.2071	165	0.1712	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9108-4.2127	0.1896	142	0.1615	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2127-4.6363	0.1893	145	0.1462	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6363-5.3065	0.2176	138	0.1556	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3065-6.6828	0.2781	145	0.2299	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6828-48.7048	0.2149	157	0.2014	2805	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1342	1.6852	-0.1198	3.5824	-0.9139	0.9644	0.1384	-0.0719	0.1309	-0.2503	-0.0658	0.4258	0.0481	-0.3154	-0.0657	0.2162	0.0049	-0.0796	0.2357	0.0242	0.3075	94.5961	115.7637	159.3462
2	4.2662	-2.1672	-1.7904	6.2209	1.25	2.9312	-0.0707	0.2144	-0.4221	0.0367	0.062	0.4248	0.3345	-0.2274	0.1314	0.3785	-0.1034	-0.0066	0.2622	-0.0199	0.1689	105.4428	112.2806	154.1205
3	3.5543	-0.8631	-1.3128	6.1367	3.0885	3.86	-0.152	0.0061	-0.2165	0.7343	0.1747	0.056	0.2797	-0.0589	0.1375	0.2778	-0.0198	0.029	0.2828	0.0062	0.2543	108.023	110.2371	146.4416
4	3.1915	-1.0121	-0.3985	3.1734	-0.7569	3.7866	0.1863	0.1282	-0.1189	0.0983	-0.1229	-0.081	-0.3247	0.3714	-0.116	0.2079	-0.0253	-0.0367	0.1798	-0.0344	0.1944	113.2353	119.1657	157.0638
5	0.401	0.7636	-0.5411	4.0547	-1.7755	2.8753	0.1086	-0.0291	0.0328	-0.0132	-0.1033	-0.1465	-0.38	0.1784	0.0491	0.2844	-0.0209	0.0196	0.1921	-0.0417	0.2427	112.3594	118.6006	171.8303
6	5.9592	1.6893	2.1823	5.0147	0.5123	3.2913	0.0748	-0.9345	-0.481	-0.133	-0.1974	0.4316	0.1564	-0.2283	0.1483	0.3644	-0.0579	-0.0729	0.3379	0.0791	0.301	103.178	90.2779	180.561
7	5.574	0.1625	2.2978	4.0249	-2.8259	3.7924	-0.3062	0.2173	-0.16	-0.8099	-0.0029	0.0551	0.918	0.6421	0.373	0.5723	-0.0184	0.0008	0.2123	0.0326	0.2478	105.9008	93.6407	175.193
8	5.4992	-2.237	-1.5952	2.3183	2.1585	6.68	-0.2193	-0.6064	-1.2089	0.3745	0.2176	0.3808	0.5779	0.9522	-0.0252	0.3541	-0.049	-0.0638	0.4236	0.1289	0.4051	110.7655	79.5205	184.9754
9	1.5229	-0.3183	-0.048	4.3045	-1.8211	1.5343	0.1624	-0.1629	-0.0556	-0.0457	-0.1355	0.4843	0.2322	-0.2468	-0.0086	0.2727	-0.0234	0.0256	0.2082	-0.0237	0.2471	98.5891	105.6599	172.4372
10	2.0534	-0.9237	-0.0167	2.5088	0.1136	1.4216	-0.1407	0.0904	0.0407	0.173	0.2673	0.3669	0.3227	-0.445	-0.1064	0.2273	-0.0833	0.0567	0.4219	0.1183	0.2434	107.4775	99.0233	211.3435
11	1.9296	-0.056	0.659	2.2784	0.0578	2.5045	-0.2435	-0.2548	0.1404	0.1641	0.138	-0.06	-0.0863	-0.1578	0.0337	0.2759	0.0576	-0.003	0.2674	0.0135	0.2182	122.494	99.2534	217.8123
12	0.6984	-1.1542	0.6938	3.9518	-0.5034	1.4397	0.0669	0.1443	-0.0157	-0.1275	-0.0946	-0.1666	0.1542	-0.0872	0.014	0.2467	0.012	0.0591	0.2562	-0.0052	0.1929	125.1746	101.669	198.8566
13	0.4092	0.8257	0.0648	4.7457	-0.4621	0.4519	-0.0306	-0.0185	0.1793	0.4217	0.155	0.2169	-0.0879	-0.1644	-0.1207	0.2936	0.0517	0.0299	0.307	0.0464	0.2574	114.442	125.6319	201.7647
14	1.6275	0.7256	-0.0376	3.2034	-0.2297	2.3946	-0.0375	0.1386	0.017	-0.4649	0.1172	0.4627	0.2388	-0.3363	-0.165	0.3644	-0.0923	-0.1019	0.3351	0.1087	0.3283	142.9308	115.819	161.2924
15	3.3838	-1.6851	-2.0032	2.3902	2.3545	4.8912	-0.0941	0.3968	-0.5199	-0.3682	0.0229	0.334	0.2871	-0.158	0.0622	0.5186	-0.1579	-0.0429	0.3381	0.0252	0.3334	154.4713	108.3517	151.6631
16	2.6812	0.1196	-0.0898	3.4726	0.2609	2.7112	-0.0185	0.1951	-0.1225	-0.1223	0.2139	0.2159	0.2584	0.0755	-0.2003	0.3747	-0.0747	0.0224	0.2385	-0.023	0.1722	160.1068	118.5761	156.4631
17	0.6669	0.8079	-0.8283	3.7713	-1.7659	2.9168	0.0376	-0.0837	-0.0142	-0.183	-0.1527	-0.1606	0.0547	0.3484	0.0999	0.3743	0.0041	-0.0289	0.235	-0.0364	0.2002	161.1765	118.2834	172.8507
18	6.84	1.816	2.0294	5.5272	0.5183	4.9492	-0.0721	-0.5123	-0.4961	0.0823	0.2383	0.1452	0.1779	-0.2129	-0.0354	0.26	0.0255	0.0346	0.2525	0.0914	0.2471	151.9959	89.8987	181.6927
19	3.8409	0.8734	1.813	6.2118	-4.6643	8.7094	0.1555	0.193	-0.2261	-0.5863	0.5049	0.3478	0.8627	0.3203	-0.2376	0.4385	-0.0384	-0.0153	0.2169	0.0474	0.2715	154.6542	93.4087	176.5478
20	6.7839	-1.8687	-0.2724	6.132	0.2583	6.6482	-0.2241	-0.0322	-0.9114	-0.2607	0.0423	-0.1267	0.5437	0.2679	0.1041	0.4596	0.0096	0.0288	0.325	0.1344	0.4295	159.5463	79.0729	185.9359
21	1.2307	0.5309	0.1781	4.8698	-2.0597	0.8112	-0.0664	-0.0174	-0.0792	-0.4238	0.2272	0.7364	0.0096	-0.0305	-0.1707	0.2593	-0.011	0.0085	0.2593	0.0251	0.2979	147.3498	105.4026	174.0598
22	2.2237	-0.8338	0.8504	1.272	0.17	1.7191	-0.0718	-0.0936	0.0827	0.386	0.0863	0.0901	-0.0131	-0.0731	0.0061	0.3889	0.0176	0.05	0.2271	0.0248	0.2206	165.058	99.6779	216.1557
23	0.511	-0.6651	0.0857	4.164	-0.8452	1.089	-0.0339	0.0183	0.0799	0.2999	0.0003	-0.0025	-0.1295	-0.1188	0.0044	0.2673	0.0293	0.0313	0.2737	0.0052	0.219	166.7708	118.5955	201.9678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:66)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 67:84)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 85:107)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 108:138)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 139:197)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 198:228)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 229:251)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 252:279)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 280:332)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 2:66)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 67:137)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 138:197)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 198:332)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 2:66)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 67:97)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 98:137)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 138:197)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 198:228)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 229:251)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 252:279)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 280:332)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 2:137)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 138:332)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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