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- PDB-4h09: Crystal structure of a leucine-rich repeat protein (EUBVEN_01088)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h09
タイトルCrystal structure of a leucine-rich repeat protein (EUBVEN_01088) from Eubacterium ventriosum ATCC 27560 at 2.50 A resolution
要素Hypothetical leucine rich repeat protein
キーワードPROTEIN BINDING / TWO LRR_5 DOMAINS / PF13306 FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


: / BspA type Leucine rich repeat region / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 ...: / BspA type Leucine rich repeat region / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Fibronectin type III superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SCP-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium ventriosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical leucine rich repeat protein (EUBVEN_01088) from Eubacterium ventriosum ATCC 27560 at 2.50 A resolution (CASP Target)
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical leucine rich repeat protein
B: Hypothetical leucine rich repeat protein
C: Hypothetical leucine rich repeat protein
D: Hypothetical leucine rich repeat protein
E: Hypothetical leucine rich repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,68047
ポリマ－207,8975
非ポリマー2,78342
水7,188399
1
A: Hypothetical leucine rich repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,53615
ポリマ－41,5791
非ポリマー95714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypothetical leucine rich repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0148
ポリマ－41,5791
非ポリマー4347
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hypothetical leucine rich repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8906
ポリマ－41,5791
非ポリマー3105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hypothetical leucine rich repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,28811
ポリマ－41,5791
非ポリマー70910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Hypothetical leucine rich repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9527
ポリマ－41,5791
非ポリマー3726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.513, 105.513, 361.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical leucine rich repeat protein


分子量: 41579.320 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 33-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium ventriosum (バクテリア)
遺伝子: EUBVEN_01088 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A5Z5V6
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 33-410 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.6, 20% 2-propanol, 20% polyethylene glycol 4000, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97925
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月3日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979251
反射解像度: 2.5→29.965 Å / Num. all: 78283 / Num. obs: 78283 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 56.569 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.563.90.631.22283757980.63100
2.56-2.643.90.5341.42221756410.534100
2.64-2.713.90.4271.82152454680.427100
2.71-2.83.90.352.22097553280.35100
2.8-2.8940.2962.62026651250.296100
2.89-2.993.90.2353.21985450270.235100
2.99-3.13.90.184.11913348560.18100
3.1-3.2340.1454.61822746080.145100
3.23-3.3740.1166.31755644360.116100
3.37-3.543.90.0927.61686342720.092100
3.54-3.7340.0796.31621040740.079100
3.73-3.953.90.0699.21497737940.069100
3.95-4.2340.0659.21437936400.065100
4.23-4.5640.0629.81327333470.062100
4.56-540.0610.11224830970.06100
5-5.5940.05910.51101127800.059100
5.59-6.4640.0610.5976324470.0699.9
6.46-7.9140.05810.4826020880.05899.8
7.91-11.183.90.0599.5637416170.05999.4
11.18-29.9653.90.04911.132788400.04993

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.965 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9534 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9344 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2). POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENTS (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO), USED AS A CRYOPROTECTANT, HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 3). ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4). NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5). THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE MAD PHASES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 3933 5.03 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.1775 78165 99.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 158.59 Å2 / Biso mean: 65.1717 Å2 / Biso min: 29.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7827 Å20 Å20 Å2
2---2.7827 Å20 Å2
3---5.5654 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.397 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14029 0 180 399 14608
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6533SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes299HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2095HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14458HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2081SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance15HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17456SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14458HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19594HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.59
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 199 3.44 %
Rwork0.2054 5584 -
all0.2065 5783 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6140.59520.20012.5042-0.29021.7560.0810.076-0.3105-0.2721-0.0435-0.25350.32240.1276-0.03750.0964-0.0175-0.1759-0.23440.0008-0.043746.663652.8605-4.8063
21.91060.86420.84732.03610.68821.14670.1236-0.36920.23140.215-0.31160.6464-0.0032-0.29520.1880.045-0.08780.0161-0.2047-0.08210.0063.679953.2083-4.8065
31.9278-0.6493-0.28131.15610.83561.93480.04310.0949-0.0645-0.39440.1976-0.1345-0.38970.3513-0.24070.0813-0.04010.1419-0.1782-0.0866-0.115197.14427.333231.5674
41.78580.7094-1.26031.0074-0.4813.25070.072-0.23840.0630.08490.01030.05620.39220.1184-0.08230.082-0.0833-0.0524-0.1639-0.1064-0.194254.08396.36397.8931
50.8222-0.50010.04991.66510.07611.9435-0.061-0.16440.07020.29680.08310.09980.4387-0.1876-0.02210.02920.0476-0.145-0.12530.0255-0.129946.205669.536534.0097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - 405 }A0 - 405
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - 403 }B0 - 403
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|0 - 404 }C0 - 404
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|0 - 404 }D0 - 404
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|33 - 405 }E33 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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