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- PDB-4gzn: Mouse ZFP57 zinc fingers in complex with methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gzn
タイトルMouse ZFP57 zinc fingers in complex with methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(5CM)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')
  • Zinc finger protein 57
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Zinc Finger / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programming of gene expression / epigenetic programing of female pronucleus / double-stranded methylated DNA binding / genomic imprinting / autosome genomic imprinting / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / heterochromatin / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...epigenetic programming of gene expression / epigenetic programing of female pronucleus / double-stranded methylated DNA binding / genomic imprinting / autosome genomic imprinting / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / heterochromatin / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 57
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Liu, Y. / Zhang, X. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: An atomic model of Zfp57 recognition of CpG methylation within a specific DNA sequence.
著者: Liu, Y. / Toh, H. / Sasaki, H. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2012年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(5CM)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: Zinc finger protein 57
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2559
ポリマ－13,7883
非ポリマー4666
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area6700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.218, 60.641, 96.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3363.224 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger domain, UNP residues 137-195 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The DNA sequence occurs naturally in mouse.
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*(5CM)P*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 3372.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The DNA sequence occurs naturally in mouse.

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Zinc finger protein 57 / Zfp-57


分子量: 7053.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zfp57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6P8

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非ポリマー , 5種, 263分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% MPD, 15% PEG8000, 100mM CaCl2 and 100 mM acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→48.6 Å / Num. all: 802194 / Num. obs: 802194 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 7.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
0.99-1.033.90.4042.83816158.9
1.03-1.077.60.3295691185.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.99→19.683 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 10.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1396 5979 5.07 %RANDOM
Rwork0.1314 ---
obs0.1319 117899 93.21 %-
all-126488 --
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.152 Å2 / ksol: 0.471 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 7.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4432 Å2-0 Å20 Å2
2---0.595 Å2-0 Å2
3---0.1519 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.99→19.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数473 447 23 257 1200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7991776
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.061601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9902-1.02560.31753950.32516246X-RAY DIFFRACTION52
1.0256-1.06660.19635650.19710204X-RAY DIFFRACTION85
1.0666-1.11520.14035880.127911707X-RAY DIFFRACTION97
1.1152-1.1740.12076070.104511909X-RAY DIFFRACTION99
1.174-1.24750.11516550.103111877X-RAY DIFFRACTION99
1.2475-1.34380.11276720.104711958X-RAY DIFFRACTION100
1.3438-1.4790.11556520.103211948X-RAY DIFFRACTION100
1.479-1.69290.12286640.10711983X-RAY DIFFRACTION100
1.6929-2.13250.13825740.12712091X-RAY DIFFRACTION100
2.1325-19.68670.15276070.152111997X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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