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- PDB-4gz0: Mus Musculus Tdp2-DNA Substrate Analog (5'-6-aminohexanol) Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gz0
タイトルMus Musculus Tdp2-DNA Substrate Analog (5'-6-aminohexanol) Complex
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
  • Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
キーワードHYDROLASE/dna / protein-DNA complex / DNA repair / 5'-DNA end processing / endonuclease/exonuclease/phosphatase domain / EEP domain / 5'-DNA end recognition / EEP / 5'-end recognition / nuclear / HYDROLASE / HYDROLASE-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding ...tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / nucleolus / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-aminohexan-1-ol / ACETATE ION / DNA / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.113 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Williams, R.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of repair of 5'-topoisomerase II-DNA adducts by mammalian tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2.
著者: Schellenberg, M.J. / Appel, C.D. / Adhikari, S. / Robertson, P.D. / Ramsden, D.A. / Williams, R.S.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32013年1月2日Group: Database references
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
E: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
K: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
L: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
G: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
H: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
I: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
J: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,652153
ポリマ－189,63612
非ポリマー9,016141
水18,7361040
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,57033
ポリマ－31,6062
非ポリマー1,96431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,26628
ポリマ－31,6062
非ポリマー1,66026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,26328
ポリマ－31,6062
非ポリマー1,65726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
H: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,76920
ポリマ－31,6062
非ポリマー1,16318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
J: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,01424
ポリマ－31,6062
非ポリマー1,40922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
L: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,76920
ポリマ－31,6062
非ポリマー1,16318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.900, 121.100, 167.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 12分子 ABEKGICDFLHJ

#1: タンパク質
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 / Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ...Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / TRAF and TNF receptor-associated protein


分子量: 28890.156 Da / 分子数: 6 / 断片: unp residues 118-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tdp2, Ttrap / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9JJX7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')


分子量: 2715.799 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 1181分子

#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物...
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-6AH / 6-aminohexan-1-ol / 6-アミノ-1-ヘキサノ-ル


分子量: 117.189 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 45% ethylene glycol, 100mM sodium acetate, 5% PEG 1000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月4日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 131004 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.182.90.535135690.994199
2.18-2.262.90.402135891.005199
2.26-2.3730.315135961.01198.9
2.37-2.4930.23135560.999198.6
2.49-2.6530.171135800.992198.5
2.65-2.8530.12135411.002198.1
2.85-3.1430.09135420.999197.9
3.14-3.5930.08135541.006197.4
3.59-4.5230.065136391.005197.4
4.52-5030.057136000.996194.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.113→42.238 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.5 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 6588 5.03 %random
Rwork0.16 ---
obs0.1617 130977 95.46 %-
all-137206 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.385 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 221.16 Å2 / Biso mean: 45.3969 Å2 / Biso min: 17.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1148 Å20 Å20 Å2
2---0.0807 Å2-0 Å2
3---0.1955 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.113→42.238 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11892 1098 585 1040 14615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4226-0.23220.04141.77240.30031.16590.0755-0.0811-0.06210.0857-0.0020.04020.19760.0220.00010.2197-0.0061-0.01530.1669-0.03350.171515.8691-0.9976-25.5747
21.5170.24370.12242.3098-0.2661.2669-0.0559-0.0607-0.1395-0.01850.08060.070.08590.0956-0.00010.2481-0.01830.03490.1825-0.02880.258-36.61344.492-37.049
31.16250.0468-0.13891.05850.0782.41340.0036-0.12350.05290.0020.02250.0843-0.1233-0.04900.1546-0.01270.03140.2009-0.01690.1522-29.281645.5694-15.8225
41.50420.25630.13033.63340.66580.99920.0305-0.00660.21130.073-0.09060.5107-0.1054-0.1274-0.02240.21930.01980.04720.1991-0.0020.3026-22.2588-29.9037-46.7691
51.8561-0.3014-0.40611.88060.36081.0923-0.1128-0.22650.11560.45910.212-0.30620.11030.05670.06950.32060.0836-0.10880.1617-0.0290.2231-78.0799-28.1613-27.1146
62.16130.1702-0.73791.61070.28261.7623-0.1707-0.1549-0.3388-0.0590.067-0.27520.33950.4747-0.03860.22680.10260.0540.46610.00620.2443-56.00996.86976.2937
70.5911-0.36060.80740.252-0.52331.15610.49710.1156-0.1662-0.0699-0.48980.60130.55070.2777-0.07530.5911-0.08490.04880.2532-0.07810.6977-59.7255-8.5285-38.7504
80.2546-0.03820.06461.7932-1.40931.2919-0.47850.3688-0.2248-1.0103-0.88420.15470.62060.0493-1.56190.4791-0.13320.08030.3248-0.25420.3681-0.1155-12.824-43.2338
90.81820.82490.76891.03620.39561.5284-0.4257-1.0029-0.18460.3399-0.6590.14360.3255-0.6633-1.35340.4535-0.16340.16990.7607-0.05660.3216-38.691529.04472.4931
100.1589-0.1272-0.10660.07240.07230.03310.23670.14310.1018-0.0074-0.2579-0.2496-0.4172-0.03350.00110.4487-0.085-0.02080.2952-0.03930.41720.8033-15.9422-43.6215
110.092-0.0381-0.0920.02950.03390.05780.1558-0.17290.3379-0.1621-0.3258-0.3374-0.47170.2654-0.00180.518-0.0516-0.08670.3448-0.09050.8174-59.1452-12.822-39.0418
122.39380.20910.70490.00810.06130.541-0.873-0.35280.7497-0.03650.24940.00560.33410.5701-0.23590.3596-0.12670.07550.6945-0.07980.4154-41.698629.77743.0742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA121 - 370
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB121 - 370
3X-RAY DIFFRACTION3chain EE121 - 370
4X-RAY DIFFRACTION4chain GG122 - 370
5X-RAY DIFFRACTION5chain II121 - 370
6X-RAY DIFFRACTION6chain KK122 - 370
7X-RAY DIFFRACTION7chain CC1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION8chain DD1 - 10
9X-RAY DIFFRACTION9chain FF1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10chain HH1 - 10
11X-RAY DIFFRACTION11chain JJ1 - 10
12X-RAY DIFFRACTION12chain LL1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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