[日本語] English
万見
- PDB-4gyj: Crystal structure of mutant (D318N) bacillus subtilis family 3 gl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gyj
タイトルCrystal structure of mutant (D318N) bacillus subtilis family 3 glycoside hydrolase (nagz) in complex with glcnac-murnac (space group P1)
要素Uncharacterized lipoprotein ybbD
キーワードHYDROLASE/substrate / TIM-BARREL / HYDROLASE / HYDROLASE-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily ...: / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bacik, J.P. / Mark, B.L.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Active Site Plasticity within the Glycoside Hydrolase NagZ Underlies a Dynamic Mechanism of Substrate Distortion.
著者: Bacik, J.P. / Whitworth, G.E. / Stubbs, K.A. / Vocadlo, D.J. / Mark, B.L.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.22015年1月28日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / refine_hist / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.ls_number_reflns_all / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized lipoprotein ybbD
B: Uncharacterized lipoprotein ybbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,8976
ポリマ－142,4612
非ポリマー1,4354
水19,2581069
1
A: Uncharacterized lipoprotein ybbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9483
ポリマ－71,2311
非ポリマー7182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized lipoprotein ybbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9483
ポリマ－71,2311
非ポリマー7182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.450, 73.390, 83.430
Angle α, β, γ (deg.)98.65, 110.14, 92.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized lipoprotein ybbD / ORF1


分子量: 71230.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 18-642 / 変異: D318N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU01660, NagZ, ybbD, yzbA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40406
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1069 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 296 K / pH: 7.5
詳細: 22% PEG3350, pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9749
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→38.61 Å / Num. obs: 147692 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.742 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BMX

3bmx


解像度: 1.65→38.61 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 7241 5.06 %
Rwork0.163 --
obs0.164 147676 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.38 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6931 Å21.589 Å21.3117 Å2
2---3.6265 Å24.1466 Å2
3---0.9334 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9293 0 98 1069 10460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1513026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6523672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.66880.34552500.28354618X-RAY DIFFRACTION94
1.6688-1.68840.28452410.26524515X-RAY DIFFRACTION95
1.6884-1.7090.31632360.24864719X-RAY DIFFRACTION94
1.709-1.73060.26632100.2434540X-RAY DIFFRACTION95
1.7306-1.75340.26142320.22934655X-RAY DIFFRACTION95
1.7534-1.77740.26752430.22114624X-RAY DIFFRACTION94
1.7774-1.80280.27312440.21254629X-RAY DIFFRACTION95
1.8028-1.82970.25272290.19634656X-RAY DIFFRACTION94
1.8297-1.85830.22892270.18314620X-RAY DIFFRACTION96
1.8583-1.88880.19862370.17444657X-RAY DIFFRACTION94
1.8888-1.92130.21262490.17534650X-RAY DIFFRACTION96
1.9213-1.95630.23522740.1694614X-RAY DIFFRACTION95
1.9563-1.99390.20642740.174648X-RAY DIFFRACTION96
1.9939-2.03460.2182430.16324639X-RAY DIFFRACTION95
2.0346-2.07880.18552540.16214659X-RAY DIFFRACTION95
2.0788-2.12720.18762610.15944647X-RAY DIFFRACTION96
2.1272-2.18040.22670.15754663X-RAY DIFFRACTION96
2.1804-2.23930.19932630.15824681X-RAY DIFFRACTION96
2.2393-2.30520.19132600.15854686X-RAY DIFFRACTION97
2.3052-2.37960.19522450.15064700X-RAY DIFFRACTION96
2.3796-2.46460.1882520.15214728X-RAY DIFFRACTION96
2.4646-2.56330.18532520.15514680X-RAY DIFFRACTION97
2.5633-2.67990.20472660.1584693X-RAY DIFFRACTION97
2.6799-2.82120.19192690.15974729X-RAY DIFFRACTION97
2.8212-2.99790.18362590.15714729X-RAY DIFFRACTION97
2.9979-3.22920.19692570.1634733X-RAY DIFFRACTION97
3.2292-3.5540.18222580.15894747X-RAY DIFFRACTION98
3.554-4.06780.16172250.14214781X-RAY DIFFRACTION98
4.0678-5.12310.14992630.1334784X-RAY DIFFRACTION98
5.1231-38.61720.15522380.1664774X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2099-0.4125-0.12611.48170.3521.0234-0.05120.0893-0.02-0.03730.0011-0.02010.05610.08190.03270.0613-0.0296-0.02120.05940.00720.052433.9432-38.2055-13.2515
22.0402-0.23790.34972.0456-0.16431.86960.00980.08760.2710.0194-0.04390.1852-0.3098-0.0660.01910.13710.01610.01440.1012-0.01160.151216.6788-7.8473-6.3331
31.07460.1437-0.46871.739-0.16331.5423-0.0044-0.1559-0.01330.1676-0.0085-0.0889-0.06230.1277-0.00350.08510.0231-0.01210.110.02910.060533.8419-16.5626-48.9755
41.567-0.0755-0.55652.0834-0.46851.7244-0.14350.0913-0.2738-0.27030.15310.32960.571-0.27990.00010.3462-0.1016-0.03360.1847-0.00480.188519.5703-48.417-56.4594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 25:428)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 429:642)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 26:428)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 429:642)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る