PDB-4gxt: The crystal structure of a conserved functionally unknown protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gxt

タイトル

The crystal structure of a conserved functionally unknown protein from Anaerococcus prevotii DSM 20548

要素

a conserved functionally unknown protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaerococcus prevotii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.821 Å

データ登録者

Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a conserved functionally unknown protein from Anaerococcus prevotii DSM 20548
著者: Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gxt.cif.gz	176.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gxt.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gxt_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gxt_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	4gxt_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	4gxt_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gxt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3un5-2 3uny-1 1oo8-d 3un5-4 4lrf-1 6b8d-d 4lrb-3 4lre-3 4ajt-d 5kbh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC107284

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: a conserved functionally unknown protein

ヘテロ分子

46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.130, 53.226, 75.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Experimentally unknown. It is predicted to be monomeric.

#1: タンパク質	a conserved functionally unknown protein 分子量: 45713.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaerococcus prevotii (バクテリア) 株: DSM 20548 / 遺伝子: Apre_0094 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C7RF86
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 22% (w/v) PEG4000, 0.1M Sodium Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月2日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→33.5 Å / Num. all: 34028 / Num. obs: 34028 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1663 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.821→33.366 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2226	1709	5.04 %	random
R_work	0.1735	-	-	-
all	0.176	33937	-	-
obs	0.176	33937	96.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.646 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.3235 Å²	-0 Å²	3.929 Å²
2-	-	-5.0658 Å²	-0 Å²
3-	-	-	11.3892 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.821→33.366 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3160	0	26	228	3414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	4393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.532	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	570

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8207-1.8743	0.3288	137	0.2598	2396	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8743-1.9347	0.3143	140	0.2268	2680	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9347-2.0039	0.2622	148	0.2124	2686	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0039-2.0841	0.2966	138	0.1989	2685	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0841-2.1789	0.2195	128	0.1882	2713	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1789-2.2938	0.2284	153	0.1738	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2938-2.4375	0.2348	132	0.1715	2724	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4375-2.6256	0.2238	129	0.1796	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6256-2.8897	0.2287	144	0.1831	2755	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8897-3.3075	0.2485	155	0.1786	2724	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3075-4.1658	0.1827	136	0.147	2726	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1658-33.3713	0.189	169	0.1545	2677	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2266	-0.4523	0.392	2.242	-0.8196	1.3261	0.1968	-0.006	0.5485	-0.2354	0.0598	-0.4884	-0.33	0.213	-0.1065	0.3259	-0.0962	0.1123	0.145	-0.0181	0.3585	52.8255	57.1936	67.4871
2	2.3768	0.3205	0.5519	1.5238	0.7353	1.6947	0.0184	0.3965	-0.2058	-0.149	0.1012	-0.1956	-0.0847	0.1946	-0.0917	0.1204	0.0124	0.0504	0.1911	-0.0115	0.1456	44.5728	35.3136	54.2561
3	1.8495	0.0105	-0.8879	1.769	0.244	2.2481	-0.0282	0.3334	-0.4115	-0.1055	-0.0498	0.0136	0.0121	-0.1544	0.0683	0.1272	0.032	-0.0104	0.2856	-0.1546	0.2246	27.0176	24.8115	48.6375
4	2.0824	0.3163	0.1771	1.1163	0.8156	1.5932	0.0268	0.3539	-0.0303	-0.1726	0.0325	-0.1594	-0.1026	0.125	-0.0644	0.1482	0.0018	0.0335	0.1702	-0.0164	0.156	45.008	35.7662	54.4511
5	3.5708	-0.6595	1.0886	3.6204	0.2258	4.2234	-0.0082	-0.0011	-0.0451	0.0928	-0.0106	0.192	-0.112	-0.0864	-0.0048	0.1224	-0.0102	0.0359	0.0586	0.0003	0.1206	40.7805	46.018	70.1461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:25)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 26:78)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 79:172)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 173:312)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 313:382)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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