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- PDB-4gxr: Structure of ATP bound RpMatB-BxBclM chimera B3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gxr
タイトルStructure of ATP bound RpMatB-BxBclM chimera B3
要素Malonyl CoA synthetase, Benzoate-CoA ligase Chimeric protein
キーワードLIGASE / RpMatB-BxBclM chimera / ANL-superfamily / methylmalonate-CoA ligase / malonate-CoA ligase / CoA / methylmalonate / malonate / acetylation of K488 by RpPat
機能・相同性
機能・相同性情報


3-(methylthio)propionyl-CoA ligase / benzoate-CoA ligase / benzoate-CoA ligase activity / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / secondary metabolite biosynthetic process / fatty acid metabolic process / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Benzoate-CoA ligase family / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...Benzoate-CoA ligase family / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARBONATE ION / Benzoate-CoA ligase / 3-methylmercaptopropionyl-CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rank, K.C. / Crosby, H.A. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insights into the Substrate Specificity of the Rhodopseudomonas palustris Protein Acetyltransferase RpPat: IDENTIFICATION OF A LOOP CRITICAL FOR RECOGNITION BY RpPat.
著者: Crosby, H.A. / Rank, K.C. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl CoA synthetase, Benzoate-CoA ligase Chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3979
ポリマ－55,3411
非ポリマー1,0568
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.155, 173.155, 47.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Malonyl CoA synthetase, Benzoate-CoA ligase Chimeric protein


分子量: 55341.465 Da / 分子数: 1
断片: UNP Q6ND88 residues 1-443,455-503 and UNP Q13WK3 473-483
変異: K488A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌), (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: CGA009 / 遺伝子: matB, RPA0221 / プラスミド: PTEV5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE9314
参照: UniProt: Q6ND88, UniProt: Q13WK3, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの

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非ポリマー , 6種, 541分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: triethanolamine (100 mM, pH 8.0), with magnesium sulfate (50 mM), monomethyl polyethylene glycol 5000 (21 %, w/v), and glycerol (4 %, w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR. LN2 COOLED FIRST CRYSTAL, SAGITTAL FOCUSING 2ND CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 345188 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 6.086 / Num. unique all: 2756 / Rsym value: 0.048 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FUT

4fut


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.081 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17787 2833 5.1 %RANDOM
Rwork0.14833 ---
all0.14982 52933 --
obs0.14982 52933 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3897 0 65 533 4495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1692.0255597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69739152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2185521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44923.077169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95715554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7271532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 203 -
Rwork0.17 3782 -
obs--98.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43440.14020.12310.72010.02570.22010.05640.01320.0287-0.0205-0.0354-0.00070.0102-0.0604-0.02090.07420.0012-0.01310.12220.06680.0807-49.98085.84182.5156
22.3807-0.59950.05561.97590.07441.81840.0099-0.0391-0.1928-0.0434-0.08060.19560.1094-0.32940.07060.0293-0.0543-0.01710.2295-0.0090.1004-79.101-4.4448-1.7336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2A401 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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