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- PDB-4gwq: Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gwq
タイトルStructure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit
要素
  • (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 7
  • DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
キーワードTRANSCRIPTION / Binding Sites / Mediator Complex / Models / Molecular / Phosphorylation / Protein Structure / Tertiary / Protein Subunits / RNA Polymerase II / Saccharomyces cerevisiae / Structure-Activity Relationship
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II complex recruiting activity / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIH-class transcription factor complex binding / mediator complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping ...RNA polymerase II complex recruiting activity / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIH-class transcription factor complex binding / mediator complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase II transcription / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / TFIID-class transcription factor complex binding / Estrogen-dependent gene expression / Dual incision in TC-NER / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / RNA polymerase II activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase / transcription corepressor activity / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex ...Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Robinson, P.J.J. / Bushnell, D.A. / Trnka, M.J. / Burlingame, A.L. / Kornberg, R.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of the Mediator Head module bound to the carboxy-terminal domain of RNA polymerase II.
著者: Robinson, P.J. / Bushnell, D.A. / Trnka, M.J. / Burlingame, A.L. / Kornberg, R.D.
履歴
登録2012年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
E: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
H: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,4098
ポリマ－245,4098
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.449, 142.449, 305.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 7種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11


分子量: 13324.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99278
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17 / Suppressor of RNA polymerase B 4


分子量: 78582.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32569
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator complex subunit 8


分子量: 45930.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38304
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6


分子量: 13875.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32570
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator complex subunit 18 / Suppressor of RNA polymerase B 5


分子量: 34316.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32585
#6: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Hyper-recombination suppressor protein 2 / Mediator complex subunit 20 / Suppressor of RNA polymerase B 2


分子量: 22918.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34162
#7: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6


分子量: 32844.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38782

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 H

#8: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III ...RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 3616.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化温度: 291.2 K / pH: 7
詳細: 275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→123.365 Å / Num. obs: 21971 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 4.5→4.7 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.5→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 86.206 / SU ML: 1.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.345 1130 5.1 %RANDOM
Rwork0.286 ---
obs0.289 20920 99.9 %-
all-21985 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 181.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.22 Å22.11 Å20 Å2
2--4.22 Å20 Å2
3----6.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9217 0 0 0 9217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199287
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.95712794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.58151553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39724.759166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.83115711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5461519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.62 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 87 -
Rwork0.385 1357 -
obs--99.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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