[日本語] English
万見
- PDB-4gum: Cystal structure of locked-trimer of human MIF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gum
タイトルCystal structure of locked-trimer of human MIF
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE / alpha/beta mixture / cytokine and isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonate secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonate secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of protein metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Fan, C. / Lolis, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: MIF intersubunit disulfide mutant antagonist supports activation of CD74 by endogenous MIF trimer at physiologic concentrations.
著者: Fan, C. / Rajasekaran, D. / Syed, M.A. / Leng, L. / Loria, J.P. / Bhandari, V. / Bucala, R. / Lolis, E.J.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22020年11月18日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
D: Macrophage migration inhibitory factor
E: Macrophage migration inhibitory factor
F: Macrophage migration inhibitory factor
G: Macrophage migration inhibitory factor
H: Macrophage migration inhibitory factor
I: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,38017
ポリマ－111,0979
非ポリマー2848
水2,324129
1
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1396
ポリマ－37,0323
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
2
D: Macrophage migration inhibitory factor
E: Macrophage migration inhibitory factor
F: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1747
ポリマ－37,0323
非ポリマー1424
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
3
G: Macrophage migration inhibitory factor
H: Macrophage migration inhibitory factor
I: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0684
ポリマ－37,0323
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.315, 100.381, 199.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12344.096 Da / 分子数: 9 / 変異: N110C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / プラスミド: pET11b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14174, UniProt: Q6DN04*PLUS, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 0.2M LiSO4, 3% DMSO, pH8.0, 33% PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 43492 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 4.95 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 22.94
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→48.79 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 2184 5.03 %
Rwork0.222 --
obs0.225 43425 98.5 %
all-44065 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.38 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1903 Å20 Å20 Å2
2--0.1895 Å2-0 Å2
3----0.3798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7387 0 8 129 7524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64810282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6142694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3322-2.38290.36941280.29682463X-RAY DIFFRACTION95
2.3829-2.43830.3351420.28732531X-RAY DIFFRACTION99
2.4383-2.49930.30561470.26462535X-RAY DIFFRACTION98
2.4993-2.56690.30021190.25022533X-RAY DIFFRACTION98
2.5669-2.64240.36311430.27542520X-RAY DIFFRACTION98
2.6424-2.72770.29581450.2412521X-RAY DIFFRACTION98
2.7277-2.82520.28141360.24172543X-RAY DIFFRACTION98
2.8252-2.93830.32721180.23932559X-RAY DIFFRACTION98
2.9383-3.0720.30531260.26352545X-RAY DIFFRACTION99
3.072-3.23390.31491330.24152568X-RAY DIFFRACTION98
3.2339-3.43650.28351390.22132567X-RAY DIFFRACTION99
3.4365-3.70170.26071620.21682574X-RAY DIFFRACTION99
3.7017-4.07410.26621320.20062614X-RAY DIFFRACTION99
4.0741-4.66320.24121340.18672648X-RAY DIFFRACTION99
4.6632-5.87360.23091190.20762707X-RAY DIFFRACTION100
5.8736-48.79770.2581610.22152813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1271-0.0858-0.79182.0560.71251.4855-0.0048-0.0478-0.1955-0.1093-0.1749-0.04380.26730.1191-0.01270.2286-0.06680.01460.2588-0.00150.351-12.933-22.3926-29.6914
20.9536-0.2375-0.12980.43090.58853.785-0.0994-0.1956-0.34830.1165-0.03580.11690.3335-1.1788-0.00880.3973-0.09150.05050.52490.03670.3898-28.5966-23.7584-14.3941
33.28460.1402-0.4361.7462-0.48293.8713-0.1465-0.14470.29360.52240.07290.1518-0.2731-0.1171-0.00880.2961-0.0325-0.00730.3101-0.02570.2984-14.3861-7.7871-13.2237
42.60860.50351.07341.14920.74322.4640.1726-0.1093-0.28150.2118-0.2004-0.08210.1406-0.1950.05430.2557-0.0014-0.0230.2440.04870.3612-12.1822.195-55.1264
50.5005-0.08440.17680.96970.41482.6770.05210.03670.18970.25070.1162-0.12630.05630.57120.00020.4261-0.011-0.01260.35470.00550.37713.15823.4515-40.0036
61.8807-0.72730.17271.8148-2.19634.334-0.24610.1354-0.31490.13710.14680.23490.3036-0.4881-0.04130.4259-0.0350.08950.33860.02050.3879-11.28077.1539-38.701
71.25460.2991-0.8080.94280.65171.27170.0314-0.59410.05830.59210.3494-0.07960.6731.70810.85320.41390.1764-0.14581.1878-0.3740.47230.824416.350221.8452
80.77240.11510.06161.73110.87713.5111-0.19360.1564-0.63880.84480.5704-0.0682.80721.40240.2690.98240.3281-0.12780.1579-0.08150.3293-16.23172.062716.7003
92.6067-0.303-0.95491.87070.46214.35190.2041-0.11530.03870.1574-0.0447-0.1002-0.15920.12260.04060.129-0.0042-0.06920.3046-0.03140.2581-14.237121.07466.4725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:114 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 1:114 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESID 1:114 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID 1:114 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN E AND RESID 1:114 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN F AND RESID 1:113 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN G AND RESID 1:114 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN H AND RESID 1:111 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN I AND RESID 1:113 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る