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万見
- PDB-4gt8: Crystal Structure of the Catalytic and ATP-binding Domain from Vr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gt8
タイトルCrystal Structure of the Catalytic and ATP-binding Domain from VraS in Complex with ADP
要素Sensor protein vraS
キーワードTRANSFERASE / Histidine kinase / ATP hydrolysis / Two-component system / Bacterial signalling / Kinase / ATP-binding / Phosphorylation / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / protein dimerization activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sensor histidine kinase LiaS/VraS / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Sensor protein VraS
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Leonard, P.G. / Valverde, J. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Staphylococcus aureus VraS Catalytic and ATP-binding Domain
著者: Leonard, P.G. / Valverde, J. / Stock, A.M.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein vraS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2283
ポリマ－15,7771
非ポリマー4522
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.192, 47.233, 89.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein vraS


分子量: 15776.990 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic and ATP-binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1885, vraS / プラスミド: P535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) T1R / 参照: UniProt: Q7A2Q0, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl, 450 mM MgCl2, 30% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9181 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→30 Å / Num. all: 21323 / Num. obs: 21323 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / Rsym value: 0.115 / Χ2: 1.823 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible allRsym value
1.51-1.5411.2210531.41898.9
1.54-1.5611.92.310541.43698.9
1.56-1.5912.42.810121.46399.5
1.59-1.6312.83.310751.48898.3
1.63-1.6612.93.910301.54298.60.988
1.66-1.713.14.410361.51399.10.884
1.7-1.7412.95.410651.54898.80.745
1.74-1.79135.510211.58998.20.733
1.79-1.8412.8710561.66498.10.571
1.84-1.912.98.210291.708980.495
1.9-1.9712.811.610731.78598.70.351
1.97-2.0512.916.110411.90798.60.258
2.05-2.1412.717.610511.904990.226
2.14-2.2612.622.610781.94598.80.176
2.26-2.412.725.610592.014990.156
2.4-2.5812.630.910851.95399.50.128
2.58-2.8412.73910902.03699.70.103
2.84-3.2513.351.210902.061000.079
3.25-4.113.668.811242.43599.90.063
4.1-3012.471.512012.74299.30.062

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.45 Å
Translation2.5 Å29.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.8_1066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→29.451 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8179 / SU ML: 0.1 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1005 5.07 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.184 19830 92.08 %-
all-19830 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 63.12 Å2 / Biso mean: 28.0859 Å2 / Biso min: 15.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→29.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1056 0 28 136 1220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2081546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.913450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.51-1.5880.32841270.28522319244681
1.588-1.68750.2371300.23982505263587
1.6875-1.81780.26571350.21532565270089
1.8178-2.00070.20931460.18592644279092
2.0007-2.29010.20581520.16732835298797
2.2901-2.88490.20241520.18222884303698
2.8849-29.45640.16571630.16613073323699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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