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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gsz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Zn2+5-Human Arginase I-ABH Complex | ||||||
要素 | Arginase-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ARGINASE FOLD / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / urea cycle / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / urea cycle / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | D'Antonio, E.L. / Hai, Y. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structure and function of non-native metal clusters in human arginase I. 著者: D'Antonio, E.L. / Hai, Y. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gsz.cif.gz | 133.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gsz.ent.gz | 103 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gsz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gsz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 断片: HUMAN ARGINASE I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG1 / プラスミド: pBS(KS) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05089, arginase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: A metal-free HAI crystal was soaked in 5 mM ZnCl2, 5 mM ABH, 100 mM HEPES (pH 7.0), 30% (v/v) Jeffamine ED-2001 for 18 hours., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月3日 詳細: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagital bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Rsym value: 0.698 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2PHA 解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å /
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