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- PDB-4gsj: Crystal structure of Atg7 NTD K14A F16A D18A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gsj
タイトルCrystal structure of Atg7 NTD K14A F16A D18A mutant
要素Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Ubiquitin-like protein activation enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / protein modification by small protein conjugation / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation ...Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / protein modification by small protein conjugation / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neutrophil degranulation / macroautophagy / autophagy / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.695 Å
データ登録者Kaiser, S.E. / Mao, K. / Taherbhoy, A.M. / Yu, S. / Olszewski, J.L. / Duda, D.M. / Kurinov, I. / Deng, A. / Fenn, T.D. / Klionsky, D.J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Noncanonical E2 recruitment by the autophagy E1 revealed by Atg7-Atg3 and Atg7-Atg10 structures.
著者: Kaiser, S.E. / Mao, K. / Taherbhoy, A.M. / Yu, S. / Olszewski, J.L. / Duda, D.M. / Kurinov, I. / Deng, A. / Fenn, T.D. / Klionsky, D.J. / Schulman, B.A.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7978
ポリマ－33,2441
非ポリマー5537
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.826, 74.631, 76.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

IPA

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2


分子量: 33244.078 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-289) / 変異: K14A, F16A, D18A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APG7, ATG7, CVT2, YHR171W / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: P38862
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 7.2% isopropanol, 50 mM citrate buffer, pH 4.1, 0.1 M potassium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月3日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.695→50 Å / Num. all: 36581 / Num. obs: 35213 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.967 / Net I/σ(I): 46.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.695-1.7640.31627600.698177.4
1.76-1.834.80.25831930.871187.8
1.83-1.916.10.2134831.062197.1
1.91-2.027.20.16336161.3621100
2.02-2.147.20.12436231.6961100
2.14-2.317.10.09736152.041100
2.31-2.547.10.07936652.1881100
2.54-2.917.10.06636642.4971100
2.91-3.6670.05737153.161100
3.66-506.70.04338792.628199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T7F

3t7f


解像度: 1.695→45.612 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8385 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2068 1757 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.1777 36828 --
obs0.1777 35168 95.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.801 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 93.03 Å2 / Biso mean: 30.5885 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1523 Å2-0 Å20 Å2
2--0.041 Å2-0 Å2
3---8.1113 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.695→45.612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 0 37 257 2591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0053278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.313899
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.695-1.74080.3202770.26231806188368
1.7408-1.7920.26541270.21552213234084
1.792-1.84990.26651390.20322412255192
1.8499-1.9160.2681270.20272626275398
1.916-1.99270.26511320.178626562788100
1.9927-2.08340.21971390.176126712810100
2.0834-2.19330.21571250.171626842809100
2.1933-2.33070.21391390.172326822821100
2.3307-2.51060.22811360.178526702806100
2.5106-2.76320.22391420.191227042846100
2.7632-3.1630.19531470.181327082855100
3.163-3.98470.20181490.160527382887100
3.9847-45.62870.17281780.166528413019100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44880.6126-0.65941.461-0.31081.321-0.21230.2511-0.1259-0.41050.1487-0.04550.3389-0.05610.07430.2043-0.00040.00350.1959-0.04490.168720.8618-16.8623-24.3678
22.28971.4440.19862.71360.12941.3196-0.00620.6596-0.3255-0.62190.16710.42680.3226-0.26750.07260.2818-0.0594-0.0950.30660.01920.285518.7038-12.1169-28.9972
34.26690.0645-0.09041.9536-0.07012.4647-0.00660.07590.0584-0.0404-0.0006-0.2285-0.0540.2922-0.02180.1563-0.0031-0.00040.14130.00950.123521.314-5.1245-16.2747
44.2172-0.5419-3.2672.3360.64945.6468-0.08650.0316-0.0511-0.27450.0261-0.37210.40840.46970.03120.14860.04110.03060.15940.0150.164630.3564-13.1963-23.1976
52.44220.1926-0.03511.6614-0.14681.4217-0.04150.054-0.1119-0.03840.0260.03110.0507-0.07630.00610.1413-0.00940.01130.11490.00240.14444.0489-16.6341-7.8156
62.64860.41940.06272.9212-0.43663.8285-0.2431-0.3156-0.18780.15990.0943-0.34050.3130.3450.03460.05750.0207-0.00050.03230.02160.137628.0552-14.7741-12.8702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -1:69)A-1 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 70:90)A70 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 91:124)A91 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 125:147)A125 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 148:258)A148 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 259:289)A259 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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