PDB-4grx: Structure of an omega-aminotransferase from Paracoccus denitrificans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4grx

タイトル

Structure of an omega-aminotransferase from Paracoccus denitrificans

要素

Aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / class III transaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-aminobutyric acid metabolic process / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paracoccus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rausch, C. / Lerchner, A. / Schiefner, A. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the omega-aminotransferase from Paracoccus denitrificans and its phylogenetic relationship with other class III aminotransferases that have biotechnological potential.
著者: Rausch, C. / Lerchner, A. / Schiefner, A. / Skerra, A.

履歴

登録	2012年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4grx.cif.gz	700.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4grx.ent.gz	580 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4grx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4grx_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4grx_full_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示
XML形式データ	4grx_validation.xml.gz	66.3 KB	表示
CIF形式データ	4grx_validation.cif.gz	89.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gjuS 3hmuS 3i5tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4br7-1 4e3q-1 4e3r-1 3bs8-1 4br9-d 2yku-1 5kr6-d 4bra-d 4nog-d 4e3r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminotransferase

B: Aminotransferase

C: Aminotransferase

D: Aminotransferase

ヘテロ分子

207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminotransferase

B: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aminotransferase

D: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.790, 103.630, 145.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.880, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The asymmetric unit contains two dimer A/B and C/D.

#1: タンパク質	Aminotransferase 分子量: 51611.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: Pd1222 / 遺伝子: Pden_3984 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 参照: UniProt: A1B956, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-DAV / DELTA-AMINO VALERIC ACID / 4-カルボキシブチルアンモニウム分子量: 118.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25 %(w/v) PEG3350, 0.4 M NaCl, 10 mM urea, 0.1 M Tris/HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月15日 / 詳細: Double Crystal

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 60091 / Num. obs: 60091 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 41.039 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.31

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.7	0.558	2.76	24159	6386	1	99.6
2.7-2.8	0.445	3.39	21334	5571	1	100
2.8-3	0.316	4.74	34381	8967	1	100
3-3.5	0.159	8.91	55364	14496	1	99.8
3.5-4	0.073	18.09	30640	8106	1	99.6
4-6	0.042	27.99	44431	11693	1	99.8
6-8	0.035	31.17	10823	2873	1	99.7
8-10	0.022	42.48	3824	1030	1	99.6
10-20	0.019	46.09	3470	969	1	86.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model was build with MODELLER using PDB entries 3GJU, 3I5T, and 3HMU.

3gju

3i5t

3hmu

解像度: 2.6→19.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / WR_factor R_free: 0.1952 / WR_factor R_work: 0.1511 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8445 / SU B: 22.88 / SU ML: 0.231 / SU R Cruickshank DPI: 0.2489 / SU R_free: 0.3015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	3063	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1784	-	-	-
all	0.1809	60090	-	-
obs	0.1809	60090	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.11 Å² / B_iso mean: 38.2066 Å² / B_iso min: 12.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.75 Å²	-0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-2.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14012	0	20	245	14277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	14394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.96	19530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.804	5	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.648	23.313	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.208	15	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.174	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11112

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	231	-
R_work	0.254	4014	-
all	-	4245	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9287	0.4857	0.0143	2.4544	-0.2573	1.4636	0.0094	-0.0602	0.004	0.1124	0.095	0.3472	-0.2796	-0.2256	-0.1045	0.0896	0.0831	-0.0266	0.1754	0.0561	0.2323	-2.3914	35.2637	64.6429
2	1.2898	0.1158	0.725	1.4861	0.2571	1.5366	0.0003	0.0587	-0.0644	-0.1263	0.1082	0.2052	0.1648	-0.0662	-0.1085	0.1001	-0.0034	-0.0477	0.081	0.0419	0.1126	9.729	9.9948	64.4594
3	1.7985	-1.4158	0.8095	1.5434	-0.7515	1.4077	0.1214	-0.0193	-0.1136	-0.0732	0.1176	0.3534	0.2245	-0.2074	-0.239	0.0536	-0.0416	-0.0304	0.2074	0.075	0.2915	-2.3939	12.5236	65.5347
4	2.022	-0.7707	-0.1079	3.5254	-0.7593	1.6646	-0.0538	-0.2307	-0.1045	0.3174	0.1495	0.5281	-0.1376	-0.5443	-0.0957	0.0448	0.019	-0.0107	0.2516	0.091	0.3323	-6.5042	19.8906	65.6329
5	0.5612	0.8496	-0.3135	1.9132	0.2176	1.3198	-0.1457	0.139	-0.0421	-0.4324	0.1378	-0.0012	0.0833	0.0378	0.0079	0.2596	0.0558	-0.1182	0.2643	0.0595	0.1747	6.3866	24.5722	44.4076
6	30.4162	-2.3577	-10.6534	2.0035	-0.2421	4.8548	-0.1124	1.2537	-0.0346	-0.6071	0.2815	0.2582	0.0377	-0.5144	-0.169	0.5584	-0.1514	-0.1442	0.3314	0.018	0.144	0.1909	30.7089	38.8075
7	0.96	1.2644	0.1819	2.1622	0.6508	0.3807	0.0345	0.0513	-0.1231	0.4882	-0.0897	0.0089	0.3609	-0.1542	0.0553	0.58	0.0814	0.1262	0.6851	0.164	0.6649	-10.2464	23.0133	90.0643
8	1.8217	0.0014	-0.0697	0.6472	0.8274	2.1241	0.0076	-0.0587	0.0522	0.1816	-0.0005	0.3055	-0.0011	-0.3257	-0.0071	0.1962	0.1175	0.0916	0.1258	0.0824	0.3604	-0.7194	41.2801	76.2684
9	0.7036	0.3124	-0.0184	1.8089	0.4607	2.1939	-0.0317	-0.1108	-0.0311	0.397	0.0156	-0.05	-0.1124	0.2086	0.0161	0.1525	0.0267	-0.0412	0.1157	0.0177	0.0821	22.3415	31.8227	85.3046
10	2.9688	-1.2661	0.2686	3.3426	0.9468	0.4274	-0.0129	0.0561	-0.0546	0.125	-0.0309	0.1599	0.0335	-0.0083	0.0438	0.2147	0.037	-0.0582	0.1382	0.0664	0.0755	14.2325	38.0775	72.0596
11	1.456	-0.1788	-0.0307	1.9446	-0.6134	0.3168	0.0248	-0.1954	0.1367	0.6193	0.1184	0.2578	-0.3709	-0.1178	-0.1432	0.4607	0.1557	0.1191	0.0992	0.0346	0.1788	7.1301	40.819	91.7314
12	1.0713	-0.1971	1.1887	2.8894	-2.5945	3.3169	0.1651	-0.2487	-0.2445	0.4712	0.2536	0.325	-0.2228	-0.4182	-0.4188	0.4961	0.0873	0.1794	0.3256	0.1062	0.3996	0.5744	31.9918	104.4975
13	1.916	-0.5839	0.4802	2.8619	-0.8094	3.4913	-0.032	-0.2417	0.1321	0.0935	0.1121	0.1788	-0.2946	-0.2525	-0.08	0.219	-0.0019	-0.0081	0.1211	-0.0509	0.1342	-25.7604	61.0141	22.5101
14	2.2391	0.0187	-1.1881	4.2975	0.5865	1.9012	0.0474	0.2358	-0.0828	-0.2377	0.0369	-0.6588	-0.0538	0.4632	-0.0842	0.0555	0.0074	-0.0524	0.4301	-0.0119	0.3779	-2.2721	47.4004	13.1139
15	0.8982	0.3076	0.1316	1.4508	-0.1493	2.1223	-0.0639	-0.0068	-0.1667	0.029	0.0012	-0.1733	0.2806	0.0658	0.0627	0.1721	0.0568	0.0117	0.1006	-0.0156	0.1837	-25.1792	29.2654	13.2472
16	1.3735	1.2534	-0.5583	2.1339	0.3775	1.2144	-0.0642	-0.0543	-0.1108	-0.1009	0.0464	-0.3214	0.0984	0.2268	0.0178	0.1619	0.0866	0.0122	0.2653	0.0247	0.294	-12.6266	36.2625	17.6866
17	1.3817	0.3705	0.0028	1.8377	0.2653	0.0587	-0.0754	0.1819	-0.303	-0.4873	0.1415	-0.4377	-0.0457	0.1078	-0.0661	0.2365	0.0767	0.0118	0.494	-0.0178	0.4086	-6.6679	38.7248	11.2381
18	1.6217	1.2759	-0.6633	1.9104	-0.2558	0.6699	0.0855	-0.2285	0.0865	0.2367	-0.1103	0.1883	-0.0366	-0.0636	0.0248	0.2519	0.0366	-0.0524	0.266	-0.0051	0.1419	-30.3888	45.4206	35.3713
19	0.9428	-0.6214	-0.4038	1.6505	-0.6399	1.325	0.0057	-0.0094	-0.2209	-0.5479	-0.0391	-0.3521	0.5003	0.3665	0.0334	0.3796	-0.0021	0.1022	0.6624	-0.1009	0.6782	3.5303	45.3241	-1.4147
20	0.7245	-0.0756	0.1838	0.897	0.0675	1.4473	-0.0227	-0.0326	0.11	-0.0782	0.0209	-0.1257	-0.1463	0.0942	0.0019	0.165	-0.0372	0.0315	0.1262	-0.0255	0.1497	-22.4877	55.9492	4.4561
21	0.8537	0.1064	-0.1307	1.3487	-0.3435	1.6849	0.0086	0.4068	0.0044	-0.3262	0.0104	-0.1108	-0.0856	0.0422	-0.019	0.3504	-0.003	0.0412	0.2478	-0.0303	0.1291	-25.5085	53.0023	-15.796
22	1.0644	-0.4073	0.6103	1.1818	0.4681	0.9802	-0.0205	-0.0182	0.0766	-0.2273	0.0656	-0.1991	-0.2734	0.1842	-0.0451	0.3166	-0.0626	0.0563	0.1793	0.0113	0.1918	-18.7706	60.9927	2.1657
23	0.7813	0.529	1.0934	1.4415	1.8882	2.784	0.2225	0.3558	-0.3447	0.0373	0.115	-0.1114	0.1609	0.5122	-0.3374	0.4508	-0.0062	0.1395	0.6366	-0.0476	0.4559	-2.7069	50.0578	-21.3867
24	0.7029	0.8508	-1.648	1.2167	-2.3766	4.7279	0.1996	0.1676	-0.0191	0.0433	-0.0928	-0.0485	-0.1858	0.3852	-0.1068	0.5042	-0.0002	0.2268	0.9384	-0.1589	0.7309	5.4005	55.496	-17.8854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	239 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	302 - 366
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	367 - 429
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	430 - 453
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	5 - 41
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	42 - 109
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	110 - 282
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	283 - 314
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	315 - 388
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	389 - 453
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	5 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	59 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	107 - 265
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	266 - 301
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	302 - 350
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	351 - 453
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	5 - 60
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	61 - 159
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	160 - 283
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	284 - 357
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	358 - 426
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	427 - 453

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)