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万見
- PDB-4grf: Crystal structure of thioredoxin domain of thiol-disulfide oxidor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4grf
タイトルCrystal structure of thioredoxin domain of thiol-disulfide oxidoreductase BVU-2223 (Target EFI-501010) from Bacteroides vulgatus
要素Putative thiol-disulfide oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN DOMAIN / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / cell envelope / antioxidant activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4369 / Domain of unknown function (DUF4369) / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Domain of unknown function DUF4369 / Domain of unknown function (DUF4369) / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Putative thiol-disulfide oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Sampathkumar, P. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Patskovsky, Y. / Sampathkumar, P. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Imker, H.J. / Hammonds, J. / Al-Obaidi, N.F. / Stead, M. / Love, J. / Armstrong, R.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of thioredoxin domain of thiol-disulfide oxidoreductase BVU-2223 from Bacteroides vulgatus
著者: Patskovsky, Y. / Sampathkumar, P. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Evans, B. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Al- ...著者: Patskovsky, Y. / Sampathkumar, P. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Evans, B. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Al-Obaidi, N.F. / Stead, M. / Love, J. / Imker, H.J. / Armstrong, R.N. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thiol-disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9458
ポリマ－17,3651
非ポリマー5817
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.664, 52.650, 82.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative thiol-disulfide oxidoreductase


分子量: 17364.656 Da / 分子数: 1 / 断片: thioredoxin domain RESIDUES 252-392 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
株: ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154 / 遺伝子: BVU_2223 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6L2G9
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→70 Å / Num. obs: 15565 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 20.918 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2LRN

2lrn


解像度: 1.76→44.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.185 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21028 773 5 %RANDOM
Rwork0.16547 ---
obs0.1677 14708 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.535 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å2-0 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1124 0 30 95 1249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9761660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5983.0022665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2085154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.17525.09155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58115216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.484154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.761→1.807 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 55 -
Rwork0.206 1024 -
obs--96.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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