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万見
- PDB-4grd: Crystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase cat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4grd
タイトルCrystal structure of Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit from Burkholderia cenocepacia J2315
要素Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
キーワードLYASE / ISOMERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / EMERALD BIOSTRUCTURES / PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE / PURINE NUCLEOTIDES DE NOVO BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structure-Guided Discovery of N 5 -CAIR Mutase Inhibitors.
著者: Belfon, K.K.J. / Sharma, N. / Zigweid, R. / Bolejack, M. / Davies, D. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / French, J.B.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5924
ポリマ－72,5924
非ポリマー00
水12,106672
1
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,1848
ポリマ－145,1848
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area33710 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area40740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.510, 117.180, 122.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit / N5-CAIR mutase


分子量: 18147.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / 遺伝子: purE, BceJ2315_27750, BCAL2837 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B4EA21, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER HEPES (PH 7.0), 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH 0.1 M BICINE (PH 9.0), 10% (V/V) MPD. 20% ETHYLENE GLYCOL ...詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER HEPES (PH 7.0), 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH 0.1 M BICINE (PH 9.0), 10% (V/V) MPD. 20% ETHYLENE GLYCOL CRYOPROTECTANT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 71473 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.28
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XMP

1xmp


解像度: 1.85→48.122 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.574 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 3618 5.1 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.148 71471 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4908 0 0 672 5580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195159
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.9647058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94438341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67923.369187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35715795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0281528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 240 -
Rwork0.208 4788 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86810.16310.31760.65850.18270.7648-0.03410.0633-0.0024-0.06260.0318-0.03530.0108-0.0170.00240.03710.01020.00340.0488-0.01020.029725.705645.736210.0827
22.66540.44870.02150.314-0.08250.0512-0.0131-0.0347-0.05020.0080.0015-0.01440.0193-0.01280.01160.04270.01090.00780.0367-0.00270.058720.605133.96520.1519
30.4012-0.0427-0.08260.3111-0.03970.0277-0.0007-0.0001-0.0114-0.0040.00570.00230.00540.0094-0.00510.04090.0091-0.01040.0474-0.00630.049619.172147.944421.9755
40.7315-1.83690.22295.6628-2.05162.80740.027-0.0435-0.02870.00540.0558-0.118-0.22040.1783-0.08280.0291-0.02670.04850.0494-0.05070.22438.350657.6415.9798
53.6687-2.10591.62931.4862-1.37261.41970.13390.2323-0.0788-0.0923-0.13480.01530.06740.09860.00090.05510.01170.02040.043-0.01270.035924.767273.34117.7017
61.1107-0.3587-0.37281.5117-0.06260.3576-0.0207-0.02320.0370.23380.0161-0.0627-0.0295-0.00380.00460.06920.0165-0.03540.0448-0.01490.025328.694558.903941.7672
71.2063-0.5671-0.19351.39960.27870.204-0.0115-0.02410.05740.04630.0209-0.1096-0.04070.0499-0.00940.032-0.0025-0.03090.039-0.00890.056731.649369.030231.5201
80.3601-0.1146-0.00080.3613-0.12710.0583-0.0086-0.02070.03680.01590.0192-0.00590.01130.0077-0.01060.04310.0102-0.01170.0487-0.00970.052120.240659.621129.665
93.30361.7666-0.62212.7382-1.29760.6416-0.0458-0.1691-0.0317-0.0816-0.0114-0.13580.033-0.02210.05720.02860.0152-0.00420.03640.02050.066633.153941.765236.0761
1013.24631.9734-5.1390.3532-0.94542.61050.1212-0.5899-0.03350.0375-0.1018-0.0132-0.070.181-0.01940.0254-0.0479-0.030.11280.06090.041513.957833.830545.4612
110.7439-0.23580.25650.9667-0.45910.69790.01560.0795-0.0311-0.0397-0.02130.0164-0.0057-0.00330.00570.0467-0.007-0.00670.0391-0.00810.0296-12.832532.852210.067
120.6095-0.57860.0773.2521-0.37460.0444-0.0011-0.00330.00180.02760.00390.0381-0.0001-0.007-0.00280.0379-0.0177-0.00170.0429-0.00910.0509-24.595637.919520.1528
130.17960.0726-0.10920.6926-0.00050.0732-0.00570.0071-0.0012-0.0057-0.00230.00880.0093-0.01430.0080.0397-0.0086-0.0020.04120.0080.0578-12.882941.311223.0685
140.4163-0.08550.02820.23390.09590.05780.00480.044-0.06920.0018-0.00160.0301-0.0018-0.0098-0.00330.0492-0.0007-0.00330.03960.00090.0578-2.736628.247817.5995
152.24192.5109-1.76543.1557-1.6391.7482-0.14580.14430.0233-0.20340.13880.07320.0509-0.11490.00690.0499-0.0089-0.00220.0524-0.02040.035214.718733.82577.6748
162.24010.9541-0.20461.66890.43410.235-0.0851-0.199-0.073-0.07150.1121-0.0945-0.00150.0964-0.0270.0413-0.0058-0.02110.07150.02270.04383.754929.765241.6124
171.60970.5861-0.54080.8676-0.25320.19850.0432-0.1762-0.06460.0845-0.0627-0.021-0.01280.04570.01960.0424-0.0095-0.00750.06450.02890.0174-0.471530.896640.8238
182.08051.12880.49851.8990.52720.17420.0001-0.0385-0.14620.00920.0281-0.0720.00980.0126-0.02820.04020.0169-0.00520.04760.03270.060312.45527.006130.9577
190.3870.0906-0.13320.3180.00480.05050.008-0.025-0.03070.0239-0.0173-0.02070.00220.00440.00930.0481-0.0079-0.00680.04290.00920.0496-1.434835.027330.7496
200.7335-1.8047-0.81867.62833.36351.8926-0.167-0.0832-0.1240.34890.15040.06680.02760.06830.01660.08490.01610.03780.01830.02180.0415-24.126842.802743.9508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3A66 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4A146 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5A158 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6B7 - 47
7X-RAY DIFFRACTION7B48 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8B71 - 145
9X-RAY DIFFRACTION9B146 - 159
10X-RAY DIFFRACTION10B160 - 174
11X-RAY DIFFRACTION11C7 - 47
12X-RAY DIFFRACTION12C48 - 65
13X-RAY DIFFRACTION13C66 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14C124 - 157
15X-RAY DIFFRACTION15C158 - 174
16X-RAY DIFFRACTION16D7 - 27
17X-RAY DIFFRACTION17D28 - 51
18X-RAY DIFFRACTION18D52 - 66
19X-RAY DIFFRACTION19D67 - 157
20X-RAY DIFFRACTION20D158 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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