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- PDB-4grb: Casein kinase 2 (CK2) bound to inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4grb
タイトルCasein kinase 2 (CK2) bound to inhibitor
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Kinase / Protein kinase / Cytosol / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / PML body / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / kinase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0XG / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Larsen, N.A. / Dowling, J.E. / Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013
タイトル: Structure and Property Based Design of Pyrazolo[1,5-a]pyrimidine Inhibitors of CK2 Kinase with Activity in Vivo.
著者: Dowling, J.E. / Alimzhanov, M. / Bao, L. / Block, M.H. / Chuaqui, C. / Cooke, E.L. / Denz, C.R. / Hird, A. / Huang, S. / Larsen, N.A. / Peng, B. / Pontz, T.W. / Rivard-Costa, C. / Saeh, J.C. ...著者: Dowling, J.E. / Alimzhanov, M. / Bao, L. / Block, M.H. / Chuaqui, C. / Cooke, E.L. / Denz, C.R. / Hird, A. / Huang, S. / Larsen, N.A. / Peng, B. / Pontz, T.W. / Rivard-Costa, C. / Saeh, J.C. / Thakur, K. / Ye, Q. / Zhang, T. / Lyne, P.D.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3123
ポリマ－39,8781
非ポリマー4342
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.431, 61.897, 116.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 39878.496 Da / 分子数: 1 / 断片: Transferase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-0XG / 5-(2-{[4-(dimethylcarbamoyl)phenyl]amino}-4-methoxypyrimidin-5-yl)thiophene-3-carboxylic acid


分子量: 398.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N4O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22-26% PEG 6K, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→29.91 Å / Num. all: 16531 / Num. obs: 16447 / % possible obs: 86.42 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 594 / % possible all: 46.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.598 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25112 887 5.1 %RANDOM
Rwork0.21554 ---
obs0.21727 16447 86.42 %-
all-16531 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2762 0 29 178 2969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022867
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0021.9563880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81134769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9265326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.06723.052154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93215501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1851525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02631
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 30 -
Rwork0.225 594 -
obs-594 44.07 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.4059 Å / Origin y: 21.8272 Å / Origin z: 19.2945 Å
111213212223313233
T0.0071 Å20.0047 Å20.0017 Å2-0.0139 Å20.002 Å2--0.0032 Å2
L0.4245 °2-0.135 °2-0.2468 °2-0.738 °20.2512 °2--0.7837 °2
S0.052 Å °0.0159 Å °0.0144 Å °-0.0163 Å °-0.0439 Å °0.007 Å °-0.0189 Å °0.024 Å °-0.008 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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