PDB-4gqz: Crystal Structure of S.CueP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gqz

タイトル

Crystal Structure of S.CueP

要素

Putative periplasmic or exported protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CueP / V-shape dimer / Copper_resistance

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3700 / : / Periplasmic copper-binding protein CueP / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Periplasmic or exported protein

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Ha, N.C. / Yoon, B.Y.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the periplasmic copper-binding protein CueP from Salmonella enterica serovar Typhimurium
著者: Yoon, B.-Y. / Kim, Y.-H. / Kim, N. / Yun, B.-Y. / Kim, J.-S. / Lee, J.-H. / Cho, H.-S. / Lee, K. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2012年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gqz.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gqz.ent.gz	115.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gqz_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gqz_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	4gqz_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	4gqz_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/4gqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dth-d 4e1d-d 5k2y-1 4dtf-d 6tts-d 6hwt-d 3gcp-d 6hwu-d 4tty-d 4e5b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative periplasmic or exported protein

B: Putative periplasmic or exported protein

C: Putative periplasmic or exported protein

D: Putative periplasmic or exported protein

ヘテロ分子

71.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative periplasmic or exported protein

B: Putative periplasmic or exported protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative periplasmic or exported protein

D: Putative periplasmic or exported protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.456, 102.160, 114.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative periplasmic or exported protein / CueP 分子量: 17928.455 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-179 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: STM3650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZL99
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, 2.0M sodium chloride , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9790, 0.9792, 0.9900

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日

放射

モノクロメーター: double mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9792	1
3	0.99	1

反射

解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 118693 / % possible obs: 19.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 21.89 Å²

反射シェル

解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 81.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.799→40.854 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.746 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 31.71 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2758	3679	3.1 %	random
R_work	0.2279	-	-	-
obs	0.2294	118692	96.75 %	-
all	-	122680	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.66 Å² / B_iso mean: 25.8548 Å² / B_iso min: 12.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→40.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4915	0	2	484	5401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12	6852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	888
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.282	1848

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7993-1.823	0.3419	100	0.3386	3257	3357	71
1.823-1.8479	0.3124	123	0.3371	3803	3926	84
1.8479-1.8743	0.3542	131	0.3227	4041	4172	88
1.8743-1.9023	0.3692	138	0.3138	4251	4389	93
1.9023-1.932	0.3801	140	0.2896	4382	4522	96
1.932-1.9637	0.2973	149	0.2809	4488	4637	98
1.9637-1.9976	0.3067	142	0.2716	4476	4618	98
1.9976-2.0339	0.3249	136	0.2559	4507	4643	99
2.0339-2.073	0.3153	148	0.2462	4561	4709	99
2.073-2.1153	0.2751	146	0.2301	4468	4614	99
2.1153-2.1613	0.2531	144	0.2321	4572	4716	99
2.1613-2.2116	0.2997	147	0.2252	4540	4687	99
2.2116-2.2669	0.278	149	0.2169	4527	4676	99
2.2669-2.3282	0.2867	144	0.2231	4536	4680	99
2.3282-2.3967	0.2955	146	0.2281	4518	4664	100
2.3967-2.474	0.3463	144	0.2339	4576	4720	100
2.474-2.5624	0.2536	148	0.2225	4578	4726	100
2.5624-2.665	0.298	143	0.2221	4542	4685	100
2.665-2.7863	0.2516	148	0.2265	4572	4720	100
2.7863-2.9331	0.3043	145	0.2297	4527	4672	100
2.9331-3.1168	0.2777	142	0.2247	4567	4709	100
3.1168-3.3574	0.3199	148	0.2125	4550	4698	100
3.3574-3.6951	0.2785	141	0.2012	4566	4707	100
3.6951-4.2293	0.2347	152	0.1912	4577	4729	100
4.2293-5.3266	0.2037	147	0.1892	4559	4706	100
5.3266-40.8642	0.2378	138	0.2505	4472	4610	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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