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- PDB-4gqc: Crystal Structure of Aeropyrum pernix Peroxiredoxin Q Enzyme in F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqc
タイトルCrystal Structure of Aeropyrum pernix Peroxiredoxin Q Enzyme in Fully-Folded and Locally-Unfolded Conformations
要素Thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CXXXXC Motif / fully folded / locally unfolded / peroxide / DTT / Structural Genomics / RIKEN / peroxiredoxin / reduces peroxides / disulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DITHIANE DIOL / Thiol peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Perkins, A. / Karplus, P.A. / Gretes, M.C. / Nelson, K.J. / Poole, L.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Mapping the Active Site Helix-to-Strand Conversion of CxxxxC Peroxiredoxin Q Enzymes.
著者: Perkins, A. / Gretes, M.C. / Nelson, K.J. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2012年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 4GQC REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R2CX4SF) ...THIS ENTRY 4GQC REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R2CX4SF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2CX4: E.MIZOHATA, K.MURAYAMA, M.IDAKA, A.TATSUGUCHI, T.TERADA, M.SHIROUZU, S.YOKOYAMA, RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE (RSGI)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol peroxidase
B: Thiol peroxidase
C: Thiol peroxidase
D: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,33740
ポリマ－74,7784
非ポリマー3,55936
水4,900272
1
A: Thiol peroxidase
C: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,17120
ポリマ－37,3892
非ポリマー1,78118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area14800 Å2
手法PISA
2
B: Thiol peroxidase
D: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,16720
ポリマ－37,3892
非ポリマー1,77718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.388, 132.388, 106.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質
Thiol peroxidase / Peroxiredoxin Q


分子量: 18694.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: APE2125, APE_2125.1, bcp / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9YA14, peroxiredoxin
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL / 1,2-ジチアン-4α,5β-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.59 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2CX4.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CX4

2cx4


解像度: 2→49.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9655 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9499 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.144 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 3267 5.1 %RANDOM
Rwork0.1948 ---
obs0.1969 63966 99.49 %-
原子変位パラメータBiso max: 185.2 Å2 / Biso mean: 60.9005 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0582 Å20 Å20 Å2
2--3.0582 Å20 Å2
3----6.1163 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.377 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5164 0 189 272 5625
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1910SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes152HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes756HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5515HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion673SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6353SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5515HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7505HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.52
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3227 223 5.04 %
Rwork0.2989 4205 -
all0.3001 4428 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.23730.8255-0.15253.15220.55210.84350.1334-0.43771.0333-0.1697-0.20.6498-0.1066-0.09540.0666-0.26110.0163-0.0283-0.2385-0.19590.3072-39.209451.0818-7.4718
23.9731.0448-0.30053.1817-0.32460.9467-0.0381-0.3152-0.5699-0.2264-0.1876-0.54420.05350.1660.2258-0.20620.03030.0455-0.15620.13640.1897-27.247914.5965-8.5224
35.68080.9695-1.98222.2701-0.53031.40390.0559-0.2890.6877-0.35520.1074-0.2292-0.21670.1745-0.1633-0.1385-0.04560.1554-0.2332-0.09410.1698-8.432347.8596-15.9338
45.45050.85871.34662.22730.22511.1579-0.0945-0.2951-0.2054-0.43080.0030.6620.0328-0.13110.0915-0.16670.0037-0.1962-0.2606-0.00880.2579-58.342417.9884-15.8448
52.37852.36970.01710.64330.23020.78390.027-0.1630.1111-0.842-0.12590.2307-0.0716-0.11920.09890.06260.14430.0093-0.1421-0.01770.4122-35.936830.8681-11.5893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|4 - A|163 }A4 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|4 - B|163 }B4 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|3 - C|163 }C3 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|163 }D3 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|210 B|201 - B|210 C|203 - C|208 D|203 - D|208 }A201 - 210
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|210 B|201 - B|210 C|203 - C|208 D|203 - D|208 }B201 - 210
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|210 B|201 - B|210 C|203 - C|208 D|203 - D|208 }C203 - 208
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|201 - A|210 B|201 - B|210 C|203 - C|208 D|203 - D|208 }D202 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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