PDB-4gpn: The crystal structure of 6-P-beta-D-Glucosidase (E375Q mutant) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gpn

タイトル

The crystal structure of 6-P-beta-D-Glucosidase (E375Q mutant) from Streptococcus mutans UA150 in complex with Gentiobiose 6-phosphate.

要素

6-phospho-beta-D-Glucosidase

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / carbohydrate catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.291 Å

データ登録者

Tan, K. / Michalska, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria.
著者: Michalska, K. / Tan, K. / Li, H. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gpn.cif.gz	404.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gpn.ent.gz	330.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gpn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qomC 4f66C 4f79C 4gzeC 3pn8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f79-1 3pn8-d 4f66-d 4rse-d 6jjn-d 3kvc-d 4ryz-d 6dim-d 4lht-d 3qom-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100193

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-phospho-beta-D-Glucosidase

B: 6-phospho-beta-D-Glucosidase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.220, 91.796, 94.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Experimentally unknown. THe chains A and B may form a dimer.

#1: タンパク質

6-phospho-beta-D-Glucosidase

分子量: 55474.359 Da / 分子数: 2 / 変異: E375Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: bgl, SMU_1601 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8DT00, 6-phospho-beta-glucosidase

#2: 多糖

6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose / gentiobiose 6-phosphate

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 422.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: gentiobiose 6-phosphate

#3: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris:HCl, 25% (w/v) PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.291→46 Å / Num. all: 43091 / Num. obs: 43091 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3PN8

3pn8

解像度: 2.291→46 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	2162	5.02 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.18	43064	98.57 %
all	-	43064	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.351 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4886 Å²	-0 Å²	11.9838 Å²
2-	-	-9.2527 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.764 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.291→46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7791	0	68	144	8003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	11006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.414	2922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1109
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1422

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2907-2.344	0.3648	126	0.3031	2445	X-RAY DIFFRACTION	88
2.344-2.4026	0.363	150	0.2671	2684	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4026-2.4675	0.3061	133	0.2471	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4675-2.5401	0.322	150	0.2225	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5401-2.6221	0.3048	150	0.2196	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6221-2.7158	0.2951	157	0.2102	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7158-2.8245	0.2815	137	0.21	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8245-2.9531	0.2923	149	0.2185	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9531-3.1087	0.2978	147	0.216	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1087-3.3034	0.2834	145	0.203	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3034-3.5584	0.2337	137	0.1816	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5584-3.9163	0.2271	152	0.1417	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9163-4.4826	0.1668	154	0.1287	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4826-5.646	0.1686	120	0.1281	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
5.646-46.052	0.1876	155	0.1551	2783	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5617	-0.3912	-1.0155	0.9414	0.0582	1.0325	0.1001	0.4478	0.1317	-0.2257	-0.005	0.091	-0.0087	-0.1965	-0.0785	0.301	-0.0482	0.0214	0.24	-0.031	0.2482	-8.1874	-3.9334	23.3157
2	1.9797	0.6383	0.1926	1.9231	0.6743	0.5478	-0.0547	0.0386	0.1425	-0.003	-0.0102	0.0553	0.0086	-0.0795	0.0609	0.1869	0.0129	0.0002	0.1997	0.02	0.1837	-2.1997	5.8723	42.0565
3	1.7385	0.2054	-0.0468	1.014	0.0169	4.241	0.0452	0.4008	0.1884	-0.293	0.0462	-0.113	0.02	0.1083	-0.0622	0.2559	0.0085	0.1147	0.2541	0.0124	0.2914	10.9254	1.7728	19.2078
4	4.6956	-1.5195	1.3809	3.3139	-0.5442	3.1348	-0.1169	-0.6414	-0.2771	0.2261	0.0962	-0.0468	0.1146	0.1653	0.003	0.2679	0.1059	0.1077	0.3791	0.1087	0.2092	12.5966	2.6139	81.2187
5	2.4435	-0.86	-0.6951	3.0224	-0.1	1.2446	-0.2609	-0.7673	0.056	0.4615	0.0577	-0.4879	0.1097	0.3843	0.1547	0.4693	0.1836	0.0449	0.4637	0.0324	0.2029	19.5613	-0.0301	85.4923
6	1.7288	-1.1168	0.1025	2.4819	0.3467	0.9316	-0.3304	-0.5468	-0.1909	0.2476	0.0883	-0.2206	0.5325	0.5793	0.2105	0.4271	0.1912	0.1276	0.4354	0.101	0.3592	16.9206	-10.1396	76.2376
7	0.6373	-0.7576	0.0046	2.1514	-0.8219	2.4118	-0.021	-0.106	0.1083	0.1653	-0.0701	-0.1787	0.1445	0.5562	0.1032	0.2084	0.045	0.0169	0.2401	-0.0114	0.2629	20.5277	-3.0903	61.5831
8	2.526	-0.492	-1.4184	2.7922	-0.4977	2.8652	-0.2419	-0.0672	-0.2955	-0.1782	-0.1009	-0.0756	0.6139	0.2161	0.298	0.3642	0.098	0.0747	0.2378	0.0217	0.2881	18.4218	-11.7874	54.8588
9	1.1292	-0.2657	-0.9241	3.1407	-0.2359	2.5711	0.0003	-0.1251	0.1262	0.1252	-0.0402	-0.4244	-0.1678	0.247	0.0456	0.1502	0.0596	-0.0766	0.2976	-0.0146	0.3203	19.0086	5.4778	55.8971
10	0.8733	-0.7395	-1.9612	1.4507	2.4489	5.1635	-0.3068	-0.5312	0.2383	0.4816	0.4725	-0.5968	0.0761	1.202	-0.175	0.2744	-0.0195	-0.0694	0.4431	-0.0539	0.3668	22.4917	15.712	59.6871
11	2.8836	0.0142	0.4639	1.0343	0.0294	3.3348	0.0435	-0.2179	0.4513	0.0827	0.0025	-0.2384	-0.2571	0.2478	-0.0036	0.2704	0.0311	0.0451	0.1806	-0.0341	0.2791	10.3158	13.2499	71.7531
12	6.5487	-0.3806	1.7348	1.5216	0.1976	3.715	-0.5562	-0.6648	0.8573	0.2147	0.198	-0.1804	-0.3824	-0.0741	0.3415	0.4885	0.0696	0.0785	0.3075	-0.0954	0.4194	10.5203	17.0884	84.26

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:185)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 186:376)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 377:477)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 2:31)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 32:120)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 121:178)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 179:263)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 264:302)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 303:328)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 329:352)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 353:445)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 446:477)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)