PDB-4gos: Crystal structure of human B7-H4 IgV-like domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gos

タイトル

Crystal structure of human B7-H4 IgV-like domain

要素

V-set domain-containing T-cell activation inhibitor 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / GLYCOPROTEIN / DISULFIDE BOND / IMMUNITY / ADAPTIVE IMMUNITY / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / IMMUNOGLOBULIN VARIABLE-LIKE DOMAIN / CELL SURFACE / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-4 production / response to protozoan / type II interferon production / negative regulation of T cell activation / regulation of immune response / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of interleukin-2 production / T cell receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Vigdorovich, V. / Ramagopal, U. / Bhosle, R. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Structure and cancer immunotherapy of the B7 family member B7x.
著者: Jeon, H. / Vigdorovich, V. / Garrett-Thomson, S.C. / Janakiram, M. / Ramagopal, U.A. / Abadi, Y.M. / Lee, J.S. / Scandiuzzi, L. / Ohaegbulam, K.C. / Chinai, J.M. / Zhao, R. / Yao, Y. / Mao, Y. ...

履歴

登録	2012年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gos.cif.gz	38.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gos.ent.gz	27.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gos_validation.pdf.gz	800 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gos_full_validation.pdf.gz	800.1 KB	表示
XML形式データ	4gos_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	4gos_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/4gos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/4gos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1e67-2 3fea-d 3ibo-1 3jtb-4 2kf5-d 1bri-2 1jzh-d 5nml-4 2aza-1 2f5w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-006272

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: V-set domain-containing T-cell activation inhibitor 1

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.500, 46.500, 115.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-348- HOH

詳細

probable monomer

#1: タンパク質

V-set domain-containing T-cell activation inhibitor 1 / B7h.5 / Immune costimulatory protein B7-H4 / Protein B7S1 / T-cell costimulatory molecule B7x

分子量: 13722.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B7-H4, B7H4, B7S1, B7x, UNQ659/PRO1291, VTCN1 / プラスミド: modified pMT-BiP-His
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 cell line / 参照: UniProt: Q7Z7D3

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.28	46.06
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法	7	200 mM tri-Potassium citrate, 2.2 M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
291	2	蒸気拡散法	7	200 mM tri-Potassium citrate, 2.2 M ammonium sulfate, I3C (magic triangle) soak, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	1.0750, 1.5402
	NSLS	X29A	2

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日

放射

モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.075	1
2	1.5402	1

Reflection

冗長度: 18.4 % / Av σ(I) over netI: 4.3 / 数: 201521 / R_sym value: 0.161 / D res high: 1.793 Å / D res low: 43.145 Å / Num. obs: 10948 / % possible obs: 86.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.67	38.72	99.6	1	0.069	0.069	18.8
4.01	5.67	100	1	0.062	0.062	20.5
3.27	4.01	75.3	1	0.084	0.084	17.4
2.84	3.27	100	1	0.099	0.099	17.1
2.54	2.84	86.8	1	0.152	0.152	17.1
2.31	2.54	99.6	1	0.208	0.208	17.3
2.14	2.31	83	1	0.408	0.408	17.8
2	2.14	83.1	1	0.472	0.472	18.9
1.89	2	66.7	1	1.016	1.016	19.6
1.79	1.89	89.4	1	1.792	1.792	19.7

反射

解像度: 1.59→43.149 Å / Num. all: 17917 / Num. obs: 16143 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.046 Å² / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.59-1.68	13.5	1.6	34525	2548	0.489	100
1.68-1.78	14.1	2.4	30517	2159	0.315	89.6
1.78-1.9	13.9	3.8	29235	2109	0.198	93
1.9-2.05	13.4	5.3	22648	1687	0.128	78.8
2.05-2.25	13.1	6.1	21182	1616	0.113	81.9
2.25-2.52	12.8	7.6	21479	1674	0.088	92.9
2.52-2.9	12.5	8.5	18089	1449	0.073	89.9
2.9-3.56	12.2	8.7	15743	1286	0.07	93.5
3.56-5.03	12.7	11.3	11980	942	0.053	85.5
5.03-38.59	12.7	13.9	8555	673	0.042	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	30.992	23.737	10.724	S	20	1
2	33.251	24.087	16.194	S	20	0.58
3	28.327	27.525	14.529	S	20	0.34
4	30.695	43.659	17.143	S	20	0.16
5	28.033	21.911	1.079	S	20	0.15
6	30.508	18.504	2.543	S	20	0.14
7	33.445	45.949	15.446	S	20	0.1
8	32.369	22.256	5.436	S	20	0.08
9	32.418	23.803	23.98	S	20	0.08
10	28.911	45.261	11.786	S	20	0.06
11	37.866	54.336	8.5	S	20	0.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.59→19.91 Å / WR_factor R_free: 0.1935 / WR_factor R_work: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9077 / SU B: 1.216 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0905 / SU R_free: 0.0847 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES HAVE BEEN REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1916	837	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1741	-	-	-
obs	0.175	15194	89.82 %	-
all	-	16916	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.49 Å² / B_iso mean: 15.8718 Å² / B_iso min: 8.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	871	0	61	111	1043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	2.045	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.725	3.002	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.174	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.737	25.946	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.609	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.761	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	188

LS精密化シェル

解像度: 1.591→1.632 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	68	-
R_work	0.232	1198	-
all	-	1266	-
obs	-	1198	99.29 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)