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- PDB-4gok: The Crystal structure of Arl2GppNHp in complex with UNC119a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gok
タイトルThe Crystal structure of Arl2GppNHp in complex with UNC119a
要素
  • ADP-ribosylation factor-like protein 2
  • Protein unc-119 homolog A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Small G proteins / Arl / Arf / GDI-like solubilizing factors / Cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / negative regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / acetylcholine transport / RAS processing / bicellular tight junction assembly / maintenance of protein location in nucleus / centrosome cycle / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of glycolytic process ...Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / negative regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / acetylcholine transport / RAS processing / bicellular tight junction assembly / maintenance of protein location in nucleus / centrosome cycle / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of glycolytic process / negative regulation of GTPase activity / lipoprotein transport / regulation of aerobic respiration / intercellular bridge / regulation of microtubule polymerization / phototransduction / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitotic cytokinesis / lateral plasma membrane / spindle midzone / positive regulation of microtubule polymerization / visual perception / mitochondrial intermembrane space / spindle pole / endocytosis / GDP binding / microtubule cytoskeleton / protein folding / nervous system development / chemical synaptic transmission / focal adhesion / GTPase activity / centrosome / lipid binding / synapse / nucleolus / GTP binding / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 2 / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type ...ADP-ribosylation factor-like protein 2 / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Distorted Sandwich / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Protein unc-119 homolog A / ADP-ribosylation factor-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ismail, S. / Xiang-Chen, Y. / Miertzschke, M. / Vetter, I. / Koerner, C. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for Arl3-specific release of myristoylated ciliary cargo from UNC119.
著者: Ismail, S.A. / Chen, Y.X. / Miertzschke, M. / Vetter, I.R. / Koerner, C. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ADP-ribosylation factor-like protein 2
G: Protein unc-119 homolog A
A: ADP-ribosylation factor-like protein 2
C: Protein unc-119 homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2318
ポリマ－92,1384
非ポリマー1,0934
水25214
1
B: ADP-ribosylation factor-like protein 2
G: Protein unc-119 homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6164
ポリマ－46,0692
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
2
A: ADP-ribosylation factor-like protein 2
C: Protein unc-119 homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6164
ポリマ－46,0692
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.450, 61.080, 143.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 2


分子量: 19072.695 Da / 分子数: 2 / 変異: Q70L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arl2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D0J4
#2: タンパク質 Protein unc-119 homolog A / Retinal protein 4 / hRG4


分子量: 26996.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNC119, RG4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13432
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% PEG400 and 2M Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日
放射モノクロメーター: SAGITALLY - HORIZONTALLY FOCUSED SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.85 Å / Num. all: 26616 / Num. obs: 26616 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.98 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Net I/σ(I): 9.39
反射 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1462 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0093精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KSH, 3GQQ

1ksh

3gqq


解像度: 2.6→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 10.871 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.713 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29697 1331 5 %RANDOM
Rwork0.24525 ---
obs0.24772 25284 99.25 %-
all-25284 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.741 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å20.09 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5154 0 66 14 5234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.9697215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.045627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85723.308263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.45815913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9091544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214016
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 88 -
Rwork0.324 1751 -
obs--99.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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