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- PDB-4go9: CRYSTAL STRUCTURE of the TREHALULOSE SYNTHASE MUTANT, MUTB D415N,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4go9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE of the TREHALULOSE SYNTHASE MUTANT, MUTB D415N, in COMPLEX with TRIS
要素Sucrose isomerase
キーワードISOMERASE / MUTANT ENZYME / TIM-BARREL / (BETA/ALPHA)8 / SUCROSE ISOMERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / TREHALULOSE SYNTHASE / GH13 FAMILY (CAZY DATABASE) / CALCIUM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas mesoacidophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lipski, A. / Ravaud, S. / Robert, X. / Haser, R. / Aghajari, N.
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2013
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE of the TREHALULOSE SYNTHASE MUTB, MUTANT D415N, in COMPLEX with TRIS
著者: Lipski, A. / Watzlawick, H. / Ravaud, S. / Robert, X. / Haser, R. / Mattes, R. / Aghajari, N.
履歴
登録2012年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sucrose isomerase
B: Sucrose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2006
ポリマ－127,8762
非ポリマー3244
水22,1581230
1
A: Sucrose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1003
ポリマ－63,9381
非ポリマー1622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sucrose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1003
ポリマ－63,9381
非ポリマー1622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.52, 84.99, 123.95
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sucrose isomerase / Trehalulose synthase


分子量: 63937.863 Da / 分子数: 2 / 断片: MUTB fragment, UNP residues 28-584 / 変異: D415N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mesoacidophila (バクテリア)
遺伝子: mutB / プラスミド: PHWG660.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q2PS28, EC: 5.4.11.99
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 12% (w/v) PEG20000, 0.01M L-Cysteine, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9699 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月15日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9699 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40.83 Å / Num. all: 67242 / Num. obs: 67185 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.99 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 9.36
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Num. unique all: 8384 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2PWG

2pwg


解像度: 2.2→40.8 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 6800 10.13 %RANDOM
Rwork0.1661 ---
obs0.1715 67117 99.85 %-
all-67117 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8972 0 18 1230 10220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72612651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6513373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031672
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2250.29322170.22982062100
2.225-2.25120.27062450.2081940100
2.2512-2.27860.27912270.20512017100
2.2786-2.30740.28092070.20592037100
2.3074-2.33780.27062380.21011950100
2.3378-2.36980.27162080.20712034100
2.3698-2.40370.27212240.19522019100
2.4037-2.43960.25032370.19091950100
2.4396-2.47770.25222190.1842049100
2.4777-2.51830.22372470.18411922100
2.5183-2.56170.25552290.18642027100
2.5617-2.60830.23542300.17842006100
2.6083-2.65840.22562140.17512023100
2.6584-2.71270.23472350.17832002100
2.7127-2.77170.24882060.17832024100
2.7717-2.83610.23962300.17231990100
2.8361-2.9070.21692130.1712007100
2.907-2.98560.25212390.17412000100
2.9856-3.07340.25072230.17182031100
3.0734-3.17260.24912330.16731998100
3.1726-3.28590.21592430.16381989100
3.2859-3.41740.23492250.16042026100
3.4174-3.57290.16442270.1512030100
3.5729-3.76110.22112130.14452015100
3.7611-3.99660.1892320.13482021100
3.9966-4.30490.14492460.12732007100
4.3049-4.73750.15692180.12362005100
4.7375-5.42170.17932470.13532034100
5.4217-6.82560.21382240.1582050100
6.8256-40.83760.16692040.161205297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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