PDB-4go3: Crystal structure of PnpE from Pseudomonas sp. WBC-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4go3

タイトル

Crystal structure of PnpE from Pseudomonas sp. WBC-3

要素

Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.704 Å

データ登録者

Su, J. / Zhang, C. / Liu, S. / Zhu, D. / Gu, L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PnpE from Pseudomonas sp. WBC-3
著者: Su, J. / Zhang, C. / Liu, S. / Zhu, D. / Gu, L.

履歴

登録	2012年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	1a4vS 4go4 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4go4-2 4go4-4 4mpb-1 4nmj-3 4q92-3 4nmk-2 4nmj-2 4nmk-4 4h7n-2 5u0m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

B: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

C: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

D: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

E: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

F: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

G: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

H: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

427 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

C: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

F: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

G: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

H: Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.531, 144.252, 138.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )
2	1	chain B and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )
3	1	chain C and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )
4	1	chain D and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )
5	1	chain E and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )
6	1	chain F and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )
7	1	chain G and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )
8	1	chain H and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	A	1 - 479
1	2	1	chain A and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	A	481 - 487
2	1	1	chain B and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	B	1 - 479
2	2	1	chain B and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	B	481 - 487
3	1	1	chain C and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	C	1 - 479
3	2	1	chain C and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	C	481 - 487
4	1	1	chain D and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	D	1 - 479
4	2	1	chain D and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	D	481 - 487
5	1	1	chain E and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	E	1 - 479
5	2	1	chain E and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	E	481 - 487
6	1	1	chain F and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	F	1 - 479
6	2	1	chain F and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	F	481 - 487
7	1	1	chain G and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	G	1 - 479
7	2	1	chain G and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	G	481 - 487
8	1	1	chain H and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	H	1 - 479
8	2	1	chain H and (resseq 1:479 or resseq 481:487 )	H	481 - 487

#1: タンパク質	Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase 分子量: 53397.715 Da / 分子数: 8 / 変異: S426N, Y484H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 株: WBC-3 / 遺伝子: pnpE / プラスミド: pET-29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I208, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative gamma-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase

分子量: 53397.715 Da / 分子数: 8 / 変異: S426N, Y484H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas (バクテリア) / 株: WBC-3 / 遺伝子: pnpE / プラスミド: pET-29b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I208, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 86090 / Num. obs: 86090 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	3.4	0.312	3.6	1	92.2
5.81-50	3.8	0.053	25.1	1	99.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A4V

1a4v

解像度: 2.704→41.684 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	4166	4.99 %
R_work	0.2232	79335	-
obs	0.2238	83501	93.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 23.763 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.1 Å² / B_iso mean: 42.8027 Å² / B_iso min: 6.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.0882 Å²	-0 Å²	8.5346 Å²
2-	-	-2.7664 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.3218 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.704→41.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29460	0	0	213	29673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	30084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.499	40808
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.74	10902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	4544
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	5377

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3669	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.635
1	2	B	3669	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.635
1	3	C	3670	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.808
1	4	D	3676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.685
1	5	E	3656	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.643
1	6	F	3676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.717
1	7	G	3676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.756
1	8	H	3676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.735

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7039-2.7346	0.338	113	0.3089	2009	2122	73
2.7346-2.7668	0.3059	118	0.3078	2386	2504	84
2.7668-2.8005	0.3631	130	0.3031	2349	2479	84
2.8005-2.836	0.3333	113	0.2916	2429	2542	86
2.836-2.8733	0.3021	138	0.2896	2492	2630	87
2.8733-2.9126	0.2945	125	0.293	2459	2584	88
2.9126-2.9542	0.3312	126	0.2806	2513	2639	89
2.9542-2.9983	0.2779	130	0.2667	2519	2649	89
2.9983-3.0451	0.2606	117	0.2557	2522	2639	90
3.0451-3.095	0.2908	143	0.2474	2609	2752	91
3.095-3.1484	0.26	147	0.2597	2541	2688	91
3.1484-3.2056	0.2965	143	0.2553	2615	2758	93
3.2056-3.2673	0.2536	125	0.2461	2629	2754	93
3.2673-3.3339	0.2671	134	0.2424	2676	2810	94
3.3339-3.4064	0.2744	134	0.2339	2654	2788	95
3.4064-3.4856	0.2406	141	0.2268	2709	2850	95
3.4856-3.5727	0.2307	155	0.224	2667	2822	96
3.5727-3.6692	0.247	135	0.2289	2755	2890	97
3.6692-3.7772	0.2302	129	0.2115	2775	2904	98
3.7772-3.899	0.2073	162	0.2025	2761	2923	98
3.899-4.0382	0.2082	162	0.1999	2785	2947	99
4.0382-4.1998	0.1966	159	0.1972	2796	2955	99
4.1998-4.3907	0.179	145	0.1789	2830	2975	99
4.3907-4.6219	0.1624	135	0.1655	2840	2975	99
4.6219-4.9111	0.2206	168	0.1884	2792	2960	99
4.9111-5.2896	0.2428	140	0.2185	2810	2950	100
5.2896-5.8206	0.2253	150	0.2371	2819	2969	99
5.8206-6.6599	0.2688	151	0.2341	2849	3000	100
6.6599-8.3796	0.2032	134	0.1958	2870	3004	100
8.3796-41.6885	0.1985	164	0.1965	2875	3039	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0853	-0.0283	-0.1618	0.3467	-0.1177	0.2823	-0.0422	0.0279	0.0172	0.0149	0.0141	-0.0784	0.0014	0.0274	0.0195	0.0582	-0.0156	-0.0061	0.069	-0.0046	0.13	-19.8671	-14.6843	-15.7567
2	0.3649	0.0231	-0.1559	0.169	-0.0093	0.5233	-0.0026	0.0152	0.0528	0.1123	0.0093	0.0781	0.0376	-0.0895	-0.0108	0.1715	0.0032	0.0551	0.0806	-0.0044	0.1582	-16.5499	7.2539	-66.2057
3	0.3938	-0.1134	-0.0193	0.2265	-0.1417	0.5246	0.0395	0.0117	0.0646	0.0191	-0.0248	-0.0165	0.0052	0.0905	-0.0145	0.0912	-0.0082	0.0462	0.0711	0.0093	0.1316	-16.9926	20.1509	-10.6151
4	0.6976	-0.1091	-0.3962	0.4115	-0.115	0.2966	-0.0002	-0.0976	0.0316	-0.0469	0.0604	-0.0158	-0.0259	0.0151	-0.0516	0.0941	-0.0372	0.0112	0.077	-0.0049	0.0954	-4.9724	74.2692	-40.8066
5	0.3467	0.014	-0.2664	0.1035	0.0921	0.5443	-0.0379	0.0666	0.0505	0.0017	0.0383	-0.0383	0.0401	0.0292	-0.0449	0.0687	-0.0049	0.0129	0.1357	-0.011	0.1365	-37.2125	77.6731	-18.3862
6	0.3846	-0.2351	-0.2539	0.03	0.1144	0.3352	-0.1086	-0.0424	-0.1336	0.1831	-0.0366	0.1327	0.2538	-0.0402	0.0608	0.2753	-0.0051	0.1131	-0.0097	-0.0069	0.1836	-13.7079	-27.2278	-71.5866
7	0.7608	0.3306	-0.3989	0.6673	-0.3386	0.4091	-0.1321	0.2152	0.071	-0.2294	0.2439	0.1723	0.2969	-0.2208	-0.0429	0.2476	-0.1439	-0.0391	0.1672	0.0588	0.1304	-18.4748	60.2884	-70.4066
8	0.5631	0.0494	-0.3825	0.1498	0.0122	0.3454	0.0157	-0.2506	-0.1165	-0.0473	-0.0122	-0.1491	-0.0169	0.1814	-0.0432	0.1058	-0.0061	-0.0238	0.2613	0.0417	0.214	-23.0645	73.3632	13.7003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	1 - 487
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	1 - 487
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	1 - 487
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	1 - 487
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	1 - 485
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	1 - 487
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G	G	1 - 487
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H	H	1 - 487

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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