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- PDB-4gnv: Crystal structure of beta-hexosaminidase 1 from Burkholderia ceno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gnv
タイトルCrystal structure of beta-hexosaminidase 1 from Burkholderia cenocepacia J2315 with bound N-Acetyl-D-Glucosamine
要素Beta-hexosaminidase 1
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase activity / peptidoglycan turnover / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of beta-hexosaminidase 1 from Burkholderia cenocepacia J2315 with bound N-Acetyl-D-Glucosamine
著者: Davies, D.R. / Abendroth, J. / Staker, B. / Stewart, L.
履歴
登録2012年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase 1
B: Beta-hexosaminidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8188
ポリマ－76,2342
非ポリマー5846
水11,349630
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.970, 89.310, 67.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase 1 / Beta-hexosaminidase 2


分子量: 38116.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / LMG 16656
遺伝子: nagZ1, nagZ2, BceJ2315_10000, BceJ2315_27960, BCAL1010, BCAL2860
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EA43, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: EBS Internal tracking number 234629b12: BuceA.18451.a.B1.PW36254 at 20 mg/mL in 25 mM HEPES (pH 7.0), 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.025% Sodium Azide, 5% glycerol. 0.4 uL x 0.4 uL drop with ...詳細: EBS Internal tracking number 234629b12: BuceA.18451.a.B1.PW36254 at 20 mg/mL in 25 mM HEPES (pH 7.0), 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.025% Sodium Azide, 5% glycerol. 0.4 uL x 0.4 uL drop with Morpheus Screen B12: 90 mM Halogens (NaF, NaBr, NaI), 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 37.5% MPD-PEG1000-PEG3500, SOAK 1 week with 10 mM N-acetyl-D-glucosamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→67.12 Å / Num. all: 551832 / Num. obs: 85727 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 28.22
反射 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 4.57 / % possible all: 84.57

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.99 Å
Translation2.5 Å38.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→67.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1702 / WRfactor Rwork: 0.1432 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.906 / SU B: 2.092 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0695 / SU Rfree: 0.0704 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1755 4519 5 %RANDOM
Rwork0.1479 ---
obs0.1493 90246 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.45 Å2 / Biso mean: 14.266 Å2 / Biso min: 3.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→67.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5102 0 34 630 5766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9657246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9338506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8955704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.54522.5224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.56415833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2481553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021121
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 288 -
Rwork0.229 5425 -
all-5713 -
obs--84.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3674-0.14951.46221.0102-0.15961.36480.06120.1152-0.19770.0570.0110.0290.1040.0098-0.07220.03890.00560.00660.0135-0.01240.024213.9067-26.00253.3124
20.37330.08970.0410.42110.23530.4574-0.0120.0443-0.00690.0069-0.01070.05410.005-0.03310.02270.02360.00480.00190.01440.00430.02279.4533-13.42517.9514
30.51430.0754-0.07770.4769-0.02580.4144-0.01640.03850.04280.00410.0014-0.0253-0.06430.04120.0150.0326-0.0042-0.00350.01840.00840.026820.9928-1.015214.1738
41.23780.39050.20220.85780.49020.3645-0.02980.07270.0078-0.03470.0735-0.0512-0.00160.0656-0.04370.0180.00750.00290.0383-0.00110.031932.0643-12.25887.5459
50.7798-0.1402-0.22750.31650.2390.611-0.019-0.0094-0.09040.04070.02490.01640.0829-0.0237-0.00590.02590.00280.00150.00940.00870.020814.896-19.31314.1239
67.29136.6063-0.50917.0783-3.27830.7514-0.16310.04070.2174-0.10830.19080.2221-0.0036-0.047-0.02760.08730.05940.01240.04540.01080.05240.12882.823920.5176
71.7405-0.4460.52740.6907-0.35340.6276-0.0043-0.0216-0.1086-0.00330.05780.06130.0957-0.0159-0.05350.0291-0.013-0.00470.04760.01180.01036.8593-22.548250.1788
80.27630.0911-0.11890.5868-0.08970.53490.011-0.09950.01550.0272-0.042-0.0434-0.04060.05650.03110.0165-0.0075-0.01320.0457-0.00280.020118.8927-5.35442.6218
90.54450.0552-0.1230.63060.01970.57550.038-0.05740.10330.0313-0.03210.0519-0.1243-0.0279-0.00590.04320.01340.00240.0285-0.02430.02955.01544.002442.2174
101.12880.31320.22880.4735-0.55631.7555-0.005-0.1530.02430.12470.06120.0492-0.1298-0.1969-0.05630.05260.02170.01910.0905-0.00760.0292-3.3454-9.731954.0526
113.4409-0.5712-0.34110.5557-0.04640.4902-0.0002-0.0507-0.1183-0.0431-0.00510.05550.0907-0.02710.00530.02340-0.00390.01840.00080.007211.0973-16.999534.2035
123.63222.01492.781916.79733.95332.51660.00070.02490.035-0.0553-0.0111-0.2201-0.0130.05470.01040.0038-0.01360.0080.11480.02430.058831.4735-8.182934.869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4A223 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5A283 - 331
6X-RAY DIFFRACTION6A332 - 341
7X-RAY DIFFRACTION7B4 - 57
8X-RAY DIFFRACTION8B58 - 142
9X-RAY DIFFRACTION9B143 - 251
10X-RAY DIFFRACTION10B252 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11B303 - 330
12X-RAY DIFFRACTION12B331 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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