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- PDB-4gnd: Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gnd
タイトルCrystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains
要素Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
キーワードTRANSFERASE / zinc finger / transcription / histone / nuclear protein
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-dimethyltransferase / [histone H3]-lysine27 N-dimethyltransferase / histone H3K4 dimethyltransferase activity / histone H3K27 dimethyltransferase activity / histone H3K27 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / transcription regulator activator activity / histone H3 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / methylation ...[histone H3]-lysine4 N-dimethyltransferase / [histone H3]-lysine27 N-dimethyltransferase / histone H3K4 dimethyltransferase activity / histone H3K27 dimethyltransferase activity / histone H3K27 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / transcription regulator activator activity / histone H3 methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / methylation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / : / NSD, Cys-His rich domain / : / : / NSD Cys-His rich domain ...: / : / : / : / : / : / NSD, Cys-His rich domain / : / : / NSD Cys-His rich domain / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, PHD zinc finger / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, variant PHD zinc finger / Histone-lysine N-methyltransferase NSD-like, PHD zinc finger 1 / : / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / Herpes Virus-1 / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Li, F. / He, C. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The methyltransferase NSD3 has chromatin-binding motifs, PHD5-C5HCH, that are distinct from other NSD (nuclear receptor SET domain) family members in their histone H3 recognition.
著者: He, C. / Li, F. / Zhang, J. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2012年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
C: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,64110
ポリマ－24,1182
非ポリマー5238
水45025
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3205
ポリマ－12,0591
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3205
ポリマ－12,0591
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.510, 58.510, 108.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase NSD3 / Nuclear SET domain-containing protein 3 / Protein whistle / WHSC1-like 1 isoform 9 with ...Nuclear SET domain-containing protein 3 / Protein whistle / WHSC1-like 1 isoform 9 with methyltransferase activity to lysine / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 1-like protein 1 / WHSC1-like protein 1


分子量: 12058.793 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1310-1413 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WHSC1L1, NSD3, DC28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BZ95, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 % / Mosaicity: 0.86 °
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes, 1.1M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.278 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.278 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 19 % / Av σ(I) over netI: 7.4 / 数: 185997 / Rsym value: 0.091 / D res high: 2.27 Å / D res low: 50.671 Å / Num. obs: 9797 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.1850.6799.910.0540.05420.4
5.087.1810010.0610.06121.7
4.145.0810010.0550.05517.7
3.594.1410010.0690.06920.1
3.213.5910010.0750.07520.2
2.933.2110010.0950.09519.7
2.712.9310010.1320.13218.9
2.542.7110010.1810.18118.3
2.392.5410010.2330.23318
2.272.3910010.3080.30817.9
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.557
11K, H, -L20.443
反射解像度: 2.27→50.671 Å / Num. all: 9797 / Num. obs: 9797 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.27-2.3917.90.3170.3082.52528714150.0740.3170.30810.5100
2.39-2.54180.240.2333.32454313670.0560.240.23313.6100
2.54-2.7118.30.1860.1814.22290012480.0430.1860.18117.6100
2.71-2.9318.90.1360.1325.72250811940.0310.1360.13223.2100
2.93-3.2119.70.0980.0957.82114310750.0220.0980.09531.5100
3.21-3.5920.20.0770.0759.3197179780.0170.0770.07540.8100
3.59-4.1420.10.0710.0699.8176248770.0160.0710.06946.8100
4.14-5.0817.70.0560.05511.9130297350.0130.0560.05545.7100
5.08-7.1821.70.0630.06111.4125165780.0140.0630.06146.8100
7.18-50.67120.40.0550.05411.567303300.0120.0550.05447.199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GNE

4gne


解像度: 2.27→50.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / WRfactor Rfree: 0.2138 / WRfactor Rwork: 0.1694 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.7939 / SU B: 6.821 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.0674 / SU Rfree: 0.0455 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 706 7.2 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
obs0.1751 9756 99.98 %-
all-9776 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.26 Å2 / Biso mean: 24.9541 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å20 Å20 Å2
2---4.14 Å20 Å2
3---8.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→50.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 8 25 1629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.9582226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2475203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.42725.275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.70915270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.563153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221287
LS精密化 シェル解像度: 2.271→2.329 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 43 -
Rwork0.2 683 -
all-726 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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