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万見
- PDB-4gnb: human SMP30/GNL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gnb
タイトルhuman SMP30/GNL
要素Regucalcin
キーワードHYDROLASE / beta propeller structure
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA catabolic process / negative regulation of RNA biosynthetic process / negative regulation of flagellated sperm motility / gluconolactonase / negative regulation of bone development / gluconolactonase activity / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process ...negative regulation of DNA catabolic process / negative regulation of RNA biosynthetic process / negative regulation of flagellated sperm motility / gluconolactonase / negative regulation of bone development / gluconolactonase activity / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / positive regulation of ATP-dependent activity / enzyme regulator activity / regulation of calcium-mediated signaling / liver regeneration / kidney development / intracellular calcium ion homeostasis / negative regulation of epithelial cell proliferation / spermatogenesis / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regucalcin / Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Aizawa, S. / Senda, M. / Harada, A. / Maruyama, N. / Ishida, T. / Aigaki, T. / Ishigami, A. / Senda, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the gamma-lactone-ring formation in ascorbic acid biosynthesis by the senescence marker protein-30/gluconolactonase
著者: Aizawa, S. / Senda, M. / Harada, A. / Maruyama, N. / Ishida, T. / Aigaki, T. / Ishigami, A. / Senda, T.
履歴
登録2012年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regucalcin
B: Regucalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7045
ポリマ－66,5842
非ポリマー1203
水7,044391
1
A: Regucalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3322
ポリマ－33,2921
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Regucalcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3723
ポリマ－33,2921
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.500, 50.786, 86.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Regucalcin / SMP30 / GNL / RC / Gluconolactonase / Senescence marker protein 30


分子量: 33291.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMP30 / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: Q15493, gluconolactonase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG6000, 100mM Tris-HCl, 5mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月24日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 87006 / Num. obs: 87006 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 14.31 Å2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G4E

3g4e


解像度: 1.5→19.531 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / FOM work R set: 0.8568 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 4349 5 %Random
Rwork0.1893 ---
all0.1907 86999 --
obs0.1907 86999 98.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.2 Å2 / Biso mean: 16.7576 Å2 / Biso min: 4.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 3 391 4958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1446423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3221709
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.30081380.26492633277195
1.517-1.53490.33231410.25232678281996
1.5349-1.55360.2471400.23912655279596
1.5536-1.57330.26271430.23912717286096
1.5733-1.59390.29081420.23162691283397
1.5939-1.61580.26061420.22972709285198
1.6158-1.63880.27031440.2162723286797
1.6388-1.66330.24661420.21812706284898
1.6633-1.68930.26521450.21672754289998
1.6893-1.71690.26371430.21922708285198
1.7169-1.74650.26251470.21442792293998
1.7465-1.77830.27631420.2092700284298
1.7783-1.81250.27341450.20942765291099
1.8125-1.84940.29861460.20632767291399
1.8494-1.88960.24321450.20312760290599
1.8896-1.93350.25131460.19622762290899
1.9335-1.98180.22381450.1942758290399
1.9818-2.03540.1991470.18822794294199
2.0354-2.09520.20851470.18382799294699
2.0952-2.16270.20921460.17872772291899
2.1627-2.23990.20541470.185427812928100
2.2399-2.32950.21881460.179627852931100
2.3295-2.43530.21221460.184428002946100
2.4353-2.56340.21291490.187228152964100
2.5634-2.72360.2221470.195428032950100
2.7236-2.93330.24011480.186828162964100
2.9333-3.22730.20171490.189628192968100
3.2273-3.69150.18741480.167928162964100
3.6915-4.64060.16411480.1562818296699
4.6406-19.53220.19761450.18082754289994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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