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- PDB-4gn0: De novo phasing of a Hamp-complex using an improved Arcimboldo method -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gn0
タイトルDe novo phasing of a Hamp-complex using an improved Arcimboldo method
要素Hamp domain of AF1503
キーワードSIGNALING PROTEIN / Four helix bundle / Hamp domain / Transmembrane signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 / hypothetical protein mp506/mpn330, domain 1 - #10 / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
HAMP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hulko, M. / Ursinus, A. / Bar, K. / Martin, J. / Zeth, K. / Lupas, A.N.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2013
タイトル: Exploiting tertiary structure through local folds for crystallographic phasing.
著者: Sammito, M. / Millan, C. / Rodriguez, D.D. / de Ilarduya, I.M. / Meindl, K. / De Marino, I. / Petrillo, G. / Buey, R.M. / de Pereda, J.M. / Zeth, K. / Sheldrick, G.M. / Uson, I.
履歴
登録2012年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32014年1月22日Group: Structure summary
改定 1.42014年3月19日Group: Structure summary
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hamp domain of AF1503
B: Hamp domain of AF1503
C: Hamp domain of AF1503
D: Hamp domain of AF1503
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5845
ポリマ－45,5594
非ポリマー241
水6,720373
1
A: Hamp domain of AF1503
C: Hamp domain of AF1503
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8043
ポリマ－22,7802
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
2
B: Hamp domain of AF1503
D: Hamp domain of AF1503


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7802
ポリマ－22,7802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13850 Å2
手法PISA
3
A: Hamp domain of AF1503
C: Hamp domain of AF1503
ヘテロ分子

B: Hamp domain of AF1503
D: Hamp domain of AF1503


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5845
ポリマ－45,5594
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area12970 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.115, 48.077, 95.262
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hamp domain of AF1503


分子量: 11389.803 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 31-338
変異: Y255K, Y256N, A257L, G259T, I260L, A263D, I264R, I266E, V267Q, F268I, I270N, V271D, V274S, F275T
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_1503 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O28769
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 39972 / Biso Wilson estimate: 22.04 Å2

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.75→41.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9299 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9096 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 2005 5.02 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.1942 39972 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5338 Å20 Å2-7.4266 Å2
2---0.3241 Å20 Å2
3---1.8579 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.201 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 1 373 3503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013138HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.994237HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1190SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes109HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes436HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3138HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion472SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4201SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 143 4.85 %
Rwork0.216 2803 -
all0.2185 2946 -
obs--99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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