PDB-4gmv: Crystal Structure of the coiled-coil, RA and PH domains of Lamell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gmv

タイトル

Crystal Structure of the coiled-coil, RA and PH domains of Lamellipodin

要素

Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1

キーワード

CELL ADHESION / RA-PH / coiled-coil region / Ras-association domain / pleckstrin homology domain / cytoskeletal protein / Ena/VASP binding / cell migration

機能・相同性

機能・相同性情報

axon extension / filopodium / lamellipodium / cytoskeleton / nuclear body / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.403 Å

データ登録者

Chang, Y.C.E. / Wu, J.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Lamellipodin implicates diverse functions in actin polymerization and Ras signaling.
著者: Chang, Y.C. / Zhang, H. / Brennan, M.L. / Wu, J.

履歴

登録	2012年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gmv.cif.gz	229.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gmv.ent.gz	187 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gmv_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gmv_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	4gmv_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	4gmv_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gn1C 3tcaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zb1-d 4f8y-1 3sml-d 3lcm-2 2l49-d 6j4p-d 4mym-1 1lcy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1

B: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1

66.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1

ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1

ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.617, 96.972, 76.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1 / RAPH1 / Amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene 18 protein / Amyotrophic ...RAPH1 / Amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene 18 protein / Amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene 9 protein / Lamellipodin / Proline-rich EVH1 ligand 2 / PREL-2 / Protein RMO1 分子量: 33234.422 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled-coil, RA, PH domain (UNP Residues 240-520) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: RAPH1, ALS2CR18, ALS2CR9, KIAA1681, LPD, PREL2, RMO1 プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70E73
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ras-associated and pleckstrin homology domains-containing protein 1 / RAPH1 / Amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene 18 protein / Amyotrophic ...

分子量: 33234.422 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled-coil, RA, PH domain (UNP Residues 240-520) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RAPH1, ALS2CR18, ALS2CR9, KIAA1681, LPD, PREL2, RMO1
プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70E73

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM sodium formate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 30% (v/v) ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月19日
放射	モノクロメーター: Bent single crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→38 Å / Num. obs: 24426 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TCA

3tca

解像度: 2.403→37.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 19.118 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28254	1285	5 %	RANDOM
R_work	0.23991	-	-	-
obs	0.2421	24426	95.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.181 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.403→37.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4345	0	0	101	4446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	4441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.151	1.962	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.79	5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.194	24.455	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.352	15	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.774	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	79	-
R_work	0.292	1478	-
obs	-	-	80.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7261	-1.0114	1.9619	5.7399	-0.8034	2.434	0.0213	-0.0031	0.0763	-0.0613	-0.1442	-0.064	0.0144	-0.0367	0.1229	0.1578	-0.0253	0.124	0.2641	0.0016	0.1056	36.3445	-2.5588	1.3905
2	2.641	-0.976	1.6406	4.0162	-0.7694	2.2917	-0.0951	0.0645	0.1212	-0.0366	0.0046	-0.011	-0.0943	0.0099	0.0905	0.0722	-0.02	0.0717	0.1664	-0.0264	0.0966	62.6992	-64.3721	24.1456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	252 - 520
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	252 - 520

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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