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- PDB-4gmn: Structural basis of Rpl5 recognition by Syo1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gmn
タイトルStructural basis of Rpl5 recognition by Syo1
要素
  • 60S ribosomal protein l5-like protein
  • Putative uncharacterized protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ARM / HEAT / solenoid / linear motif / nuclear transport / chaperone / ribosome assembly / Rpl11 / Kap104
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit biogenesis / protein import into nucleus / unfolded protein binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARM-like repeat-containing protein / 60S ribosomal protein l5-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Bange, G. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Synchronizing nuclear import of ribosomal proteins with ribosome assembly.
著者: Kressler, D. / Bange, G. / Ogawa, Y. / Stjepanovic, G. / Bradatsch, B. / Pratte, D. / Amlacher, S. / Strauss, D. / Yoneda, Y. / Katahira, J. / Sinning, I. / Hurt, E.
履歴
登録2012年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 60S ribosomal protein l5-like protein
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7822
ポリマ－80,7822
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.620, 104.230, 182.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein l5-like protein


分子量: 6073.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063640, Rpl5 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SEG2
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 74709.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0033460, Syo1 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0S5S6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 20% (v/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9768 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月19日
放射モノクロメーター: Single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→63.27 Å / Num. obs: 16385 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2358 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→45.239 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2592 1606 10.05 %random
Rwork0.203 ---
obs0.2088 15983 97.76 %-
all-0 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.259 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4542 Å20 Å2-0 Å2
2--15.9509 Å20 Å2
3----12.4967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→45.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4451 0 0 0 4451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2596158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.521662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082737
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.05540.34931490.27021335X-RAY DIFFRACTION93
3.0554-3.17770.31951540.25921370X-RAY DIFFRACTION95
3.1777-3.32230.31061570.23711397X-RAY DIFFRACTION97
3.3223-3.49740.28921580.23461423X-RAY DIFFRACTION98
3.4974-3.71650.28661610.20781436X-RAY DIFFRACTION99
3.7165-4.00330.25181610.19461444X-RAY DIFFRACTION99
4.0033-4.40580.21231650.16931478X-RAY DIFFRACTION99
4.4058-5.04260.19041630.16781469X-RAY DIFFRACTION99
5.0426-6.35040.31531640.23511471X-RAY DIFFRACTION99
6.3504-45.24450.22941740.17481554X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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