PDB-4gm6: Crystal structure of PfkB family carbohydrate kinase(TARGET EFI-5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gm6

タイトル

Crystal structure of PfkB family carbohydrate kinase(TARGET EFI-502146 FROM Listeria grayi DSM 20601

要素

PfkB family carbohydrate kinase

キーワード

TRANSFERASE / CARBOHYDRATE KINASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE

機能・相同性

機能・相同性情報

kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria grayi DSM 20601 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PfkB family carbohydrate kinase FROM Listeria grayi
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2012年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gm6.cif.gz	795.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gm6.ent.gz	663.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gm6_validation.pdf.gz	503.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gm6_full_validation.pdf.gz	536.3 KB	表示
XML形式データ	4gm6_validation.xml.gz	82.1 KB	表示
CIF形式データ	4gm6_validation.cif.gz	115.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gm6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2afbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ktn-1 2afb-1 2var-1 1v19-1 2v78-1 1v1s-3 2dcn-1 1v1s-1 1v1b-2 1v1a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PfkB family carbohydrate kinase

B: PfkB family carbohydrate kinase

C: PfkB family carbohydrate kinase

D: PfkB family carbohydrate kinase

E: PfkB family carbohydrate kinase

F: PfkB family carbohydrate kinase

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.832, 109.862, 109.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	2 - 320	25 - 343
2	1	ALA	ALA	B	B	2 - 320	25 - 343
1	2	ALA	ALA	A	A	2 - 320	25 - 343
2	2	ALA	ALA	C	C	2 - 320	25 - 343
1	3	ALA	ALA	A	A	2 - 320	25 - 343
2	3	ALA	ALA	D	D	2 - 320	25 - 343
1	4	ALA	ALA	A	A	2 - 320	25 - 343
2	4	ALA	ALA	E	E	2 - 320	25 - 343
1	5	ALA	ALA	A	A	2 - 320	25 - 343
2	5	ALA	ALA	F	F	2 - 320	25 - 343
1	6	ASP	ASP	B	B	2 - 321	25 - 344
2	6	ALA	ALA	C	C	2 - 320	25 - 343
1	7	ASP	ASP	B	B	2 - 321	25 - 344
2	7	ALA	ALA	D	D	2 - 320	25 - 343
1	8	ASP	ASP	B	B	2 - 321	25 - 344
2	8	ASP	ASP	E	E	2 - 321	25 - 344
1	9	ALA	ALA	B	B	2 - 320	25 - 343
2	9	ALA	ALA	F	F	2 - 320	25 - 343
1	10	LYS	LYS	C	C	2 - 322	25 - 345
2	10	LYS	LYS	D	D	2 - 322	25 - 345
1	11	SER	SER	C	C	2 - 323	25 - 346
2	11	SER	SER	E	E	2 - 323	25 - 346
1	12	ALA	ALA	C	C	2 - 320	25 - 343
2	12	ALA	ALA	F	F	2 - 320	25 - 343
1	13	LYS	LYS	D	D	2 - 322	25 - 345
2	13	LYS	LYS	E	E	2 - 322	25 - 345
1	14	ALA	ALA	D	D	2 - 320	25 - 343
2	14	ALA	ALA	F	F	2 - 320	25 - 343
1	15	ALA	ALA	E	E	2 - 320	25 - 343
2	15	ALA	ALA	F	F	2 - 320	25 - 343

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	PfkB family carbohydrate kinase 分子量: 39371.715 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria grayi DSM 20601 (バクテリア) 株: DSM 20601 / 遺伝子: HMPREF0556_10677 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D7UWR6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M CALCIUM ACETATE, PH 7.5, 0.1M HEPES-NAOH, 10% PEG8000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 168562 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.67 Å² / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.87 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0025	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AFB

2afb

解像度: 2→48.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 8.629 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	5079	3 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.176	162516	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15140	0	32	1077	16249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	15794
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.052	1.937	21508
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.153	5	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.444	23.669	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.249	15	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.968	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	373	-
R_work	0.281	11415	-
obs	-	-	95.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5069	-0.5154	-0.4948	1.1069	-0.092	1.5289	-0.0811	-0.9519	0.0496	0.3195	0.1284	0.0868	-0.1004	-0.1022	-0.0474	0.2408	0.0507	0.0311	0.5151	-0.0323	0.0614	17.7261	43.393	10.2124
2	2.15	-0.6422	0.399	1.0077	0.1677	2.14	0.1254	0.9267	0.0309	-0.2957	-0.1353	0.0084	0.0968	0.2992	0.0098	0.2887	0.0822	0.0152	0.5411	0.0233	0.0569	29.6312	42.2797	-52.5919
3	2.7112	-0.0566	0.7713	2.092	0.6298	1.6481	0.2028	0.174	-1.1257	-0.0785	-0.0036	0.0324	0.436	0.0231	-0.1993	0.2967	0.0157	-0.0938	0.0166	-0.0792	0.5872	26.3705	11.8028	-22.5331
4	3.1697	0.285	0.3717	1.1596	-0.3214	1.6552	0.0212	0.0018	0.4152	0.0186	-0.0644	-0.3051	-0.148	0.4984	0.0432	0.1346	-0.0397	0.0057	0.1694	-0.0139	0.227	55.937	47.1507	-16.2296
5	1.4489	0.3366	0.4876	1.7328	-0.0074	1.6093	-0.1085	-0.0254	0.6428	-0.0374	0.0435	-0.0928	-0.5348	0.0189	0.0651	0.4329	0.0166	-0.0252	0.0053	-0.0248	0.4942	24.5182	75.6423	-21.0964
6	2.9698	0.1538	-0.6761	1.1395	-0.4934	1.3216	0.0654	0.2488	-0.0741	-0.0949	0.049	0.3716	-0.027	-0.5043	-0.1145	0.1385	0.0432	-0.0323	0.2938	0.0318	0.2015	-7.3216	41.6678	-24.0422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 674
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 322
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 403
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 692
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 323
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 571
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 323
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501 - 688
12	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 323
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	401
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	501 - 673
15	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 321
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	401 - 579

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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