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- PDB-4glx: DNA ligase A in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4glx
タイトルDNA ligase A in complex with inhibitor
要素
  • DNA (26-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*G)-3')
  • DNA ligase
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR/DNA / DNA ligase A / inhibitor / LIGASE-LIGASE INHIBITOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA ligation / NAD+ binding / DNA replication / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Laminin - #30 / Laminin / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase ...Laminin - #30 / Laminin / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Other non-globular / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Special / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0XS / DNA / DNA (> 10) / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Prade, L. / Lange, R. / Tidten-Luksch, N. / Chambovey, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided design, synthesis and biological evaluation of novel DNA ligase inhibitors with in vitro and in vivo anti-staphylococcal activity.
著者: Surivet, J.P. / Lange, R. / Hubschwerlen, C. / Keck, W. / Specklin, J.L. / Ritz, D. / Bur, D. / Locher, H. / Seiler, P. / Strasser, D.S. / Prade, L. / Kohl, C. / Schmitt, C. / Chapoux, G. / ...著者: Surivet, J.P. / Lange, R. / Hubschwerlen, C. / Keck, W. / Specklin, J.L. / Ritz, D. / Bur, D. / Locher, H. / Seiler, P. / Strasser, D.S. / Prade, L. / Kohl, C. / Schmitt, C. / Chapoux, G. / Ilhan, E. / Ekambaram, N. / Athanasiou, A. / Knezevic, A. / Sabato, D. / Chambovey, A. / Gaertner, M. / Enderlin, M. / Boehme, M. / Sippel, V. / Wyss, P.
履歴
登録2012年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (26-MER)
C: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*G)-3')
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3537
ポリマ－80,8564
非ポリマー4973
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area31230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.990, 100.140, 86.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-703-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8034.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3920.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*G)-3')


分子量: 3975.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [NAD(+)]


分子量: 64925.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2411, dnaL, JW2403, lig, ligA, lop, pdeC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15042, DNA ligase (NAD+)

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非ポリマー , 4種, 207分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-0XS / 2-amino-6-bromo-7-(trifluoromethyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide


分子量: 335.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H6BrF3N4O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium citrate, 25 mM sodium acetate, 24 % (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Mar225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月27日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.73 Å / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 8.22
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.9-2.10.6492.045159318109197.4
2.1-2.70.3424.937987227317197.2
2.7-2.90.1968.51137984632196.2
2.9-3.10.14810.46105533520195.8
3.1-40.07117.23252548369194.5
4-60.04623.62156045057192.4
6-100.03725.1851151635189.4
10-19.730.02933.21350446184.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
RemDAqデータ収集
INTEGRATEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.668 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2497 2251 5 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
all0.2032 69085 --
obs0.2032 45003 62.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.26 Å2 / Biso mean: 17.2358 Å2 / Biso min: 3.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20.42 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4308 1061 25 204 5598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0185645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.091.8297908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.81223.228189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.58315685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9141538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213930
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 76 -
Rwork0.279 1432 -
all-1508 -
obs--28.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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