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- PDB-4glq: Crystal Structure of the blue-light absorbing form of the Thermos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4glq
タイトルCrystal Structure of the blue-light absorbing form of the Thermosynechococcus elongatus PixJ GAF-domain
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / chromophore / phytochrome / cyanobacteriochrome / phycoviolobilin / bilin / bili-protein / cation-pi interaction / GAF domain / photoreceptor / phycoviolobilin adduct
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / HAMP domain ...Double Cache domain 1 / Cache domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phycoviolobilin, blue light-absorbing form / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.772 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Walker, J.M. / Phillips Jr., G.N. / Vierstra, R.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Photo-Labile Thioether Linkage to Phycoviolobilin Provides the Foundation for the Blue/Green Photocycles in DXCF-Cyanobacteriochromes.
著者: Burgie, E.S. / Walker, J.M. / Phillips Jr., G.N. / Vierstra, R.D.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Database references
改定 1.32013年5月15日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月15日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / software
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52020年9月23日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.82024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1892
ポリマ－19,5981
非ポリマー5911
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3784
ポリマ－39,1962
非ポリマー1,1812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_467y-1,x+1,-z+21
Buried area1900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.040, 47.040, 125.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 19598.188 Da / 分子数: 1 / 変異: C555A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: tll0569 / プラスミド: pBAD-Myc-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q8DLC7
#2: 化合物 ChemComp-VRB / Phycoviolobilin, blue light-absorbing form / 3-[5-[(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-1,2-dihydropyrrol-2-yl)methyl]-2-[[5-[(Z)-(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyr rol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 590.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50 mM NaCl, 0.3 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 10 mM HEPES-NaOH (pH 7.8), 25% polyethylene glycol 3350, 200 mM sodium chloride, 40 mM glycine, 100 mM BIS-TRIS-HCl, (pH 5.5), vapor ...詳細: 50 mM NaCl, 0.3 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 10 mM HEPES-NaOH (pH 7.8), 25% polyethylene glycol 3350, 200 mM sodium chloride, 40 mM glycine, 100 mM BIS-TRIS-HCl, (pH 5.5), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 14559 / Num. obs: 14530 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.77-1.89.50.3236990.709198.5
1.8-1.839.90.2926890.771199.3
1.83-1.879.70.2397150.776199.4
1.87-1.919.80.2146930.826199.7
1.91-1.959.70.1837300.902199.9
1.95-1.99100.1546820.971199.3
1.99-2.049.70.1367160.958199.6
2.04-2.110.10.1137141.0041100
2.1-2.169.90.1067041.057199.9
2.16-2.239.90.0997271.0381100
2.23-2.31100.0977051.0671100
2.31-2.4100.0927181.187199.9
2.4-2.5110.10.0867251.19199.7
2.51-2.6410.10.0787261.151100
2.64-2.8110.10.0677281.1061100
2.81-3.0310.40.0647361.1641100
3.03-3.3310.50.0637421.5351100
3.33-3.8110.40.0577471.5231100
3.81-4.810.10.0467801.1531100
4.8-509.20.0528541.3261100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.77 Å44.07 Å
Translation1.77 Å44.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SyB Cph1-GAF domain

解像度: 1.772→44.068 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 1437 10.02 %random
Rwork0.1546 ---
all0.159 14498 --
obs0.159 14336 98.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.57 Å2 / Biso mean: 34.2812 Å2 / Biso min: 22.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.772→44.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1201 0 43 137 1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2641851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.122530
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7718-1.83520.22591360.16461206134296
1.8352-1.90860.21881360.15871227136397
1.9086-1.99550.18761400.1461257139799
1.9955-2.10070.20781430.14561270141399
2.1007-2.23230.19051410.141312821423100
2.2323-2.40470.22031420.156612701412100
2.4047-2.64660.20911440.170712991443100
2.6466-3.02950.19861460.1713121458100
3.0295-3.81660.1911480.142113331481100
3.8166-44.08120.19161610.155914431604100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8573.95832.3369.01731.57393.4624-0.31780.46780.4159-0.15430.2222-0.4498-0.30790.38090.03560.27530.01610.02220.3010.00960.264326.1684.2099126.2912
21.55160.51671.381.83121.37495.155-0.00920.06060.16490.03720.0283-0.0772-0.0768-0.0031-0.0410.23490.01220.00290.23070.0070.275319.370387.3786135.7801
31.41290.15942.43951.41570.83576.3018-0.04430.12220.0843-0.19240.10190.0584-0.4454-0.2105-0.06390.27350.0088-0.00980.28260.04440.28213.10691.5712131.2396
41.95880.19231.81321.45981.23372.44120.1079-0.0826-0.07220.1202-0.03290.02080.1811-0.0428-0.09020.2956-0.01170.00940.25290.03110.265812.916777.5165143.5422
50.0074-0.08430.09035.6059-5.6325.6599-0.0706-0.20860.53090.32580.07720.1139-0.8086-0.8152-0.10260.33710.0585-0.0030.37770.00150.40234.39187.9134140.5653
64.81822.7271.46812.95311.01393.24040.07480.22920.02710.02060.03640.04780.13320.0884-0.08840.21940.01590.0240.20220.00450.2114.789778.9892134.2904
72.8181-0.1463-1.40371.55920.70162.3222-0.0309-0.09890.0335-0.02470.109-0.10220.0840.2444-0.08390.24810.0222-0.01180.25190.0120.22223.172575.3256133.234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 436:455 )A436 - 455
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 456:478 )A456 - 478
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 479:493 )A479 - 493
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 494:520 )A494 - 520
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 521:530 )A521 - 530
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 531:562 )A531 - 562
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 563:584 OR RESID 1000:1000 ) )A563 - 584
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 563:584 OR RESID 1000:1000 ) )A1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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