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- PDB-4gl7: Structure of human placental aromatase complexed with designed in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gl7
タイトルStructure of human placental aromatase complexed with designed inhibitor HDDG046 (compound 5)
要素Cytochrome P450 19A1
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Novel aromatase inhibitor / Oxidoreductase / Estrogen synthetase / Cytochrome P450 reductase / ER membrane / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase / Defective CYP19A1 causes AEXS / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / female genitalia development / syncytium formation / negative regulation of chronic inflammatory response / estrogen biosynthetic process / Estrogen biosynthesis / testosterone biosynthetic process ...aromatase / Defective CYP19A1 causes AEXS / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / female genitalia development / syncytium formation / negative regulation of chronic inflammatory response / estrogen biosynthetic process / Estrogen biosynthesis / testosterone biosynthetic process / sterol metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / prostate gland growth / aromatase activity / steroid biosynthetic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / mammary gland development / steroid hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / female gonad development / uterus development / Endogenous sterols / oxygen binding / response to estradiol / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0XJ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Aromatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ghosh, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Novel aromatase inhibitors by structure-guided design.
著者: Ghosh, D. / Lo, J. / Morton, D. / Valette, D. / Xi, J. / Griswold, J. / Hubbell, S. / Egbuta, C. / Jiang, W. / An, J. / Davies, H.M.
履歴
登録2012年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年10月24日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 19A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9383
ポリマ－57,9551
非ポリマー9832
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.445, 141.445, 118.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 19A1 / Aromatase / CYPXIX / Cytochrome P-450AROM / Estrogen synthase


分子量: 57954.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11511, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-0XJ / (6alpha,8alpha)-6-(pent-2-yn-1-yloxy)androsta-1,4-diene-3,17-dione


分子量: 366.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: The enzyme-inhibitor complexes were prepared by the addition from 20mM stock solutions of compound 5 in PEG550 to 18 M (~1mg/ml) of aromatase, to give a final inhibitor concentration of 300 ...詳細: The enzyme-inhibitor complexes were prepared by the addition from 20mM stock solutions of compound 5 in PEG550 to 18 M (~1mg/ml) of aromatase, to give a final inhibitor concentration of 300 microM. The mixture was incubated overnight at 4 C in 100mM potassium phosphate buffer pH 7.4 containing 20% glycerol, 20mM dithiothreitol, 0.5 microM ASD and 1mM BDM. The complex was then concentrated to 25-30mg/ml using ultrafiltration. Protein was setup for crystallization using protein to cocktail ratios 2:1 and 3:1. The protein was mixed with reservoir cocktails of 24-30% polyethylene glycol 4000 in 50mM NaCl, 50mM Tris, pH 8.5 and vapor diffused in sealed 24-well sitting drop plates against corresponding reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月12日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→122.49 Å / Num. all: 12126 / Num. obs: 12126 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 16.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 29.412 / SU ML: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.561 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25407 621 4.9 %RANDOM
Rwork0.2142 ---
obs0.21615 12126 98.98 %-
all-12126 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 147.468 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.68 Å21.34 Å2-0 Å2
2--2.68 Å2-0 Å2
3----4.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3658 0 70 0 3728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4742.0155163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2985451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50923.576165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.52615711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.361525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5861.52253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10323662
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.00531564
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8574.51501
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 45 -
Rwork0.296 877 -
obs--97.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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