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万見
- PDB-4gj4: The Crystal Structure of the soluble Guanylate Cyclase PAS alpha ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gj4
タイトルThe Crystal Structure of the soluble Guanylate Cyclase PAS alpha domain from Manduca sexta
要素Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
キーワードLYASE / Nitric Oxide / cGMP / YC-1 / PAS Domain / PAS Fold / Allosteric Regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate cyclase / guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / cGMP-mediated signaling / heme binding / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Haem NO binding associated domain / Haem NO binding associated domain superfamily / Haem NO binding associated / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily ...Haem NO binding associated domain / Haem NO binding associated domain superfamily / Haem NO binding associated / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Manduca sexta (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Purohit, R. / Montfort, W.R. / Weichsel, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the Alpha subunit PAS domain from soluble guanylyl cyclase.
著者: Purohit, R. / Weichsel, A. / Montfort, W.R.
履歴
登録2012年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
B: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
C: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
D: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,34115
ポリマ－55,2854
非ポリマー1,05711
水2,972165
1
A: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9172
ポリマ－13,8211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1094
ポリマ－13,8211
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2055
ポリマ－13,8211
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1094
ポリマ－13,8211
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
B: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
C: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
D: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子

A: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
B: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
C: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
D: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子

A: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
B: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
C: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
D: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,02445
ポリマ－165,85412
非ポリマー3,17033
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area27490 Å2
ΔGint-558 kcal/mol
Surface area57170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.424, 95.424, 317.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit


分子量: 13821.136 Da / 分子数: 4 / 断片: sGC PAS alpha Domain residues 279-404 / 変異: C285A, C352A, C374A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Manduca sexta (蝶・蛾) / プラスミド: pETHSUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: O77105, guanylate cyclase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.5 M Lithium Sulfate, 0.1 M Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月7日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→23.7 Å / Num. all: 52047 / Num. obs: 52047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.75 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.56 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 5122 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345325データ収集
MrBUMP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P04

2p04


解像度: 1.8→23.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 6.651 / SU ML: 0.098 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2417 2658 5.1 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs0.19845 49385 99.88 %-
all-52047 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.363 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.18 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.294 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3536 0 55 165 3756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9895089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90436338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3425466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58321.133150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23215618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5371532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02878
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 210 -
Rwork0.398 3324 -
obs-3324 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.72320.0406-0.22172.2424-0.27132.1976-0.06210.04010.07330.09030.09280.0298-0.251-0.1563-0.03080.10120.0374-0.0210.04020.03460.0747-16.487-28.76527.215
21.42330.28370.10631.72170.26241.9612-0.0494-0.0138-0.0382-0.23910.08450.0117-0.12480.0247-0.03510.093-0.02850.01520.01460.00580.022412.238-26.57124.605
32.3010.06710.08991.8226-0.52662.57660.0287-0.06840.03270.18260.01080.1741-0.0335-0.1589-0.03950.03020.0130.01550.0284-0.00310.0174-15.767-49.81352.958
42.9483-0.6365-0.22911.61960.73452.16710.11090.43290.2034-0.1896-0.06680.1034-0.1092-0.1746-0.04410.15080.02-0.02060.12050.0620.0461-3.877-35.6592.886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A279 - 391
2X-RAY DIFFRACTION2B279 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3C279 - 391
4X-RAY DIFFRACTION4D279 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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